t/SeqIO/SeqIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 58);
  10
  11     use_ok 'Bio::SeqIO';
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16 my @formats = qw(gcg fasta raw pir tab ace );
  17 # The following files or formats are failing: swiss genbank interpro embl
  18
  19 for my $format (@formats) {
  20     print "======== $format ========\n" if $verbose;
  21     my $seq;
  22     my $str = Bio::SeqIO->new( -file   => test_input_file("test.$format"),
  23                                -format => $format                          );
  24
  25     is $str->format(), $format;
  26
  27     ok $seq = $str->next_seq();
  28     print "Sequence 1 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, "\n\n" if  $verbose;
  29     unless ($format eq 'raw') {
  30         is $seq->id, 'roa1_drome',"ID for format $format";
  31         is $seq->length, 358;
  32     }
  33
  34     unless ($format eq 'gcg') { # GCG file can contain only one sequence
  35         ok $seq = $str->next_seq();
  36         print "Sequence 2 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, $seq->seq, "\n" if $verbose;
  37     }
  38
  39     my $outfile = test_output_file();
  40     my $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$outfile",
  41                                -format => $format      );
  42     ok $out->write_seq($seq);
  43     if ($format eq 'fasta') {
  44         my $id_type;
  45         ok($id_type = $out->preferred_id_type('accession.version'),
  46             'accession.version');
  47     }
  48
  49     ok -s $outfile;
  50 }
  51
  52
  53
  54 # from testformats.pl
  55 SKIP: {
  56     test_skip(-tests => 6, -requires_modules => [qw(Algorithm::Diff
  57                                                     IO::ScalarArray
  58                                                     IO::String)]);
  59     use_ok 'Algorithm::Diff';
  60     eval "use Algorithm::Diff qw(diff LCS);";
  61     use_ok 'IO::ScalarArray';
  62     use_ok 'IO::String';
  63
  64     my %files = (
  65              #'test.embl'      => 'embl',
  66              #'test.ace'       => 'ace',
  67               'test.fasta'     => 'fasta',
  68              #'test.game'      => 'game',
  69               'test.gcg'       => 'gcg',
  70              #'test.genbank'   => 'genbank',
  71               'test.raw'       => 'raw',
  72              #'test_badlf.gcg' => 'gcg'
  73               );
  74
  75     while( my ($file, $type) = each %files ) {
  76         my $filename = test_input_file($file);
  77         print "processing file $filename\n" if $verbose;
  78         open my $FILE, '<', $filename or die "Could not read file '$filename': $!\n";
  79         my @datain = <$FILE>;
  80         close $FILE;
  81
  82         my $in = IO::String->new( join('', @datain) );
  83         my $seqin = Bio::SeqIO->new( -fh     => $in,
  84                                      -format => $type );
  85         my $out = IO::String->new();
  86         my $seqout = Bio::SeqIO->new( -fh     => $out,
  87                                       -format => $type );
  88         my $seq;
  89         while( defined($seq = $seqin->next_seq) ) {
  90             $seqout->write_seq($seq);
  91         }
  92         $seqout->close();
  93         $seqin->close();
  94         my $strref = $out->string_ref;
  95         my @dataout = map { $_."\n"} split(/\n/, $$strref );
  96         my @diffs = &diff( \@datain, \@dataout);
  97         is @diffs, 0;
  98
  99         if(@diffs && $verbose) {
 100             foreach my $d ( @diffs ) {
 101                 foreach my $diff ( @$d ) {
 102                     chomp($diff->[2]);
 103                     print $diff->[0], $diff->[1], "\n>", $diff->[2], "\n";
 104                 }
 105             }
 106             print "in is \n", join('', @datain), "\n";
 107             print "out is \n", join('',@dataout), "\n";
 108         }
 109     }
 110 }
 111
 112 # simple tests specific to Bio::SeqIO interface (applicable to all SeqIO
 113 # modules)
 114
 115 ##############################################
 116 # test format() and variant() in Bio::RootIO
 117 ##############################################
 118
 119 my $in = Bio::SeqIO->new(
 120    -file    => test_input_file('bug2901.fa'),
 121    -format  => "fasta",
 122 );
 123 is $in->format, 'fasta';
 124 is $in->variant, undef;
 125
 126 $in = Bio::SeqIO->new(
 127    -file    => test_input_file('fastq', 'illumina_faked.fastq'),
 128    -format  => "fastq",
 129    -variant => 'illumina',
 130 );
 131 is $in->format, 'fastq';
 132 is $in->variant, 'illumina';
 133
 134
 135 ######################################################
 136 # test format detection from different inputs
 137 ######################################################
 138
 139 $in = Bio::SeqIO->new( -file => test_input_file('test.fastq') );
 140 is $in->format, 'fastq';
 141
 142 open my $fh, '<', test_input_file('test.genbank') or die "Could not read file 'test.genbank': $!\n";
 143 $in = Bio::SeqIO->new( -fh => $fh );
 144 is $in->format, 'genbank';
 145 close $fh;
 146
 147 my $string = ">seq\nACGATCG\n";
 148 $in = Bio::SeqIO->new( -string => $string );
 149 is $in->format, 'fasta';
 150
 151
 152 ############ EXCEPTION HANDLING ############
 153
 154 TODO: {
 155     local $TODO = 'file/fh-based tests should be in Bio::Root::IO, see issue #3204';
 156     throws_ok {
 157         Bio::SeqIO->new();
 158     } qr/No file, fh, or string argument provided/, 'Must pass a file or file handle';
 159 }
 160
 161 throws_ok {
 162     Bio::SeqIO->new(-fh => undef);
 163 } qr/fh argument provided, but with an undefined value/,
 164     'Must pass a file or file handle';
 165
 166 throws_ok {
 167     Bio::SeqIO->new(-file => undef);
 168 } qr/file argument provided, but with an undefined value/,
 169     'Must pass a file or file handle';
 170
 171 throws_ok {
 172     Bio::SeqIO->new(-file => 'foo.bar');
 173 } qr/Could not read file 'foo.bar':/,
 174     'Must pass a real file';