t/SeqTools/ECnumber.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use Bio::Root::Test;
   8
   9         test_begin(-tests => 27);
  10
  11     use_ok('Bio::Tools::ECnumber');
  12 }
  13
  14
  15
  16 my $EC1 = Bio::Tools::ECnumber->new( -ec_string => " EC  01. 02.03.00022  ",
  17                                      -comment   => "is 1.2.3.22" );
  18
  19
  20 my $EC2 = Bio::Tools::ECnumber->new( -ec_string => "ec:1.2.3.-",
  21                                      -comment   => "is 1.2.3.-" );
  22
  23
  24 my $EC3 = $EC1->copy();
  25
  26 isa_ok( $EC1,"Bio::Tools::ECnumber" );
  27
  28 isa_ok( $EC3,"Bio::Tools::ECnumber");
  29
  30 is( $EC1->EC_string(), "1.2.3.22" );
  31
  32 is( $EC1->EC_string(), "1.2.3.22" );
  33
  34 is( $EC1->to_string(), "1.2.3.22" );
  35
  36 is( $EC1->comment(),   "is 1.2.3.22" );
  37
  38 is( $EC1->enzyme_class(), "1" );
  39
  40 is( $EC1->sub_class(), "2" );
  41
  42 is( $EC1->sub_sub_class(), "3" );
  43
  44 is( $EC1->serial_number(), "22" );
  45
  46 ok( $EC3->is_equal( $EC1 ) );
  47
  48 ok( $EC3->is_equal( "1.2.3.22" ) );
  49
  50 ok( ! $EC3->is_equal( "1.2.3.-" ) );
  51
  52 ok( ! $EC3->is_equal( "1.2.3.23" ) );
  53
  54 ok( $EC1->is_member( $EC2 ) );
  55
  56 ok( $EC1->is_member( "1.2.3.-" ) );
  57
  58 $EC1->init();
  59
  60 ok( $EC2->is_member( $EC1 ) );
  61
  62 is( $EC1->to_string(), "-.-.-.-" );
  63
  64 $EC1->enzyme_class( 44 );
  65
  66 $EC1->sub_class( "033" );
  67
  68 $EC1->sub_sub_class( 22 );
  69
  70 $EC1->serial_number( "-" );
  71
  72 is( $EC1->to_string(), "44.33.22.-" );
  73
  74 ok( ! $EC1->is_member( "44.33.23.-" ) );
  75
  76 ok( ! $EC1->is_member( "44.33.22.1" ) );
  77
  78 ok( $EC1->is_member( "-.-.-.-" ) );
  79
  80 ok( $EC1->is_member( "44.-.-.-" ) );
  81
  82 ok( $EC1->is_member( "44.33.-.-" ) );
  83
  84 ok( $EC1->is_member( "EC 44.33.22.-" ) );
  85
  86 ok( ! $EC1->is_member( "45.33.22.-" ) );