raxml-standard-git/PKGBUILD

   1 # Contributor: Stunts <f.pinamartins@gmail.com>
   2 pkgname=raxml-standard-git
   3 pkgver=20111008
   4 pkgrel=2
   5 pkgdesc="Randomized Axelerated Maximum Likelihood - standard version from git"
   6 arch=(i686 x86_64)
   7 url="https://github.com/stamatak/standard-RAxML"
   8 license=('GPL2')
   9
  10 depends=()
  11 optdepends=('openmpi: for buildin MPI capable binary')
  12 makedepends=('git' 'make')
  13 conflicts=('raxml' 'raxml-mpi')
  14 source=()
  15
  16 #Check whether the CPU supports SSE3 instruction set:
  17 if grep -q pni /proc/cpuinfo
  18 then
  19     makefile=Makefile.SSE3
  20     extension=-SSE3
  21 else
  22     makefile=Makefile
  23     extension=''
  24 fi
  25
  26 _gitroot=git://github.com/stamatak/standard-RAxML.git
  27 _gitname=standard-RAxML
  28 _builddir=$srcdir/$_gitname-build
  29
  30 build() {
  31   cd $srcdir/
  32   msg "Connecting to github.com GIT server...."
  33   if [ -d $srcdir/$_gitname ] ; then
  34     pushd $_gitname && git pull origin && popd
  35     msg "The local files are updated."
  36   else
  37     git clone $_gitroot
  38   fi
  39   msg "GIT checkout done or server timeout"
  40   msg "Starting make..."
  41   rm -rf $_gitname-build
  42
  43   git clone $_gitname $_gitname-build
  44   cd $_builddir
  45
  46   #Build simple binary
  47   make -f $makefile.gcc
  48   rm *.o
  49
  50   #Build MPI binary (if OpenMPI is available)
  51   if [ pacman -Q openmpi |grep -v error]
  52   then
  53       make -f $makefile.MPI.gcc
  54       rm *.o
  55       mpi=1
  56   else
  57       mpi=0
  58   fi
  59
  60   #Build Pthreads binary
  61   make -f $makefile.PTHREADS.gcc
  62   rm *.o
  63 }
  64
  65 package() {
  66   install -d $startdir/pkg/usr/bin
  67   cp $_builddir/raxmlHPC$extension $startdir/pkg/usr/bin/raxml
  68   cp $_builddir/raxmlHPC-PTHREADS$extension $startdir/pkg/usr/bin/raxml-PTHREADS
  69   if [ $mpi ]
  70   then
  71       cp $_builddir/raxmlHPC-MPI$extension $startdir/pkg/usr/bin/raxml-MPI
  72   fi
  73 }