t/Tools/Run/RemoteBlast_rpsblast.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 # malcolm_cook@stowers.org: this test is in a separate file from
   5 # RemoteBlast.t (on which it is modelled) since there is some sort of
   6 # side-effecting between the multiple remote blasts that is causing
   7 # this test to fail, if it comes last, or the other test to fail, if
   8 # this one comes first.  THIS IS A BUG EITHER IN REMOTE BLAST OR MY
   9 # UNDERSTANDING, i.e. of how to initialize it.
  10
  11 use strict;
  12
  13 BEGIN {
  14     use lib '.';
  15     use Bio::Root::Test;
  16
  17     test_begin(-tests               => 7,
  18                -requires_modules    => [qw(IO::String
  19                                            LWP::UserAgent)],
  20                -requires_networking => 1);
  21
  22     use_ok('Bio::Tools::Run::RemoteBlast');
  23 }
  24
  25 my $v = test_debug();
  26 my $inputfilename = test_input_file('ecolitst.fa');
  27 ok( -e $inputfilename);
  28
  29 my $remote_rpsblast
  30     = Bio::Tools::Run::RemoteBlast->new(-verbose    => test_debug(),
  31                                         -prog       => 'blastp',
  32                                         -data       => 'cdd',
  33                                         -readmethod => 'blasttable',
  34                                         -expect     => '1e-10',
  35                                         );
  36 $remote_rpsblast->retrieve_parameter('ALIGNMENT_VIEW', 'Tabular');
  37
  38 # This is the key to getting job run using rpsblast:
  39 $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'SERVICE'} = 'rpsblast';
  40
  41 my $attempt = 1;
  42
  43 SKIP: {
  44     my $status;
  45     eval{
  46         $status = $remote_rpsblast->submit_blast($inputfilename);
  47     };
  48
  49     ok($status,'rpsblast blasttable submitted');
  50     skip("Error accessing remote BLAST interface: $@", 4) if $@;
  51
  52     my @rids = $remote_rpsblast->each_rid;
  53     is(@rids, 1, 'should only be one RID');
  54     skip("Wrong number of RIDs: ".scalar(@rids), 3) if @rids != 1;
  55
  56     diag("Retrieving $rids[0]...\n") if $v;
  57     my $rc;
  58     while (defined($rc = $remote_rpsblast->retrieve_blast($rids[0]))) {
  59         if ( !ref($rc) ) {
  60             if ( $rc < 0 ) {
  61                 skip("need a better solution for when 'Server failed to return any data'",2);
  62             }
  63             sleep 5;
  64             diag("Retrieval attempt: $attempt\n") if $v;
  65             $attempt++ < 10 ? next : last;
  66         }
  67         else {
  68             last;
  69         }
  70     }
  71     $remote_rpsblast->remove_rid($rids[0]);
  72
  73     if ($rc) {
  74         ok(1,'retrieve_blast succeeded');
  75         $remote_rpsblast->remove_rid($rids[0]);
  76         my $count = 0;
  77         isa_ok($rc, 'Bio::SearchIO');
  78
  79         while (my $result = $rc->next_result) {
  80             while ( my $hit = $result->next_hit ) {
  81                 $count++;
  82                 next unless ( $v > 0);
  83                 print "sbjct name is ", $hit->name, "\n";
  84                 while ( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
  85                     print "score is ", $hsp->bits, "\n";
  86                 }
  87             }
  88         }
  89         cmp_ok($count, '>=', 45, 'HSPs returned');
  90     }
  91     elsif ($attempt > 10) {
  92         # have a test fail here (there should not be repeated failed attempts to
  93         # get reports)
  94         ok(0,'Exceeded maximum attempts on server to retrieve report');
  95         diag("Timeout, did not return report after ".($attempt - 1)." attempts");
  96         skip('Remote server timeout problems', 2);
  97     }
  98     else {
  99         # have a test fail here (whatever is returned should be eval as true and
 100         # be a SearchIO)
 101         ok(0,"Other problem on remote server, no report returned: $rc");
 102         skip('Possible remote server problems', 2);
 103     }
 104 }
 105
 106 # To be a good citizen, we should restore the default NCBI service
 107 # ('plain') for future tests
 108 $Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'SERVICE'} = 'plain';