t/SeqIO/SeqBuilder.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8     test_begin(-tests => 137);
   9     use_ok('Bio::SeqIO');
  10 }
  11
  12 my $verbosity = test_debug;
  13
  14 my ($seqio, $seq); # predeclare variables for strict
  15
  16 # default mode
  17 ok $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
  18                             '-format' => 'GenBank');
  19 $seqio->verbose($verbosity);
  20
  21 my $numseqs = 0;
  22 my @loci = qw(U63596 U63595 M37762 NT_010368 L26462);
  23 my @numfeas = (3,1,6,3,26);
  24
  25 while ($seq = $seqio->next_seq) {
  26     is $seq->accession_number, $loci[$numseqs++];
  27     ok $seq->annotation->get_Annotations;
  28     is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1];
  29     ok $seq->species->binomial;
  30     ok $seq->seq;
  31     ok $seq->desc;
  32     ok $seq->id;
  33 }
  34 is $numseqs, 5;
  35
  36 # minimalistic mode
  37 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
  38                          '-format' => 'GenBank');
  39 ok $seqio;
  40 $seqio->verbose($verbosity);
  41 ok my $seqbuilder = $seqio->sequence_builder;
  42 isa_ok $seqbuilder, "Bio::Factory::ObjectBuilderI";
  43 $seqbuilder->want_none;
  44 $seqbuilder->add_wanted_slot('display_id','accession_number','desc');
  45
  46 $numseqs = 0;
  47
  48 while ($seq = $seqio->next_seq) {
  49     is $seq->accession_number, $loci[$numseqs++];
  50     is scalar(grep { ! ($_->tagname eq "keyword" ||
  51                         $_->tagname eq "date_changed" ||
  52                         $_->tagname eq "secondary_accession"); }
  53                $seq->annotation->get_Annotations), 0;
  54     if ($numseqs <= 3) {
  55         is scalar($seq->top_SeqFeatures), 0;
  56     }
  57     else {
  58         is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1];
  59     }
  60     is $seq->species, undef;
  61     is $seq->seq, undef;
  62     ok $seq->desc;
  63     ok $seq->id;
  64     # switch on features for the last 2 seqs
  65     $seqbuilder->add_wanted_slot('features') if $numseqs == 3;
  66 }
  67 is $numseqs, 5;
  68
  69 # everything but no sequence, and no features
  70 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
  71                          '-format' => 'GenBank');
  72 ok $seqio;
  73 $seqio->verbose($verbosity);
  74 $seqbuilder = $seqio->sequence_builder;
  75 # want-all is default
  76 $seqbuilder->add_unwanted_slot('seq','features');
  77
  78 $numseqs = 0;
  79
  80 while ($seq = $seqio->next_seq) {
  81     is $seq->accession_number, $loci[$numseqs++];
  82     ok scalar($seq->annotation->get_Annotations);
  83     if ($numseqs <= 3) {
  84         is scalar($seq->top_SeqFeatures), 0;
  85     }
  86     else {
  87         is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1];
  88     }
  89     ok $seq->species->binomial;
  90     is $seq->seq, undef;
  91     ok $seq->desc;
  92     ok $seq->id;
  93     # switch on features for the last 2 seqs
  94     if ($numseqs == 3) {
  95         $seqbuilder->add_unwanted_slot(
  96             grep { $_ ne 'features'; } $seqbuilder->remove_unwanted_slots
  97         );
  98     }
  99 }
 100 is $numseqs, 5;
 101
 102 # skip sequences less than 100bp or accession like 'NT_*'
 103 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
 104                          '-format' => 'GenBank');
 105 ok $seqio;
 106 $seqio->verbose($verbosity);
 107 $seqbuilder = $seqio->sequence_builder;
 108 # we could have as well combined the two conditions into one, but we want to
 109 # test the implicit AND here
 110 $seqbuilder->add_object_condition(sub {
 111     my $h = shift;
 112     return 0 if($h->{'-length'} < 100);
 113     return 1;
 114 });
 115 $seqbuilder->add_object_condition(sub {
 116     my $h = shift;
 117     return 0 if($h->{'-display_id'} =~ /^NT_/);
 118     return 1;
 119 });
 120
 121 $numseqs = 0;
 122 my $i = 0;
 123
 124 while ($seq = $seqio->next_seq) {
 125     $numseqs++;
 126     is $seq->accession_number, $loci[$i];
 127     ok scalar($seq->annotation->get_Annotations);
 128     is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$i];
 129     ok $seq->species->binomial;
 130     ok $seq->seq;
 131     ok $seq->desc;
 132     ok $seq->id;
 133     $i += 2;
 134 }
 135 is $numseqs, 3;