samtools/PKGBUILD

   1 # Contributor: Markus Heuser <markus.heuser@web.de
   2 # Maintainer: Thiago Yukio Kikuchi Oliveira <stratust@gmail.com>
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   4 pkgname=samtools
   5 pkgver=0.1.18
   6 pkgrel=2
   7 pkgdesc="Efficient utilities on manipulating alignments in the SAM format."
   8 arch=("x86_64")
   9 url="http://samtools.sourceforge.net/"
  10 license=('MIT')
  11 depends=('perl' 'zlib')
  12
  13 source=(http://downloads.sourceforge.net/$pkgname/$pkgname-$pkgver.tar.bz2)
  14 md5sums=('71dab132e21c0766f0de84c2371a9157')
  15
  16 build() {
  17   cd $srcdir/$pkgname-$pkgver
  18   make all
  19
  20   # Install main program executable
  21   install -d "$pkgdir/usr/bin/"
  22   install -m755 samtools "$pkgdir/usr/bin"
  23
  24   # Install misc stuff
  25   cd misc
  26   for f in $(ls -l)
  27   do
  28     if [ -x "$f" ]; then
  29       install -m755 "$f" "$pkgdir/usr/bin"
  30     fi
  31   done
  32
  33   cd $srcdir/$pkgname-$pkgver
  34   # Install libbam.a in /usr/local/lib (needed by tophat)
  35   install -d "$pkgdir/usr/local/lib"
  36   install libbam.a "$pkgdir/usr/local/lib"
  37
  38
  39   # Install headers in /usr/local/include/bam (needed by tophat)
  40   install -d "$pkgdir/usr/local/include/bam"
  41   for f in *.h
  42   do
  43       install "$f" "$pkgdir/usr/local/include/bam"
  44   done
  45
  46 }