t/SearchIO/SearchIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 19);
  10
  11         use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 # only methods defined in Bio::SearchIO should be tested here; all
  15 # parsers should have their own separate SearchIO_*.t test file
  16
  17 # Let's test if _guess_format is doing its job correctly
  18 my %pair = ( 'filename.blast'  => 'blast',
  19              'filename.bls'    => 'blast',
  20              'f.blx'           => 'blast',
  21              'f.tblx'          => 'blast',
  22              'fast.bls'        => 'blast',
  23              'f.fasta'         => 'fasta',
  24              'f.fa'            => 'fasta',
  25              'f.fx'            => 'fasta',
  26              'f.fy'            => 'fasta',
  27              'f.ssearch'       => 'fasta',
  28              'f.SSEARCH.m9'    => 'fasta',
  29              'f.m9'            => 'fasta',
  30              'f.psearch'       => 'fasta',
  31              'f.osearch'       => 'fasta',
  32              'f.exon'          => 'exonerate',
  33              'f.exonerate'     => 'exonerate',
  34              'f.blastxml'      => 'blastxml',
  35              'f.xml'           => 'blastxml');
  36 while( my ($file,$expformat) = each %pair ) {
  37     is(Bio::SearchIO->_guess_format($file),$expformat, "$expformat for $file");
  38 }