t/Phenotype/Phenotype.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 116);
  11
  12     use_ok('Bio::Phenotype::Phenotype');
  13     use_ok('Bio::Species');
  14     use_ok('Bio::Annotation::Reference');
  15     use_ok('Bio::Map::CytoPosition');
  16     use_ok('Bio::Phenotype::Correlate');
  17     use_ok('Bio::Phenotype::Measure');
  18     use_ok('Bio::Annotation::DBLink');
  19 }
  20
  21 my $obj = Bio::Phenotype::Phenotype->new();
  22
  23 isa_ok( $obj, "Bio::Phenotype::PhenotypeI" );
  24 isa_ok( $obj, "Bio::Phenotype::Phenotype" );
  25
  26 ok( $obj->name( "r1" ) );
  27 is( $obj->name(), "r1" );
  28
  29 ok( $obj->description( "This is ..." ) );
  30 is( $obj->description(), "This is ..." );
  31
  32 my $mouse = Bio::Species->new();
  33 $mouse->classification( qw( musculus Mus ) );
  34 ok( $obj->species( $mouse ) );
  35 is( $obj->species()->binomial(), "Mus musculus" );
  36
  37 ok( $obj->comment( "putative" ) );
  38 is( $obj->comment(), "putative" );
  39
  40
  41
  42 is( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
  43
  44 ok( $obj->add_gene_symbols( ( "A", "B" ) ) );
  45 is( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
  46 my @gs = $obj->each_gene_symbol();
  47 is( $gs[ 0 ], "A" );
  48 is( $gs[ 1 ], "B" );
  49 is( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
  50
  51 my @gs2 = $obj->remove_gene_symbols();
  52 is( $gs2[ 0 ], "A" );
  53 is( $gs2[ 1 ], "B" );
  54
  55 is( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
  56 is( $obj->remove_gene_symbols(), 0 );
  57
  58
  59
  60 my $v1 = Bio::Variation::VariantI->new();
  61 my $v2 = Bio::Variation::VariantI->new();
  62
  63 $v1->length( "123" );
  64
  65 is( $obj->each_Variant(), 0 );
  66
  67 ok( $obj->add_Variants( ( $v1, $v2 ) ) );
  68 is( $obj->each_Variant(), 2 );
  69 my @vs = $obj->each_Variant();
  70 is( $vs[ 0 ], $v1 );
  71 is( $vs[ 1 ], $v2 );
  72 is( $vs[ 0 ]->length(), "123" );
  73 is( $obj->each_Variant(), 2 );
  74
  75 my @vs2 = $obj->remove_Variants();
  76 is( $vs2[ 0 ], $v1 );
  77 is( $vs2[ 1 ], $v2 );
  78
  79 is( $obj->each_Variant(), 0 );
  80 is( $obj->remove_Variants(), 0 );
  81
  82
  83
  84
  85 my $r1 = Bio::Annotation::Reference->new();
  86 my $r2 = Bio::Annotation::Reference->new();
  87
  88 $r1->title( "title" );
  89
  90 is( $obj->each_Reference(), 0 );
  91
  92 ok( $obj->add_References( ( $r1, $r2 ) ) );
  93 is( $obj->each_Reference(), 2 );
  94 my @rs = $obj->each_Reference();
  95 is( $rs[ 0 ]->display_text, $r1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
  96 is( $rs[ 1 ]->display_text, $r2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
  97 is( $rs[ 0 ]->title(), "title" );
  98 is( $obj->each_Reference(), 2 );
  99
 100 my @rs2 = $obj->remove_References();
 101 is( $rs2[ 0 ]->display_text, $r1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 102 is( $rs2[ 1 ]->display_text, $r2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 103
 104 is( $obj->each_Reference(), 0 );
 105 is( $obj->remove_References(), 0 );
 106
 107
 108
 109
 110 my $c1 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 111 my $c2 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 112
 113 $c1->chr( "12" );
 114
 115 is( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 116
 117 ok( $obj->add_CytoPositions( ( $c1, $c2 ) ) );
 118 is( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 119 my @cs = $obj->each_CytoPosition();
 120 is( $cs[ 0 ], $c1 );
 121 is( $cs[ 1 ], $c2 );
 122 is( $cs[ 0 ]->chr(), 12 );
 123 is( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 124
 125 my @cs2 = $obj->remove_CytoPositions();
 126 is( $cs2[ 0 ], $c1 );
 127 is( $cs2[ 1 ], $c2 );
 128
 129 is( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 130 is( $obj->remove_CytoPositions(), 0 );
 131
 132
 133
 134
 135 my $co1 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 136 my $co2 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 137
 138 ok( $co1->name( "name" ) );
 139
 140 is( $obj->each_Correlate(), 0 );
 141
 142 ok( $obj->add_Correlates( ( $co1, $co2 ) ) );
 143 is( $obj->each_Correlate(), 2 );
 144 my @cos = $obj->each_Correlate();
 145 is( $cos[ 0 ], $co1 );
 146 is( $cos[ 1 ], $co2 );
 147 is( $cos[ 0 ]->name, "name" );
 148 is( $obj->each_Correlate(), 2 );
 149
 150 my @cos2 = $obj->remove_Correlates();
 151 is( $cos2[ 0 ], $co1 );
 152 is( $cos2[ 1 ], $co2 );
 153
 154 is( $obj->each_Correlate(), 0 );
 155 is( $obj->remove_Correlates(), 0 );
 156
 157
 158
 159
 160 my $m1 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 161 my $m2 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 162
 163 ok( $m1->description( "desc" ) );
 164
 165 is( $obj->each_Measure(), 0 );
 166
 167 ok( $obj->add_Measures( ( $m1, $m2 ) ) );
 168 is( $obj->each_Measure(), 2 );
 169 my @ms = $obj->each_Measure();
 170 is( $ms[ 0 ], $m1 );
 171 is( $ms[ 1 ], $m2 );
 172 is( $ms[ 0 ]->description, "desc" );
 173 is( $obj->each_Measure(), 2 );
 174
 175 my @ms2 = $obj->remove_Measures();
 176 is( $ms2[ 0 ], $m1 );
 177 is( $ms2[ 1 ], $m2 );
 178
 179 is( $obj->each_Measure(), 0 );
 180 is( $obj->remove_Measures(), 0 );
 181
 182
 183
 184 is( $obj->each_keyword(), 0 );
 185
 186 ok( $obj->add_keywords( ( "A", "B" ) ) );
 187 is( $obj->each_keyword(), 2 );
 188 my @ks = $obj->each_keyword();
 189 is( $ks[ 0 ], "A" );
 190 is( $ks[ 1 ], "B" );
 191 is( $obj->each_keyword(), 2 );
 192
 193 my @ks2 = $obj->remove_keywords();
 194 is( $ks2[ 0 ], "A" );
 195 is( $ks2[ 1 ], "B" );
 196
 197 is( $obj->each_keyword(), 0 );
 198 is( $obj->remove_keywords(), 0 );
 199
 200
 201
 202 my $l1 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 203 my $l2 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 204
 205 ok( $l1->comment( "comment" ) );
 206
 207 is( $obj->each_DBLink(), 0 );
 208
 209 ok( $obj->add_DBLinks( ( $l1, $l2 ) ) );
 210 is( $obj->each_DBLink(), 2 );
 211 my @ls = $obj->each_DBLink();
 212 is( $ls[ 0 ]->display_text, $l1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 213 is( $ls[ 1 ]->display_text, $l2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 214 is( $ls[ 0 ]->comment(), "comment" );
 215 is( $obj->each_DBLink(), 2 );
 216
 217 my @ls2 = $obj->remove_DBLinks();
 218 is( $ls2[ 0 ]->display_text, $l1->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 219 is( $ls2[ 1 ]->display_text, $l2->display_text,'operator overloading in AnnotationI is deprecated');
 220
 221 is( $obj->each_DBLink(), 0 );
 222 is( $obj->remove_DBLinks(), 0 );
 223
 224
 225
 226 is( $obj->each_Genotype(), 0 );
 227
 228 ok( $obj->add_Genotypes( ( "A", "B" ) ) );
 229 is( $obj->each_Genotype(), 2 );
 230 my @gts = $obj->each_Genotype();
 231 is( $gts[ 0 ], "A" );
 232 is( $gts[ 1 ], "B" );
 233 is( $obj->each_Genotype(), 2 );
 234
 235 my @gts2 = $obj->remove_Genotypes();
 236 is( $gts2[ 0 ], "A" );
 237 is( $gts2[ 1 ], "B" );
 238
 239 is( $obj->each_Genotype(), 0 );
 240 is( $obj->remove_Genotypes(), 0 );