README.txt

   1 This version of PsN is tested with perl-5.8.4
   2 Depending on your distribution you may have to install the following
   3 perl packages:
   4
   5 Math::Random
   6 Storable::Store
   7
   8 All available from CPAN ( www.cpan.org )
   9
  10   Changelog
  11 ----------------------------------------------
  12
  13 Changes from 2.1.9 to 2.1.10
  14
  15 Features
  16 - The 'picky' option of all utilities now triggers on
  17         COVARIANCE STEP ABORTED         and
  18         PROGRAM TERMINATED BY OBJ
  19
  20 Changes from 2.1.8 to 2.1.9
  21
  22 Features
  23  - Nordugrid support reintroduced (but will probably not be developed further)
  24  - Sumo now supports multiple problems and subproblems.
  25  - Sumo has new option "precision" which control the number of digits
  26    to present estimates with.
  27  - An extra 'short' logfile is output from the scm with the most important
  28    information.
  29
  30 Bugs
  31  - Bootstrap option "stratify_on" doesn't work with columns defined in
  32    extra data files given with "extra_data" option. Not Fixed.
  33  - Resumes of scm's with extra_data_files is now possible. Still some
  34    problems with scm's where search_direction=both.
  35  - LSF options was not communicated properly between tools and subtools
  36    so submission of bootstraps, llp, cdd and scm did not work. Fixed.
  37  - Default values for LSF can now be configured in psn.conf.
  38  - Print order of modelfiles places $MIX before $PRED. Fixed.
  39  - extra_files option was broken. Fixed.
  40
  41 Internal Changes
  42  - Tool will always fork subtools, this will save memory in the scm (and
  43    other recursive tools).
  44  - Common options need only be specified once. In one of three categories:
  45    model_options, tool_options, script_options.
  46  - models can now be created with "reference" objects. This solved the
  47    scm resume problem.
  48  - Added function to model that cleans extra data code.
  49
  50 Changes from 2.1.7 to 2.1.8
  51
  52 Features
  53  - Rudimentary support for execution on Platform LSF grid systems is now
  54    included. The following extra attributes are available to all tools
  55    for controlling the execution:
  56
  57        run_on_lsf       - Use LSF
  58        lsf_queue        - Use this queue on the grid
  59        lsf_options      - General options for the grid queuing system.
  60        lsf_project_name - Optional. May be used by the grid system
  61                           administrator to register control project
  62                           cpu usage.
  63        lsf_job_name     - Optional. May be used by a grid system
  64                           administrator to control multiple runs on a
  65                           grid system.
  66
  67  - All tools now have a raw_results file holding the diagnotics and
  68    parameter estimates for each NONMEM run.
  69  - All tools now handles model files containing one $PROBLEM and no
  70    SUBPROBLEMS only.
  71  - The Bootstrap and CDD routines now create separate files holding
  72    information about which individuals that were included/excluded
  73    in/from each created data set.
  74  - The Bootstrap results file now has warnings section to better
  75    display which runs that were used for result calculations and which
  76    were not
  77  - PsN now tries to read psn.conf from the users home directory. (Will
  78    require some extra documentation).
  79  - Optimized modelfit thread operation by removing Storable::Store.
  80  - The clean options has four levels of operation.
  81
  82         0 - No cleaning at all.
  83         1 - Clean more, but make sure resumes work (this is default).
  84         2 - Clean more, but make sure summarize work.
  85         3 - Clean everything, keeping only results and logs.
  86
  87  - Some attributes and accessors of the PsN-Core class 'output' have
  88    had their names changed to make it more clear what their purposes
  89    are:
  90         termination           is now called     minimization_successful
  91         termination_message   is now called     minimization_message
  92         covstep_termination   is now called     covariance_step_successful
  93
  94    these attributes are new:
  95
  96         covariance_step_warnings (boolean; 0 or 1)
  97         estimate_near_boundary (boolean; 0 or 1)
  98
  99    The attribute which was previously called termination could have the
 100    values 0, 0.5 and 1 for 'minimization terminates', 'minimization
 101    successful but warnings or errors were printed from the covariance
 102    step' and finally 'minimization successful'. The new attribute
 103    'minimization_successful' can only take the values 0 and 1 and the
 104    new attribute covariance_step_warnings now takes the value 1 when
 105    covariance step warnings were found. Checks are also perfomed to
 106    test whether the estimates are close to any boundary.
 107  - Html documents is now generated from command line help text.
 108    which ensures that they are consistent and up to date.
 109  - Personal configuration file now available under Unix like OS:s
 110
 111 Bugs
 112  - Options specific to modelfiles were ignored in some Utilties.
 113  - Gradients now output in windows. Just like with nmfe.
 114  - Bootstrap now consumes considerably less memory.
 115  - Removed unused/obsolete "resume" function from modelfit.
 116  - Sorted method entries in modelfit diagram.
 117  - Fixed bugs in parsing of OFV and eigenvalues.
 118
 119 Changes from 2.1.6 to 2.1.7
 120
 121 Bugs
 122  - "clean" and "compress" options now work under Windows.
 123  - SCM now handles crashed runs appropriately.
 124  - The ofv_forward, ofv_backward, p_forward and p_backward options of
 125    scm now works as they should.
 126
 127 Features
 128  - SCM improvements. The final model is now available in the
 129    first-level scm directory of each step.
 130  - The Utilties -help option is improved. You can now give a list of
 131    options to -help for specific documentation of those options, like
 132    so:
 133
 134    $ scm -help do_not_drop
 135
 136  - Minor changes in how the [nm_version] section in psn.conf i
 137    handled. Look in the psn.conf file that is distributed with PsN for
 138    more information.
 139  - SDE modelfiles are now supported. (see the -sde_records option)
 140  - The update_inits method of the model class now accepts an output
 141    file name as input.
 142  - Some attributes and accessors of the PsN-Core class 'output' have
 143    had their names changed to make it more clear what their purposes
 144    are:
 145         finalgrad          is now called     final_gradient
 146         parampath          is now called     parameter_path
 147         gradientpath       is now called     gradient_path
 148         covterm            is now called     covstep_termination
 149  - The Utilties now saves the command line that started it in a file
 150    "command.txt" under the corresponding directory.
 151  - Added a "silent" option to the Utilties that quenches all output.
 152  - "nice" option added to utilties that allows you to set priority in
 153    unix.
 154  - Rudimentary support for NorduGrid reinstated.
 155  - Installer script rewritten. It now supports Perl installations in
 156    nonstandard directories. Discrepancies between *nix and MSWin32 is
 157    smaller.
 158
 159 Internal changes
 160  - The code that is autogenerated with "dia2code" is optimized a
 161    bit and saves a hash "__valid_parameters" in each object, which
 162    allows the constructors to be used as a generic (shallow) copy.
 163
 164 Misc
 165  - continuous spelled correctly throughout SCM.
 166
 167
 168 Changes from 2.1.5 to 2.1.6
 169
 170 Bugs
 171  - Stratify_on bug in bootstrap method fixed.
 172  - Data files in directories different from model file are now
 173    possible.
 174  - Path name handling reimplemented. Relative paths are now handled
 175    better.
 176  - Models that generate table files would make PsN complain about
 177    missing files.
 178  - Its now possible to specify multiple output names as a
 179    comma-separated list to execute.
 180  - The scm can now go backwards.
 181  - Handling of table files now responds to the
 182    "ignore_missing_output_files" flag.
 183  - nmtran error messages was lost in Windows 2K. Execution of nmtran
 184    is more plattform independent now.  It uses a temporary file, but
 185    it is never bigger than the nmtran messages.
 186  - Fixed a bug that limited choice of compiler under unix.
 187  - Typo in scm utility fixed. (included_relations in backwards step).
 188
 189 Features
 190  - Added support for "$NONPARAMETRIC" record in model files.
 191  - A few improved error messages related to parsing of model files.
 192  - The SCM config file now features sections for parameter bounds and
 193    user-defined code
 194
 195 Internal changes
 196  - psn.conf settings are now available as global variables. psn.conf
 197    is only parsed once.