t/SearchIO/blasttable.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO.t 14995 2008-11-16 06:20:00Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 166);
  10
  11         use_ok('Bio::SearchIO');
  12     use_ok('Bio::Search::SearchUtils');
  13 }
  14
  15 my ($searchio, $result,$iter,$hit,$hsp);
  16
  17 # test blasttable output
  18 my @eqset = qw( c200-vs-yeast.BLASTN.m9);
  19 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('c200-vs-yeast.BLASTN'),
  20                               -format => 'blast');
  21 $result = $searchio->next_result;
  22 isa_ok($result,'Bio::Search::Result::ResultI');
  23 my %ref = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  24 is( scalar keys %ref, 67);
  25 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('c200-vs-yeast.BLASTN.m8'),
  26                               -program_name => 'BLASTN',
  27                               -format => 'blasttable');
  28 $result = $searchio->next_result;
  29 my %tester = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  30 is( scalar keys %tester, 67);
  31 foreach my $key ( sort keys %ref ) {
  32     is($tester{$key}, $ref{$key},$key);
  33 }
  34
  35 # test WU-BLAST blasttable output
  36 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('test1.wublastp'),
  37                                                    -format => 'blast');
  38 $result = $searchio->next_result;
  39 isa_ok($result,'Bio::Search::Result::ResultI');
  40 my %wuref = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  41 is( scalar keys %wuref, 31);
  42 $searchio = Bio::SearchIO->new(-file => test_input_file('test1.blasttab3'),
  43                               -program_name => 'BLASTP',
  44                               -format => 'blasttable');
  45 $result = $searchio->next_result;
  46 my %wutester = &Bio::Search::SearchUtils::result2hash($result);
  47 is( scalar keys %wutester, 31);
  48 foreach my $key ( sort keys %ref ) {
  49     is($wutester{$key}, $wuref{$key},$key);
  50 }
  51
  52 # BLAST 2.2.18+ tabular output (has 13 columns instead of 12)
  53 $searchio = Bio::SearchIO->new(-format => 'blasttable',
  54                                                           -file   => test_input_file('2008.blasttable'));
  55
  56 while(my $res = $searchio->next_result) {
  57     is($res->query_name, 'gi|1786183|gb|AAC73113.1|');
  58     is($res->algorithm, 'BLASTP');
  59     is($res->algorithm_version, '2.2.18+');
  60     my $hit = $res->next_hit;
  61     is($hit->name, 'gi|34395933|sp|P00561.2|AK1H_ECOLI');
  62     $hit = $res->next_hit;
  63     is($hit->score, 331, 'hit score');
  64     is($hit->raw_score, 331, 'hit raw_score');
  65     my $hsp = $hit->next_hsp;
  66         isa_ok($hsp, 'Bio::SeqFeatureI');
  67     is($hsp->bits, 331);
  68     float_is($hsp->evalue, 2e-91);
  69     is($hsp->start('hit'), 16);
  70     is($hsp->end('hit'), 805);
  71     is($hsp->start('query'), 5);
  72     is($hsp->end('query'), 812);
  73     is($hsp->length, 821);
  74     float_is($hsp->percent_identity, 30.0852618757613, 'fixed bug 3343 (percent identity)');
  75     is($hsp->gaps, 44, 'side effect of fixing bug 3343 (number of gaps)');
  76         my $hit_sf = $hsp->hit;
  77         my $query_sf = $hsp->query;
  78         isa_ok($hit_sf, 'Bio::SeqFeatureI');
  79     is($hit_sf->start(), 16);
  80     is($hit_sf->end(), 805);
  81     is($hit_sf->strand(), 0);
  82         isa_ok($query_sf, 'Bio::SeqFeatureI');
  83     is($query_sf->start(), 5);
  84     is($query_sf->end(), 812);
  85     is($query_sf->strand(), 0);
  86 }