t/SearchIO/CigarString.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 4);
  11
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $searchio = Bio::SearchIO->new(
  16          -format => 'blast',
  17     -file => test_input_file('blast.report')
  18 );
  19
  20 my @hsps = ();
  21 while(my $result = $searchio->next_result){
  22     while(my $hit = $result->next_hit){
  23         while(my $hsp = $hit->next_hsp){
  24             push @hsps, $hsp;
  25         }
  26     }
  27 }
  28
  29 my $first_hsp = shift @hsps;
  30 my $first_hsp_cigar_string = '504M';
  31 is $first_hsp->cigar_string, $first_hsp_cigar_string;
  32 is $first_hsp->cigar_string, $first_hsp_cigar_string; # fetch from hash
  33
  34 my $second_hsp = $hsps[0];
  35 my $second_hsp_cigar_string = '29M18I22M11I20MD33M4I22M3I25M5I21MI33MD14M';
  36 is $second_hsp->cigar_string, $second_hsp_cigar_string;