t/SeqIO/pir.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin( -tests => 12 );
   9
  10     use_ok('Bio::SeqIO::pir');
  11 }
  12
  13 my $verbose = test_debug();
  14
  15 my $in = Bio::SeqIO->new(
  16     -file    => test_input_file('seqfile.pir'),
  17     -verbose => $verbose,
  18     -format  => 'pir'
  19 );
  20
  21 ok( defined $in, 'new instance is defined ' );
  22 isa_ok( $in, 'Bio::SeqIO' );
  23
  24 my $out = Bio::SeqIO->new(
  25     -format => 'pir',
  26     -fh     => \*STDOUT
  27 );
  28
  29 while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
  30     ok( $seq->length > 1, 'checked length' );
  31     $out->write_seq($seq) if $verbose > 0;
  32 }
  33
  34 # Empty description line
  35 $in = Bio::SeqIO->new(
  36     -file    => test_input_file('seqfile-no-desc.pir'),
  37     -verbose => $verbose,
  38     -format  => 'pir'
  39 );
  40 my $seq = $in->next_seq();
  41 ok( $seq->seq =~ /^MGD/, 'Correct start' );
  42 $seq = $in->next_seq();
  43 ok( $seq->seq =~ /^GDV/, 'Correct start' );
  44 $seq = $in->next_seq();
  45 ok( $seq->seq =~ /^GDV/, 'Correct start' );