t/SeqIO/MultiFile.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 5);
  10
  11     use_ok 'Bio::SeqIO::MultiFile';
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16
  17 # Test multiple files, with a specified format
  18 ok my $mf = Bio::SeqIO::MultiFile->new(
  19     -format  => 'Fasta' ,
  20     -verbose => $verbose,
  21     -files   => [ test_input_file('multi_1.fa'), test_input_file('multi_2.fa')],
  22 );
  23
  24 my $count = 0;
  25 while (my $seq = $mf->next_seq() ) {
  26     $count++;
  27 }
  28 is $count, 12;
  29
  30
  31 # Automatically determine format
  32 ok $mf = Bio::SeqIO::MultiFile->new(
  33     -verbose => $verbose,
  34     -files   => [ test_input_file('multi_1.fa'), test_input_file('multi_2.fa')],
  35 );
  36
  37 is $mf->format, 'fasta';