raxml-mpi/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   2 # Contributor: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   3
   4 pkgname=raxml-mpi
   5 pkgver=7.0.4
   6 origver=7.0.4
   7 pkgrel=1
   8 pkgdesc="Randomized Axelerated Maximum Likelihood for sequential and parallel inference of large phylogenetic trees"
   9 arch=('i686' 'x86_64')
  10 url="http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/Page443.htm"
  11 license=('GPL')
  12 depends=('glibc' 'openmpi')
  13 source=(http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/countSource7.0.4.php http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/countManual7.0.4.php)
  14 md5sums=('28a73f010815b2b2ac46ebe779972e4a' 'e8c33dd5f29a149f5c7bceb6c4bb6531')
  15 makedepends=('gcc')
  16 conflicts=('raxml')
  17 build() {
  18   cd $startdir/src/RAxML-$pkgver
  19   make -f Makefile.gcc clean
  20   make -f Makefile.gcc || return 1
  21   make -f Makefile.PTHREADS || return 1
  22   make -f Makefile.MPI || return 1
  23   make -f Makefile.PTHREADS || return 1
  24   install -D -m755 raxmlHPC $startdir/pkg/usr/bin/raxmlHPC
  25   install -D -m755 raxmlHPC-PTHREADS $startdir/pkg/usr/bin/raxmlHPC-PTHREADS
  26   install -D -m755 raxmlHPC-MPI $startdir/pkg/usr/bin/raxmlHPC-MPI
  27   mv ../countManual7.0.4.php ../RAxML-Manual.7.0.4.pdf
  28   install -D -m644 ../RAxML-Manual.7.0.4.pdf $startdir/pkg/usr/share/doc/$pkgname/RAxML-Manual.7.0.4.pdf
  29   echo "Manual is located at /usr/share/doc/$pkgname/RAxML-Manual.7.0.4.pdf"
  30 }