t/SearchIO/megablast.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_megablast.t 14995 2008-11-16 06:20:00Z cjfields $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 31);
  10
  11     use_ok('Bio::SearchIO');
  12 }
  13
  14 my ($searchio, $result, $hit, $hsp);
  15
  16 # this is megablast output type 0
  17 my $in = Bio::SearchIO->new(-file          => test_input_file('503384.MEGABLAST.0'),
  18                         -report_format => 0,
  19                         -format        => 'megablast');
  20 my $r = $in->next_result;
  21 my @dcompare = (
  22               ['Contig634', 7620, 7941, 1, 1, 321, -1],
  23               ['Contig1853', 6406, 6620, 1, 1691, 1905, 1],
  24               ['Contig3700', 8723,9434, 1, 4083, 4794, -1],
  25               ['Contig3997', 1282, 1704, 1, 1546, 1968,-1 ],
  26               );
  27
  28 is($r->query_name, '503384');
  29
  30 while( my $hit = $r->next_hit ) {
  31     my $d = shift @dcompare;
  32     is($hit->name, shift @$d);
  33     my $hsp = $hit->next_hsp;
  34     is($hsp->query->start, shift @$d);
  35     is($hsp->query->end, shift @$d);
  36     is($hsp->query->strand, shift @$d);
  37     is($hsp->hit->start, shift @$d);
  38     is($hsp->hit->end, shift @$d);
  39     is($hsp->hit->strand, shift @$d);
  40 }
  41 is(@dcompare, 0);
  42