README.txt

   1 This version of PsN is tested with perl-5.8.4
   2 Depending on your distribution you may have to install the following
   3 perl packages:
   4
   5 Math::Random
   6 Storable::Store
   7
   8 All available from CPAN ( www.cpan.org )
   9
  10   Changelog
  11 ----------------------------------------------
  12
  13 Changes from 2.1.8 to 2.1.9
  14
  15 Features
  16  - Nordugrid support reintroduced (but will probably not be developed further)
  17  - Sumo now supports multiple problems and subproblems.
  18  - Sumo has new option "precision" which control the number of digits
  19    to present estimates with.
  20
  21 Bugs
  22  - Bootstrap option "stratify_on" doesn't work with columns defined in
  23    extra data files given with "extra_data" option. Not Fixed.
  24  - Resumes of scm's with extra_data_files is now possible. Still some
  25    problems with scm's where search_direction=both.
  26  - LSF options was not communicated properly between tools and subtools
  27    so submission of bootstraps, llp, cdd and scm did not work. Fixed.
  28  - Default values for LSF can now be configured in psn.conf.
  29  - Print order of modelfiles places $MIX before $PRED. Fixed.
  30  - extra_files option was broken. Fixed.
  31
  32 Internal Changes
  33  - Tool will allways fork subtools, this will save memory in the scm (and
  34    other recursive tools).
  35  - Common options need only be specified once. In one of three categories:
  36    model_options, tool_options, script_options.
  37  - models can now be created with "reference" objects. This solved the
  38    scm resume problem.
  39  - Added function to model that cleans extra data code.
  40
  41 Changes from 2.1.7 to 2.1.8
  42
  43 Features
  44  - Rudimentary support for execution on Platform LSF grid systems is now
  45    included. The following extra attributes are available to all tools
  46    for controlling the execution:
  47
  48        run_on_lsf       - Use LSF
  49        lsf_queue        - Use this queue on the grid
  50        lsf_options      - General options for the grid queuing system.
  51        lsf_project_name - Optional. May be used by the grid system
  52                           administrator to register control project
  53                           cpu usage.
  54        lsf_job_name     - Optional. May be used by a grid system
  55                           administrator to control multiple runs on a
  56                           grid system.
  57
  58  - All tools now have a raw_results file holding the diagnotics and
  59    parameter estimates for each NONMEM run.
  60  - All tools now handles model files containing one $PROBLEM and no
  61    SUBPROBLEMS only.
  62  - The Bootstrap and CDD routines now create separate files holding
  63    information about which individuals that were included/excluded
  64    in/from each created data set.
  65  - The Bootstrap results file now has warnings section to better
  66    display which runs that were used for result calculations and which
  67    were not
  68  - PsN now tries to read psn.conf from the users home directory. (Will
  69    require some extra documentation).
  70  - Optimized modelfit thread operation by removing Storable::Store.
  71  - The clean options has four levels of operation.
  72
  73         0 - No cleaning at all.
  74         1 - Clean more, but make sure resumes work (this is default).
  75         2 - Clean more, but make sure summarize work.
  76         3 - Clean everything, keeping only results and logs.
  77
  78  - Some attributes and accessors of the PsN-Core class 'output' have
  79    had their names changed to make it more clear what their purposes
  80    are:
  81         termination           is now called     minimization_successful
  82         termination_message   is now called     minimization_message
  83         covstep_termination   is now called     covariance_step_successful
  84
  85    these attributes are new:
  86
  87         covariance_step_warnings (boolean; 0 or 1)
  88         estimate_near_boundary (boolean; 0 or 1)
  89
  90    The attribute which was previously called termination could have the
  91    values 0, 0.5 and 1 for 'minimization terminates', 'minimization
  92    successful but warnings or errors were printed from the covariance
  93    step' and finally 'minimization successful'. The new attribute
  94    'minimization_successful' can only take the values 0 and 1 and the
  95    new attribute covariance_step_warnings now takes the value 1 when
  96    covariance step warnings were found. Checks are also perfomed to
  97    test whether the estimates are close to any boundary.
  98  - Html documents is now generated from command line help text.
  99    which ensures that they are consistent and up to date.
 100  - Personal configuration file now available under Unix like OS:s
 101
 102 Bugs
 103  - Options specific to modelfiles were ignored in some Utilties.
 104  - Gradients now output in windows. Just like with nmfe.
 105  - Bootstrap now consumes considerably less memory.
 106  - Removed unused/obsolete "resume" function from modelfit.
 107  - Sorted method entries in modelfit diagram.
 108  - Fixed bugs in parsing of OFV and eigenvalues.
 109
 110 Changes from 2.1.6 to 2.1.7
 111
 112 Bugs
 113  - "clean" and "compress" options now work under Windows.
 114  - SCM now handles crashed runs appropriately.
 115  - The ofv_forward, ofv_backward, p_forward and p_backward options of
 116    scm now works as they should.
 117
 118 Features
 119  - SCM improvements. The final model is now available in the
 120    first-level scm directory of each step.
 121  - The Utilties -help option is improved. You can now give a list of
 122    options to -help for specific documentation of those options, like
 123    so:
 124
 125    $ scm -help do_not_drop
 126
 127  - Minor changes in how the [nm_version] section in psn.conf i
 128    handled. Look in the psn.conf file that is distributed with PsN for
 129    more information.
 130  - SDE modelfiles are now supported. (see the -sde_records option)
 131  - The update_inits method of the model class now accepts an output
 132    file name as input.
 133  - Some attributes and accessors of the PsN-Core class 'output' have
 134    had their names changed to make it more clear what their purposes
 135    are:
 136         finalgrad          is now called     final_gradient
 137         parampath          is now called     parameter_path
 138         gradientpath       is now called     gradient_path
 139         covterm            is now called     covstep_termination
 140  - The Utilties now saves the command line that started it in a file
 141    "command.txt" under the corresponding directory.
 142  - Added a "silent" option to the Utilties that quenches all output.
 143  - "nice" option added to utilties that allows you to set priority in
 144    unix.
 145  - Rudimentary support for NorduGrid reinstated.
 146  - Installer script rewritten. It now supports Perl installations in
 147    nonstandard directories. Discrepancies between *nix and MSWin32 is
 148    smaller.
 149
 150 Internal changes
 151  - The code that is autogenerated with "dia2code" is optimized a
 152    bit and saves a hash "__valid_parameters" in each object, which
 153    allows the constructors to be used as a generic (shallow) copy.
 154
 155 Misc
 156  - continuous spelled correctly throughout SCM.
 157
 158
 159 Changes from 2.1.5 to 2.1.6
 160
 161 Bugs
 162  - Stratify_on bug in bootstrap method fixed.
 163  - Data files in directories different from model file are now
 164    possible.
 165  - Path name handling reimplemented. Relative paths are now handled
 166    better.
 167  - Models that generate table files would make PsN complain about
 168    missing files.
 169  - Its now possible to specify multiple output names as a
 170    comma-separated list to execute.
 171  - The scm can now go backwards.
 172  - Handling of table files now responds to the
 173    "ignore_missing_output_files" flag.
 174  - nmtran error messages was lost in Windows 2K. Execution of nmtran
 175    is more plattform independent now.  It uses a temporary file, but
 176    it is never bigger than the nmtran messages.
 177  - Fixed a bug that limited choice of compiler under unix.
 178  - Typo in scm utility fixed. (included_relations in backwards step).
 179
 180 Features
 181  - Added support for "$NONPARAMETRIC" record in model files.
 182  - A few improved error messages related to parsing of model files.
 183  - The SCM config file now features sections for parameter bounds and
 184    user-defined code
 185
 186 Internal changes
 187  - psn.conf settings are now available as global variables. psn.conf
 188    is only parsed once.