t/SeqIO/game.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 24,
  10                    -requires_modules => [qw(XML::Parser::PerlSAX XML::Writer)]);
  11     use_ok('Bio::SeqIO::game');
  12 }
  13
  14 my $verbose = test_debug() || -1;
  15 my $str = Bio::SeqIO->new('-file'=> test_input_file('test.game'),
  16                           '-format' => 'game',
  17                           '-verbose' => $verbose);
  18 isa_ok ($str, 'Bio::SeqIO');
  19 my $seq = $str->next_seq();
  20 isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeq');
  21
  22 # exercise game parsing
  23 $str = Bio::SeqIO->new(
  24     -format =>'game',
  25     -file => test_input_file('test.game')
  26                       );
  27 $seq = $str->next_seq;
  28 ok(defined $seq);
  29 ok(defined $seq->seq);
  30 is($seq->alphabet, 'dna');
  31 is($seq->display_id, 'L16622');
  32 is($seq->length, 28735);
  33 is($seq->species->binomial, 'Caenorhabditis elegans');
  34 my @feats = $seq->get_SeqFeatures;
  35 is(scalar(@feats), 7);
  36 my $source = grep { $_->primary_tag eq 'source' } @feats;
  37 ok($source);
  38 my @genes = grep { $_->primary_tag eq 'gene' } @feats;
  39 is(scalar(@genes), 3);
  40 ok($genes[0]->has_tag('gene'));
  41 my $gname;
  42 if ( $genes[0]->has_tag('gene') ) {
  43     ($gname) = $genes[0]->get_tag_values('gene');
  44 }
  45 is($gname, 'C02D5.3');
  46 is($genes[0]->strand, 1);
  47 my $cds   = grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } @feats;
  48 is($cds, 3);
  49
  50 # make sure we can read what we write
  51 # test XML-writing
  52 my $testfile = test_output_file();
  53 # map argument is require to write a <map_position> element
  54 my $out = Bio::SeqIO->new(-format => 'game', -file => ">$testfile", -map => 1);
  55 $out->write_seq($seq);
  56 $out->close();
  57
  58 $str = Bio::SeqIO->new(-format =>'game', -file => $testfile);
  59 $seq = $str->next_seq;
  60 ok(defined $seq);
  61 ok(defined $seq->seq);
  62 is($seq->alphabet, 'dna');
  63 is($seq->display_id, 'L16622');
  64 is($seq->length, 28735);
  65 is($seq->species->binomial, 'Caenorhabditis elegans');
  66
  67 my $genes = grep { $_->primary_tag eq 'gene' } @feats;
  68 $cds   = grep { $_->primary_tag eq 'CDS' } @feats;
  69 is($genes, 3);
  70 is($cds, 3);