t/Phenotype/OMIMentry.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 153);
  11
  12     use_ok('Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry');
  13     use_ok('Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry');
  14     use_ok('Bio::Species');
  15     use_ok('Bio::Annotation::Reference');
  16     use_ok('Bio::Map::CytoPosition');
  17     use_ok('Bio::Phenotype::Correlate');
  18     use_ok('Bio::Phenotype::Measure');
  19     use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  20 }
  21
  22 my $obj = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry->new();
  23
  24 isa_ok( $obj, "Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry" );
  25
  26 ok( $obj->to_string() );
  27
  28 ok( $obj->MIM_number( "100050" ) );
  29 is( $obj->MIM_number(), "100050" );
  30
  31 ok( $obj->title( "AARSKOG SYNDROME" ) );
  32 is( $obj->title(), "AARSKOG SYNDROME" );
  33
  34
  35 ok( $obj->more_than_two_genes( 1 ) );
  36 is( $obj->more_than_two_genes(), 1 );
  37
  38 ok( $obj->is_separate( 1 ) );
  39 is( $obj->is_separate(), 1 );
  40
  41 ok( $obj->alternative_titles_and_symbols( "AORTIC ANEURYSM, ABDOMINAL" ) );
  42 is( $obj->alternative_titles_and_symbols(), "AORTIC ANEURYSM, ABDOMINAL" );
  43
  44 ok( $obj->mapping_method( "PCR of somatic cell hybrid DNA" ) );
  45 is( $obj->mapping_method(), "PCR of somatic cell hybrid DNA" );
  46
  47 ok( $obj->gene_status( "I" ) );
  48 is( $obj->gene_status(), "I" );
  49
  50
  51 ok( $obj->clinical_symptoms_raw( "Patients with ..." ) );
  52 is( $obj->clinical_symptoms_raw(), "Patients with ..." );
  53
  54
  55 ok( $obj->created( "Victor A. McKusick: 6/4/1986" ) );
  56 is( $obj->created(), "Victor A. McKusick: 6/4/1986" );
  57
  58 ok( $obj->contributors( "Kelly A. Przylepa - revised: 03/18/2002" ) );
  59 is( $obj->contributors(), "Kelly A. Przylepa - revised: 03/18/2002" );
  60
  61 ok( $obj->edited( "alopez: 06/03/1997" ) );
  62 is( $obj->edited(), "alopez: 06/03/1997" );
  63
  64
  65 my $mm = Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry->new();
  66
  67 ok( $obj->miniMIM( $mm ) );
  68 is( $obj->miniMIM(), $mm );
  69
  70
  71
  72 my $av1 = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant->new();
  73 my $av2 = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant->new();
  74
  75 ok( $av1->description( "dedxsc" ) );
  76
  77 is( $obj->each_AllelicVariant(), 0 );
  78
  79 ok( $obj->add_AllelicVariants( ( $av1, $av2 ) ) );
  80 is( $obj->each_AllelicVariant(), 2 );
  81 my @avs = $obj->each_AllelicVariant();
  82 is( $avs[ 0 ], $av1 );
  83 is( $avs[ 1 ], $av2 );
  84 is( $avs[ 0 ]->description, "dedxsc" );
  85 is( $obj->each_AllelicVariant(), 2 );
  86
  87 my @avs2 = $obj->remove_AllelicVariants();
  88 is( $avs2[ 0 ], $av1 );
  89 is( $avs2[ 1 ], $av2 );
  90
  91 is( $obj->each_AllelicVariant(), 0 );
  92 is( $obj->remove_AllelicVariants(), 0 );
  93
  94
  95
  96
  97
  98
  99 ok( $obj->name( "r1" ) );
 100 is( $obj->name(), "r1" );
 101
 102 ok( $obj->description( "This is ..." ) );
 103 is( $obj->description(), "This is ..." );
 104
 105 my $mouse = Bio::Species->new();
 106 $mouse->classification( qw( musculus Mus ) );
 107 ok( $obj->species( $mouse ) );
 108 is( $obj->species()->binomial(), "Mus musculus" );
 109
 110 ok( $obj->comment( "putative" ) );
 111 is( $obj->comment(), "putative" );
 112
 113
 114
 115 is( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
 116
 117 ok( $obj->add_gene_symbols( ( "A", "B" ) ) );
 118 is( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
 119 my @gs = $obj->each_gene_symbol();
 120 is( $gs[ 0 ], "A" );
 121 is( $gs[ 1 ], "B" );
 122 is( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
 123
 124 my @gs2 = $obj->remove_gene_symbols();
 125 is( $gs2[ 0 ], "A" );
 126 is( $gs2[ 1 ], "B" );
 127
 128 is( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
 129 is( $obj->remove_gene_symbols(), 0 );
 130
 131
 132
 133 my $v1 = Bio::Variation::VariantI->new();
 134 my $v2 = Bio::Variation::VariantI->new();
 135
 136 $v1->length( "123" );
 137
 138 is( $obj->each_Variant(), 0 );
 139
 140 ok( $obj->add_Variants( ( $v1, $v2 ) ) );
 141 is( $obj->each_Variant(), 2 );
 142 my @vs = $obj->each_Variant();
 143 is( $vs[ 0 ], $v1 );
 144 is( $vs[ 1 ], $v2 );
 145 is( $vs[ 0 ]->length(), "123" );
 146 is( $obj->each_Variant(), 2 );
 147
 148 my @vs2 = $obj->remove_Variants();
 149 is( $vs2[ 0 ], $v1 );
 150 is( $vs2[ 1 ], $v2 );
 151
 152 is( $obj->each_Variant(), 0 );
 153 is( $obj->remove_Variants(), 0 );
 154
 155
 156
 157
 158 my $r1 = Bio::Annotation::Reference->new();
 159 my $r2 = Bio::Annotation::Reference->new();
 160
 161 $r1->title( "title" );
 162
 163 is( $obj->each_Reference(), 0 );
 164
 165 ok( $obj->add_References( ( $r1, $r2 ) ) );
 166 is( $obj->each_Reference(), 2 );
 167 my @rs = $obj->each_Reference();
 168 is( $rs[ 0 ]->display_text, $r1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 169 is( $rs[ 1 ]->display_text, $r2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 170 is( $rs[ 0 ]->title(), "title" );
 171 is( $obj->each_Reference(), 2 );
 172
 173 my @rs2 = $obj->remove_References();
 174 is( $rs2[ 0 ]->display_text, $r1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 175 is( $rs2[ 1 ]->display_text, $r2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 176
 177 is( $obj->each_Reference(), 0 );
 178 is( $obj->remove_References(), 0 );
 179
 180
 181
 182
 183 my $c1 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 184 my $c2 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 185
 186 $c1->chr( "12" );
 187
 188 is( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 189
 190 ok( $obj->add_CytoPositions( ( $c1, $c2 ) ) );
 191 is( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 192 my @cs = $obj->each_CytoPosition();
 193 is( $cs[ 0 ], $c1 );
 194 is( $cs[ 1 ], $c2 );
 195 is( $cs[ 0 ]->chr(), "12" );
 196 is( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 197
 198 my @cs2 = $obj->remove_CytoPositions();
 199 is( $cs2[ 0 ], $c1 );
 200 is( $cs2[ 1 ], $c2 );
 201
 202 is( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 203 is( $obj->remove_CytoPositions(), 0 );
 204
 205
 206
 207
 208 my $co1 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 209 my $co2 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 210
 211 ok( $co1->name( "name" ) );
 212
 213 is( $obj->each_Correlate(), 0 );
 214
 215 ok( $obj->add_Correlates( ( $co1, $co2 ) ) );
 216 is( $obj->each_Correlate(), 2 );
 217 my @cos = $obj->each_Correlate();
 218 is( $cos[ 0 ], $co1 );
 219 is( $cos[ 1 ], $co2 );
 220 is( $cos[ 0 ]->name, "name" );
 221 is( $obj->each_Correlate(), 2 );
 222
 223 my @cos2 = $obj->remove_Correlates();
 224 is( $cos2[ 0 ], $co1 );
 225 is( $cos2[ 1 ], $co2 );
 226
 227 is( $obj->each_Correlate(), 0 );
 228 is( $obj->remove_Correlates(), 0 );
 229
 230
 231
 232
 233 my $m1 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 234 my $m2 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 235
 236 ok( $m1->description( "desc" ) );
 237
 238 is( $obj->each_Measure(), 0 );
 239
 240 ok( $obj->add_Measures( ( $m1, $m2 ) ) );
 241 is( $obj->each_Measure(), 2 );
 242 my @ms = $obj->each_Measure();
 243 is( $ms[ 0 ], $m1 );
 244 is( $ms[ 1 ], $m2 );
 245 is( $ms[ 0 ]->description, "desc" );
 246 is( $obj->each_Measure(), 2 );
 247
 248 my @ms2 = $obj->remove_Measures();
 249 is( $ms2[ 0 ], $m1 );
 250 is( $ms2[ 1 ], $m2 );
 251
 252 is( $obj->each_Measure(), 0 );
 253 is( $obj->remove_Measures(), 0 );
 254
 255
 256
 257 is( $obj->each_keyword(), 0 );
 258
 259 ok( $obj->add_keywords( ( "A", "B" ) ) );
 260 is( $obj->each_keyword(), 2 );
 261 my @ks = $obj->each_keyword();
 262 is( $ks[ 0 ], "A" );
 263 is( $ks[ 1 ], "B" );
 264 is( $obj->each_keyword(), 2 );
 265
 266 my @ks2 = $obj->remove_keywords();
 267 is( $ks2[ 0 ], "A" );
 268 is( $ks2[ 1 ], "B" );
 269
 270 is( $obj->each_keyword(), 0 );
 271 is( $obj->remove_keywords(), 0 );
 272
 273
 274
 275 my $l1 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 276 my $l2 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 277
 278 ok( $l1->comment( "comment" ) );
 279
 280 is( $obj->each_DBLink(), 0 );
 281
 282 ok( $obj->add_DBLinks( ( $l1, $l2 ) ) );
 283 is( $obj->each_DBLink(), 2 );
 284 my @ls = $obj->each_DBLink();
 285 is( $ls[ 0 ]->display_text, $l1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 286 is( $ls[ 1 ]->display_text, $l2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 287 is( $ls[ 0 ]->comment(), "comment" );
 288 is( $obj->each_DBLink(), 2 );
 289
 290 my @ls2 = $obj->remove_DBLinks();
 291 is( $ls2[ 0 ]->display_text, $l1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 292 is( $ls2[ 1 ]->display_text, $l2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 293
 294 is( $obj->each_DBLink(), 0 );
 295 is( $obj->remove_DBLinks(), 0 );
 296
 297
 298
 299 is( $obj->each_Genotype(), 0 );
 300
 301 ok( $obj->add_Genotypes( ( "A", "B" ) ) );
 302 is( $obj->each_Genotype(), 2 );
 303 my @gts = $obj->each_Genotype();
 304 is( $gts[ 0 ], "A" );
 305 is( $gts[ 1 ], "B" );
 306 is( $obj->each_Genotype(), 2 );
 307
 308 my @gts2 = $obj->remove_Genotypes();
 309 is( $gts2[ 0 ], "A" );
 310 is( $gts2[ 1 ], "B" );
 311
 312 is( $obj->each_Genotype(), 0 );
 313 is( $obj->remove_Genotypes(), 0 );