t/AlignIO/phylip.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2
   3 use strict;
   4
   5 BEGIN {
   6     use Bio::Root::Test;
   7
   8     test_begin(-tests => 20);
   9
  10         use_ok('Bio::AlignIO::phylip');
  11 }
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  13 my $DEBUG = test_debug();
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  15 my ($str,$aln,$strout,$status);
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  17 # PHYLIP sequential/non-interleaved
  18 $strout = Bio::AlignIO->new('-file'  => test_input_file('noninterleaved.phy'), '-interleaved' => 0,
  19                             '-format' => 'phylip');
  20 $aln = $strout->next_aln($aln);
  21 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  22 is($aln->get_seq_by_pos(2)->seq(), 'CCTCAGATCACTCTTTGGCAACGACCCCTCGTCACAATAA'.
  23    'AGGTAGGGGGGCAACTAAAGGAAGCTCTATTAGATACAGGAGCAGATGATACAGTATTAGAAGACATGAATT'.
  24    'TGCCAGGAAGATGGAAACCAAAAATGATAGGGGGAATTGGAGGGTTTATCAAAGTAAGACAGTATGATCAGA'.
  25    'TACCCATAGAGATCTGTGGACATAAAGCTATAGGTACAGTATTAGTAGGACCCACACCTGTCAATATAATTG'.
  26    'GAAGAAATCTGTTGACTCAGATTGGTTGCACTTTAAATTTT' );
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  28 # PHYLIP interleaved with long Ids
  29 $str = Bio::AlignIO->new(
  30     '-file' => test_input_file("protpars_longid.phy"),
  31     '-format' => 'phylip',
  32     'longid' => 1);
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  34 $aln = $str->next_aln();
  35 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  36 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  37 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'S I N F R U  P 0 0 1 /1-84';
  38 is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
  39
  40 # PHYLIP interleaved, multiple segments
  41 $str = Bio::AlignIO->new(
  42     '-file' => test_input_file("protpars.phy"),
  43     '-format' => 'phylip');
  44
  45 $aln = $str->next_aln();
  46 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  47 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  48 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'SINFRUP001/1-4940';
  49 # is $aln->get_seq_by_pos(2)->get_nse, 'SINFRUP002/1-84';
  50
  51 # PHYLIP interleaved
  52 $str = Bio::AlignIO->new(
  53     '-file' => test_input_file("testaln.phylip"),
  54     '-format' => 'phylip');
  55 $aln = $str->next_aln();
  56 #isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
  57 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
  58 is $aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'Homo_sapie/1-45';
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  60 $strout = Bio::AlignIO->new(
  61     '-file'  => ">".test_output_file(),
  62     '-format' => 'phylip');
  63 $status = $strout->write_aln($aln);
  64 is $status, 1, "phylip output test";
  65
  66 # check the LocatableSeq start/end/strand etc
  67 my $ls = $aln->get_seq_by_pos(2);
  68 is($ls->display_id, 'Pan_panisc');
  69 is($ls->start, 1);
  70 is($ls->end,47);
  71 is($ls->length,50);
  72
  73 # bug 2984
  74 TODO: {
  75     local $TODO = 'problems with default strand';
  76     # shouldn't this be 0?
  77     is($ls->strand,0);
  78 }
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  80 # check to see that newlines between header and sequences are parsed correctly
  81 $str = Bio::AlignIO->new('-file' => test_input_file("codeml45b.mlc"), -format => 'phylip', '-longid' => 1);
  82 $aln = $str->next_aln();
  83 $ls = $aln->get_seq_by_pos(9);
  84 ok($ls->display_id eq "Pop_trich_ch", "newline between header and sequences is parsed correctly");
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  86 # bug 123 "Problem with newer versions of AlignIO to write alignment data #123"
  87 my $io = Bio::AlignIO->new(
  88     -file => test_input_file("ORTHOMCL2345.cluster.aa.fa.aln.aa.phy.txt"),
  89     -format => 'phylip');
  90 $aln = $io->next_aln();
  91 isa_ok($aln,'Bio::SimpleAlign');
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  93 # Alignment file where an id has spaces in it
  94 $io = Bio::AlignIO->new(
  95     -file => test_input_file("ids-with-spaces.phy"),
  96     -format => 'phylip');
  97 $aln = $io->next_aln();
  98 isa_ok($aln,'Bio::SimpleAlign');
  99 is($aln->get_seq_by_pos(1)->display_id, 'A_BAD_ID');
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