t/data/new_blastn.txt

   1 BLASTN 2.2.13 [Nov-27-2005]
   2 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
   3 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman
   4 (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
   5 protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   6
   7 RID: 1141079027-8324-8848328247.BLASTQ4
   8
   9
  10 Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS,
  11 GSS,environmental samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
  12            3,742,891 sequences; 16,670,205,594 total letters
  13 Query=  pyrR, 558 bases, FB21E40C checksum.
  14 Length=558
  15
  16
  17                                                                    Score     E
  18 Sequences producing significant alignments:                        (Bits)  Value
  19
  20 gi|41400296|gb|AE016958.1|  Mycobacterium avium subsp. paratub...   236    6e-59
  21 gi|54013472|dbj|AP006618.1|  Nocardia farcinica IFM 10152 DNA, co   127    4e-26
  22 gi|57546753|dbj|BA000030.2|  Streptomyces avermitilis MA-4680 gen   119    1e-23
  23
  24 ALIGNMENTS
  25 >gi|41400296|gb|AE016958.1| Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis str. k10, complete
  26 genome
  27 Length=4829781
  28
  29  Features in this part of subject sequence:
  30    PyrR
  31
  32  Score =  236 bits (119),  Expect = 6e-59
  33  Identities = 248/291 (85%), Gaps = 0/291 (0%)
  34  Strand=Plus/Plus
  35
  36 Query  262      CCGCCGCGTCCGCTGGAGGCCACCTCCATTCCCGCGGGCGGTGTCGACGACGCGATCGTC  321
  37                 |||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||  ||||||||||| | ||
  38 Sbjct  1166897  CCGCCGCGGCCGCTGGAGGCCACCTCGATCCCGGCCGGCGGCATCGACGACGCGCTGGTG  1166956
  39
  40 Query  322      ATCCTCGTCGACGACGTCCTGTACTCGGGCCGCTCGGTCCGCTCGGCGCTGGACGCGCTG  381
  41                 ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
  42 Sbjct  1166957  ATCCTGGTCGACGACGTGCTCTACTCCGGCCGCTCGGTGCGCTCGGCACTGGACGCGCTG  1167016
  43
  44 Query  382      CGCGACATCGGTCGCCCCCGCATCGTGCAGCTGGCGGTGCTGGTCGACCGCGGGCACCGC  441
  45                 |||||| | || ||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
  46 Sbjct  1167017  CGCGACGTGGGCCGCCCGCGGGTGGTGCAACTGGCGGTGCTGGTCGACCGCGGTCACCGC  1167076
  47
  48 Query  442      GAGCTGCCCATCCGGGCCGACTACGTGGGCAAGAACGTCCCGACCTCACGCAGCGAAAGC  501
  49                 ||||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||
  50 Sbjct  1167077  GAGCTGCCGCTGCGCGCCGACTACGTCGGCAAGAACGTCCCCACCTCGCGCAGTGAGAGC  1167136
  51
  52 Query  502      GTCCACGTGCTGCTCAGCGAACACGACGACCGCGACGGAGTGGTGATCTCG  552
  53                 || |||||||||||   ||| ||||||| |  |||||| ||||||||||||
  54 Sbjct  1167137  GTGCACGTGCTGCTGGCCGAGCACGACGGCGCCGACGGGGTGGTGATCTCG  1167187
  55
  56
  57 >gi|54013472|dbj|AP006618.1| Nocardia farcinica IFM 10152 DNA, complete genome
  58 Length=6021225
  59
  60  Features in this part of subject sequence:
  61    putative pyrimidine operon regulator
  62
  63  Score =  127 bits (64),  Expect = 4e-26
  64  Identities = 85/92 (92%), Gaps = 0/92 (0%)
  65  Strand=Plus/Minus
  66
  67 Query  406      GTGCAGCTGGCGGTGCTGGTCGACCGCGGGCACCGCGAGCTGCCCATCCGGGCCGACTAC  465
  68                 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||
  69 Sbjct  3837536  GTGCAGCTGGCCGTGCTGGTCGACCGCGGCCACCGCGAGCTGCCGATCCGCGCCGACTAC  3837477
  70
  71 Query  466      GTGGGCAAGAACGTCCCGACCTCACGCAGCGA  497
  72                 |||||||||||||| || ||||| ||||||||
  73 Sbjct  3837476  GTGGGCAAGAACGTGCCCACCTCCCGCAGCGA  3837445
  74
  75
  76 >gi|57546753|dbj|BA000030.2| Streptomyces avermitilis MA-4680 genomic DNA, complete genome
  77 Length=9025608
  78
  79  Features in this part of subject sequence:
  80    putative pyrimidine operon regulatory protein
  81
  82  Score =  119 bits (60),  Expect = 1e-23
  83  Identities = 135/160 (84%), Gaps = 0/160 (0%)
  84  Strand=Plus/Plus
  85
  86 Query  323      TCCTCGTCGACGACGTCCTGTACTCGGGCCGCTCGGTCCGCTCGGCGCTGGACGCGCTGC  382
  87                 ||||||||||||||||||| | ||| |||||| |  ||||| | || || |||||||||
  88 Sbjct  8189890  TCCTCGTCGACGACGTCCTCTTCTCCGGCCGCACCATCCGCGCCGCCCTCGACGCGCTGA  8189949
  89
  90 Query  383      GCGACATCGGTCGCCCCCGCATCGTGCAGCTGGCGGTGCTGGTCGACCGCGGGCACCGCG  442
  91                  ||||||||| ||||| |||  ||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||
  92 Sbjct  8189950  ACGACATCGGCCGCCCGCGCGCCGTACAGCTCGCGGTCCTCGTCGACCGCGGTCACCGCG  8190009
  93
  94 Query  443      AGCTGCCCATCCGGGCCGACTACGTGGGCAAGAACGTCCC  482
  95                 | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||
  96 Sbjct  8190010  AACTGCCCATCCGCGCCGACTACGTCGGCAAGAACCTCCC  8190049
  97
  98
  99
 100   Database: All GenBank+EMBL+DDBJ+PDB sequences (but no EST, STS, GSS,environmental
 101 samples or phase 0, 1 or 2 HTGS sequences)
 102     Posted date:  Feb 23, 2006  9:00 AM
 103   Number of letters in database: -509,663,586
 104   Number of sequences in database:  3,742,891
 105 Lambda     K      H
 106     1.37    0.711     1.31
 107 Gapped
 108 Lambda     K      H
 109     1.37    0.711     1.31
 110 Matrix: blastn matrix:1 -3
 111 Gap Penalties: Existence: 5, Extension: 2
 112 Number of Sequences: 3742891
 113 Number of Hits to DB: 2465616
 114 Number of extensions: 117843
 115 Number of successful extensions: 1771
 116 Number of sequences better than 1e-23: 0
 117 Number of HSP's better than 1e-23 without gapping: 0
 118 Number of HSP's gapped: 1771
 119 Number of HSP's successfully gapped: 0
 120 Length of query: 558
 121 Length of database: 16670205594
 122 Length adjustment: 22
 123 Effective length of query: 536
 124 Effective length of database: 16670205594
 125 Effective search space: 8935230198384
 126 Effective search space used: 8891094027712
 127 A: 0
 128 X1: 11 (21.8 bits)
 129 X2: 15 (29.7 bits)
 130 X3: 25 (49.6 bits)
 131 S1: 14 (28.2 bits)
 132 S2: 60 (119.4 bits)
 133
 134