t/SeqIO/ace.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use Bio::Root::Test;
   8
   9     test_begin(-tests => 7);
  10
  11     use_ok 'Bio::SeqIO';
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug();
  15
  16 my $t_file = test_input_file('test.ace');
  17 my $before;
  18 {
  19     local $/ = undef;
  20     open my $BEFORE, '<', $t_file or die "Could not read file '$t_file': $!\n";
  21     $before = <$BEFORE>;
  22     close $BEFORE;
  23 }
  24
  25 my $a_in = Bio::SeqIO->new( -FILE    => $t_file,
  26                             -verbose => $verbose,
  27                             -FORMAT  => 'ace' );
  28 my @a_seq;
  29 while (my $a = $a_in->next_seq) {
  30     push @a_seq, $a;
  31 }
  32
  33 is @a_seq, 3, 'number of sequence objects';
  34
  35 my $esc_name = $a_seq[1]->display_id;
  36 is $esc_name, 'Name; 4% strewn with \ various / escaped characters',
  37     "unescaping of characters, $esc_name";
  38
  39 is $a_seq[0]->alphabet, 'protein', 'alphabets detected';
  40 is $a_seq[1]->alphabet, 'dna', 'alphabets detected';
  41
  42 my $o_file = test_output_file();
  43 my $a_out = Bio::SeqIO->new( -FILE    => ">$o_file",
  44                              -verbose => $verbose,
  45                              -FORMAT  => 'ace' );
  46 my $a_out_ok = 1;
  47 for my $a (@a_seq) {
  48     $a_out->write_seq($a) or $a_out_ok = 0;
  49 }
  50 undef($a_out);  # Flush to disk
  51 is $a_out_ok,1,'writing sequence';
  52
  53 my $after;
  54 {
  55     local $/ = undef;
  56     open my $AFTER, '<', $o_file or die "Could not read file '$o_file': $!\n";
  57     $after = <$AFTER>;
  58     close $AFTER;
  59 }
  60
  61 is( ($before and $after and ($before eq $after)), 1, 'test output');