t/SearchIO/gmap_f9.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: gmap_f9.t 14995 2008-11-16 06:20:00Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5 use warnings;
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 54);
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my $searchio =
  15     Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
  16                -file   => test_input_file('gmap_f9.txt'));
  17
  18 my $result = $searchio->next_result;
  19 isa_ok($result, 'Bio::Search::Result::GenericResult', 'Did we get a Result?');
  20 is($result->num_hits(), 1, 'Did we get the expected number of hits?');
  21 is($result->algorithm(), 'gmap', 'Did we get the expected algorithm?');
  22 is($result->query_name(), 'NM_004448', 'Did we get the expected query_name?');
  23
  24 my $hit = $result->next_hit;
  25 isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::GenericHit', 'Did we get a Hit?');
  26 _check_hit($hit, {name => '17',
  27           length => 4624,
  28           num_hsps => 27,
  29           query_length => 4623
  30          } );
  31
  32 my $hsp = $hit->next_hsp;
  33 _check_hsp($hsp, {algorithm => 'GMAP',
  34           query_gaps => 1,
  35           hit_gaps => 0,
  36           query_length => 310,
  37           hit_length => 311,
  38           qseq => 'GGAGGAGGTGGAGGAGGAGG', # first 20 bases
  39           hseq => 'GGAGGAGGTGGAGGAGGAGG', # ditto
  40           query => {start => 1,
  41                 end => 310,
  42                 strand => 1},
  43           hit => {start => 35109780,
  44               end =>  35110090,
  45               strand => 1},
  46           homology_string => 'GGAGGAGGTGGAGGAGGAGG',
  47           seq_inds_query_gap => [(61)]
  48          } );
  49
  50 my $searchio_rev =
  51     Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
  52                -file   => test_input_file('gmap_f9-reverse-strand.txt'));
  53 my $result_rev = $searchio_rev->next_result;
  54 isa_ok($result_rev,
  55        'Bio::Search::Result::GenericResult', 'Did we get a Result?');
  56 is($result_rev->num_hits(), 1, 'Did we get the expected number of hits?');
  57 is($result_rev->algorithm(), 'gmap', 'Did we get the expected algorithm?');
  58 is($result_rev->query_name(),
  59    'NM_004448', 'Did we get the expected query_name?');
  60
  61 $hit = $result_rev->next_hit;
  62 _check_hit($hit, {name => '17',
  63           length => 4624,
  64           num_hsps => 27,
  65           query_length => 4623
  66          } );
  67
  68 $hsp = $hit->next_hsp;
  69 _check_hsp($hsp, {algorithm => 'GMAP',
  70           query_gaps => 0,
  71           hit_gaps => 0,
  72           query_length => 974,
  73           hit_length => 974,
  74           qseq => 'TAGCTGTTTTCCAAAATATA', # first 20 bases
  75           hseq => 'TAGCTGTTTTCCAAAATATA', # ditto
  76           query => {start => 1,
  77                 end => 974,
  78                 strand => 1},
  79           hit => {start => 35137468,
  80               end =>  35138441,
  81               strand => -1},
  82           homology_string => 'TAGCTGTTTTCCAAAATATA',
  83           seq_inds_query_gap => [()]
  84          } );
  85
  86
  87 $searchio =  Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
  88                 -file   => test_input_file('gmap_f9-multiple_results.txt'));
  89
  90 my $result_count = 0;
  91 while (my $result = $searchio->next_result) {
  92     $result_count++;
  93 }
  94
  95 is($result_count, 58, "Can we loop over multiple results properly (expecting 58)?");
  96
  97 # bug 3021
  98
  99 $searchio =  Bio::SearchIO->new(-format => 'gmap_f9',
 100                 -file   => test_input_file('bug3021.gmap'));
 101
 102 $result = $searchio->next_result;
 103
 104 is($result->query_name, 'NM_004448', 'simple query_name now caught, bug 3021');
 105
 106 exit(0);
 107
 108 sub _check_hit {
 109     my ($hit, $info) = @_;
 110
 111     isa_ok($hit, 'Bio::Search::Hit::HitI');
 112     is($hit->name, $info->{name}, 'Check the name');
 113     is($hit->length, $info->{length}, 'Check the hit length');
 114     is($hit->num_hsps, $info->{num_hsps}, 'Check the number of hsps');
 115     is($hit->query_length, $info->{query_length}, 'Check the query length');
 116
 117 }
 118
 119 sub _check_hsp {
 120     my($hsp, $info) = @_;
 121     isa_ok($hsp, 'Bio::Search::HSP::HSPI');
 122     is($hsp->algorithm, $info->{algorithm}, 'Check the algorithm');
 123     is($hsp->gaps('query'), $info->{query_gaps}, 'Count gaps in the query');
 124     is($hsp->gaps('hit'), $info->{hit_gaps}, 'Count gaps in the hit');
 125     is($hsp->length('query'), $info->{query_length}, 'Length of the query');
 126     is($hsp->length('hit'), $info->{hit_length}, 'Length of the hit');
 127     is(substr($hsp->query_string, 0, 20), $info->{qseq}, 'Query sequence');
 128     is(substr($hsp->hit_string, 0, 20), $info->{hseq}, 'Hit sequence');
 129     is($hsp->query->start, $info->{query}->{start}, "Check query start");
 130     is($hsp->query->end, $info->{query}->{end}, "Check query end");
 131     is($hsp->query->strand, $info->{query}->{strand}, "Check query end");
 132     is(substr($hsp->homology_string, 0, 20), $info->{homology_string}, 'Check the homology string');
 133     is_deeply([$hsp->seq_inds('query', 'gap')], $info->{seq_inds_query_gap}, 'Check seq_inds');
 134     is($hsp->hit->start, $info->{hit}->{start}, "Check hit start");
 135     is($hsp->hit->end, $info->{hit}->{end}, "Check hit end");
 136     is($hsp->hit->strand, $info->{hit}->{strand}, "Check hit end");
 137 }