t/Matrix/ProtPsm.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8    use Bio::Root::Test;
   9
  10    test_begin(-tests => 14);
  11
  12    use_ok('Bio::Matrix::PSM::IO');
  13 }
  14
  15 # Test psiblast reading functionality.
  16 my $psmIO =  Bio::Matrix::PSM::IO->new(-format => 'psiblast',
  17                               -file   => test_input_file('atp1.matrix'));
  18 ok $psmIO;
  19
  20 my $psm = $psmIO->next_psm;
  21 ok $psm;
  22
  23 # Verify that getting IUPAC sequence is functional
  24 my $IUPAC = 'MEMSINPSEISSIIKEQIENYDTKAEVSEVGTVLSVGDGIARVYGLDNVMAGEMVEFPSGVKGMALNLEEDNVGVVLLGDDTGIKEGDLVKRTGKIVEVPVGEALLGRVVDPLGNPIDAKGPIKTDERRPVEVKAPGIIPRKSVHEPLQTGLKAIDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDTIINQKRINDESTDEGKKVYCIYVAIGQKRSTVAQVVQTLREAGALEYTIIVAATAAAPAPAQYLSAYAGCAIGEAFADNGAAACIIHDDLSRQAVAYAIISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSDELGGGSLTALPIIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETDLFNSGIRPAINVGLSVSRVGSAAQIKAMKKVAGSLKLELAQYRELAAFAQFGSDLDAATQAQLNRGARLTELLKQPQYSPLPVEEQVVILYAGVNGYLDDIPVEDIRDFEKELLEYLKSNHPEILESIRTGKLSDEIEKALKEAIKEFV';
  25 is $psm->IUPAC, $IUPAC;
  26
  27 ## Lets try to compress and uncompress the log odds and the
  28 ## frequencies, see if there is no considerable loss of data.
  29 SKIP: {
  30    skip('TODO: Module incomplete',10);
  31    my $fA=$psm->get_compressed_freq('A');
  32    my @check=Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix::_uncompress_string($fA,1,1);
  33    my @A=$psm->get_array('A');
  34    my ($var,$max) = (0,0);
  35
  36    for (my $i = 0; $i<@check;$i++) {
  37      my $diff=abs(abs($check[$i])-abs($A[$i]));
  38      $var += $diff;
  39      $max=$diff if ($diff>$max);
  40    }
  41    my $avg=$var/@check;
  42    cmp_ok $avg,'<',0.01; #Loss of data under 1 percent
  43    is $psm->sequence_match_weight('CAGAAAAATAAAATGGCCACCACCC'),2015;
  44
  45    my $lA=$psm->get_compressed_logs('A');
  46    @check=Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix::_uncompress_string($lA,1000,2);
  47    @A=$psm->get_logs_array('A');
  48    ($var,$max) = (0,0);
  49    for (my $i = 0;$i<@check;$i++) {
  50      my $diff=abs(abs($check[$i])-abs($A[$i]));
  51      $var += $diff;
  52      $max=$diff if ($diff>$max);
  53    }
  54    $avg=$var/@check;
  55    cmp_ok $avg,'<',10; #Loss of data under 1 percent
  56
  57    my $matrix=$psm->matrix;
  58    ok $matrix;
  59    my $psm2=$psm;
  60    $psm2->matrix($matrix);
  61    is $psm,$psm2;
  62
  63    is $IUPAC,'CAGAAAAATWVAATYCCCACCHCCC';
  64    is $IUPAC,$psm2->IUPAC;
  65    is $IUPAC,$matrix->IUPAC;
  66
  67    my $instances=$psm->instances;
  68    ok $instances;
  69
  70    foreach my $instance (@{$instances}) {
  71      my $id=$instance->primary_id;
  72      is $instance->strand,1;
  73      last if (ok $id);
  74    }
  75 }