probcons/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   2 # Contributor: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   3
   4 pkgname=probcons
   5 pkgver=1.12
   6 origver=1.12
   7 pkgrel=1
   8 pkgdesc="Probabilistic consistency-based multiple alignment of amino acid sequences"
   9 arch=('i686' 'x86_64')
  10 url="http://probcons.stanford.edu"
  11 license=('custom')
  12 depends=('gcc-libs')
  13 source=($url/probcons_v1_12.tar.gz PATCH LICENSE)
  14 md5sums=('a658e24b07aaa9e8194317345133ac9d' '95c0d289fea020abc9aca84a4bd60135' '07d5ae99e362fdc62c251712dba9c6d0')
  15
  16 build() {
  17   patch -d $srcdir/probcons < PATCH || return 1
  18
  19   cd $startdir/src/probcons
  20   if [ "${CARCH}" = "i686" ]; then
  21     make CFLAGS=" -march=i686 -mtune=generic -O2 -pipe" || return 1
  22   else
  23     make CFLAGS=" -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe" || return 1
  24   fi
  25
  26   install -D -m755 probcons $startdir/pkg/usr/bin/probcons
  27   install -D -m755 compare $startdir/pkg/usr/bin/compare
  28   install -D -m755 project $startdir/pkg/usr/bin/project
  29   install -D -m755 makegnuplot $startdir/pkg/usr/bin/makegnuplot
  30   install -D -m644 ../LICENSE $startdir/pkg/usr/share/licenses/$pkgname/LICENSE
  31 }