t/SearchIO/psl.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: UCSCParsers.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 53);
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my $pslparser = Bio::SearchIO->new(-format => 'psl',
  15                                   -file   => test_input_file('sbay_c545-yeast.BLASTZ.PSL'));
  16
  17 my $result = $pslparser->next_result;
  18 is($result->query_name, 'I');
  19 is($result->query_length, 230203);
  20
  21 my $hit    = $result->next_hit;
  22 is($hit->name, 'sbay_c545');
  23 is($hit->length, 28791);
  24 my $hsp    = $hit->next_hsp;
  25 is($hsp->query->start,139871);
  26 is($hsp->query->end,141472);
  27 is($hsp->query->length, 1602);
  28 is($hsp->query->strand, 1);
  29 is($hsp->hit->strand, 1);
  30 my $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  31 is(scalar @$q_gapblocks, 24);
  32 is($q_gapblocks->[0]->[1],45);
  33 is($q_gapblocks->[1]->[1],10);
  34 is($q_gapblocks->[1]->[0],139921);
  35
  36 $hsp       = $hit->next_hsp;
  37 $hsp       = $hit->next_hsp;
  38 is($hsp->hit->start,27302);
  39 is($hsp->hit->end,27468);
  40 is($hsp->hit->length,167);
  41 is($hsp->query->start, 123814);
  42 is($hsp->query->end, 123972);
  43 is($hsp->query->length, 159);
  44 is($hsp->query->strand,-1);
  45
  46 $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  47 is(scalar @$q_gapblocks, 4);
  48 is($q_gapblocks->[0]->[1],116);
  49 is($q_gapblocks->[1]->[1],4);
  50 is($q_gapblocks->[1]->[0],123856);
  51
  52 #-----------------------------------
  53
  54 $pslparser = Bio::SearchIO->new(-format => 'psl',
  55                                -file   => test_input_file('blat.psLayout3'));
  56
  57 $result = $pslparser->next_result;
  58 is($result->query_name, 'sequence_10');
  59 is($result->query_length, 1775);
  60
  61 $hit    = $result->next_hit;
  62 is($hit->name, 'sequence_10');
  63 is($hit->length, 1775);
  64 $hsp    = $hit->next_hsp;
  65 is($hsp->query->start,1);
  66 is($hsp->query->end,1775);
  67 is($hsp->query->length,1775);
  68 is($hsp->query->strand,1);
  69 is($hsp->hit->strand,1);
  70 $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  71 is(scalar @$q_gapblocks, 1);
  72 is($q_gapblocks->[0]->[1],1775);
  73 is($q_gapblocks->[1]->[1],undef);
  74 is($q_gapblocks->[1]->[0],undef);
  75
  76 $hsp       = $hit->next_hsp;
  77 is($hsp->hit->start,841);
  78 is($hsp->hit->end,1244);
  79 is($hsp->query->start, 841);
  80 is($hsp->query->end, 1244);
  81 is($hsp->query->length, 404);
  82 is($hsp->query->strand,-1);
  83 is($hsp->hit->strand,1);
  84
  85 $q_gapblocks = $hsp->gap_blocks('query');
  86 is(scalar @$q_gapblocks, 4);
  87 is($q_gapblocks->[0]->[1],14);
  88 is($q_gapblocks->[1]->[1],21);
  89 is($q_gapblocks->[1]->[0],1152);
  90
  91
  92 is( $hit->next_hsp, undef, 'next_hsp should be undef');
  93 is( $result->next_hit, undef, 'next_hit should be undef');
  94 TODO: {
  95     local $TODO = "next_result should really return undef, not empty string";
  96     is( $pslparser->next_result, undef, 'next_result should be undef');
  97 }
  98
  99 # bug 2850
 100
 101 my $searchio = Bio::SearchIO->new(
 102     -format => 'psl',
 103     -file   => test_input_file('headerless.psl'),
 104 );
 105
 106 lives_ok { my $result = $searchio->next_result };