mgltools/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Michael Schubert <mschu.dev at gmail>
   2
   3 pkgname=mgltools
   4 pkgver=1.5.6rc2
   5 _pkgver=1.5.6
   6 pkgrel=1
   7 pkgdesc="Visualization and analysis of molecular structures; includes AutoDockTools, Vision and PythonMoleculeViewer"
   8 arch=('i686' 'x86_64')
   9 url="http://mgltools.scripps.edu/"
  10 license=('custom')
  11 depends=('swig' 'tk' 'python2-numpy' 'python-imaging' 'python-pmw' 'glut' 'zsi' 'simpy' 'libxmu')
  12 optdepends=('autodocksuite')
  13 source=("http://mgltools.scripps.edu/downloads/tars/releases/REL${_pkgver}/${pkgname}_source_${pkgver}.tar.gz")
  14 options=('!emptydirs')
  15 md5sums=('6ff52728253532bbd3922de277e2ff2c')
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  17 build() {
  18   cd "$srcdir/${pkgname}_source_$pkgver"
  19   sed -i "1s:python2.5:python2:" InstTools/install
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  21   # replace path by os.path where needed
  22   sed -i "s:path.exists:os.path.exists:; \
  23     s:os.os.path.exists:os.path.exists:; \
  24     s:path.join:os.path.join:; \
  25     s:os.os.path.join:os.path.join:" InstTools/install
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  27   # do not install pmw since it is dependecy already
  28   sed -i 's:getYesNo(msg, "Do you wish to install Pmw:False #:' InstTools/install
  29   # fix include for strcmp in geomutils
  30   sed -i "239i\    if (pkgname == \"geomutils\"): os.popen(\"sed -i '3i#include\
  31     <string.h>' src/geomAlgorithms/objfile.cpp\")" InstTools/install
  32   # fix opengltk to work with tcl/tk 8.5
  33   sed -i "240i\    if (pkgname == \"opengltk\"): \
  34     os.popen(\"sed -i 's/stub8.4/stub8.5/g' setup.py\")" InstTools/install
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  36   # disable license popup - we'll print it to the user later
  37   cd "$srcdir/${pkgname}_source_$pkgver/MGLPACKS"
  38   tar -xzf "mglutil-$_pkgver.tar.gz"
  39   rm -f "mglutil-$_pkgver.tar.gz"
  40   echo > "mglutil-$_pkgver/mglutil/splashregister/license.py"
  41   tar -czf "mglutil-$_pkgver.tar.gz" "mglutil-$_pkgver"
  42 }
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  44 package() {
  45   cd "$srcdir/${pkgname}_source_$pkgver"
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  47   # let python know about the new modules
  48   pydir=`python2 -c "from distutils.sysconfig import get_python_lib; \
  49     print get_python_lib()"`
  50   mkdir -p "$pkgdir/$pydir"
  51   ./startInstallation --quiet --instDir="$pkgdir/$pydir"
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  53   # link to bin directory
  54   install -Dm755 "$pkgdir/$pydir/runAdt" "$pkgdir/usr/bin/adt"
  55   install -Dm755 "$pkgdir/$pydir/runPmv" "$pkgdir/usr/bin/pmv"
  56   install -Dm755 "$pkgdir/$pydir/runCADD" "$pkgdir/usr/bin/CADD"
  57   install -Dm755 "$pkgdir/$pydir/runVision" "$pkgdir/usr/bin/vision"
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  59   echo "MGLToolsPckgs" > "$pkgdir/$pydir/mgltools.pth"
  60
  61   # fix some python 2.7 issues in the package
  62   sed -i "/self.__debug__ = 0/d" \
  63     "$pkgdir/$pydir/MGLToolsPckgs/ViewerFramework/VF.py"
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  65   # remove VCS entries
  66   rm -rf `find "$pkgdir" -type d -name "CVS"`
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  68   # some other fixes..
  69   cd "$pkgdir/$pydir/MGLToolsPckgs"
  70   rm -f "mglutil/TestUtil/publishPack.csh"
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  72   # change interpreter from python/2.5 to python2
  73   find . -name "*.py" | xargs sed -i "1s/python$/python2/;1s/python2.5$/python2/"
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  75   # install licenses
  76   for LICENSE in `find . -name LICENSE`; do
  77     install -Dm755 "./$LICENSE" "$pkgdir/usr/share/licenses/mgltools/$LICENSE"
  78     rm "$LICENSE"
  79   done
  80
  81   msg "LICENSE WARNING:"
  82   msg "This software is free only for non-commercial usage"
  83   msg "see /usr/share/licenses/mgltools/ for more information"
  84 }