t/SeqIO/SeqIO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 58);
  11
  12     use_ok 'Bio::SeqIO';
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 my @formats = qw(gcg fasta raw pir tab ace );
  18 # The following files or formats are failing: swiss genbank interpro embl
  19
  20 for my $format (@formats) {
  21     print "======== $format ========\n" if $verbose;
  22     my $seq;
  23     my $str = Bio::SeqIO->new( -file   => test_input_file("test.$format"),
  24                                -format => $format                          );
  25
  26     is $str->format(), $format;
  27
  28     ok $seq = $str->next_seq();
  29     print "Sequence 1 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, "\n\n" if  $verbose;
  30     unless ($format eq 'raw') {
  31         is $seq->id, 'roa1_drome',"ID for format $format";
  32         is $seq->length, 358;
  33     }
  34
  35     unless ($format eq 'gcg') { # GCG file can contain only one sequence
  36         ok $seq = $str->next_seq();
  37         print "Sequence 2 of 2 from $format stream:\n", $seq->seq, $seq->seq, "\n" if $verbose;
  38     }
  39
  40     my $outfile = test_output_file();
  41     my $out = Bio::SeqIO->new( -file   => ">$outfile",
  42                                -format => $format      );
  43     ok $out->write_seq($seq);
  44     if ($format eq 'fasta') {
  45         my $id_type;
  46         ok($id_type = $out->preferred_id_type('accession.version'),
  47             'accession.version');
  48     }
  49
  50     ok -s $outfile;
  51 }
  52
  53
  54
  55 # from testformats.pl
  56 SKIP: {
  57     test_skip(-tests => 6, -requires_modules => [qw(Algorithm::Diff
  58                                                     IO::ScalarArray
  59                                                     IO::String)]);
  60     use_ok 'Algorithm::Diff';
  61     eval "use Algorithm::Diff qw(diff LCS);";
  62     use_ok 'IO::ScalarArray';
  63     use_ok 'IO::String';
  64
  65     my %files = (
  66              #'test.embl'      => 'embl',
  67              #'test.ace'       => 'ace',
  68               'test.fasta'     => 'fasta',
  69              #'test.game'      => 'game',
  70               'test.gcg'       => 'gcg',
  71              #'test.genbank'   => 'genbank',
  72               'test.raw'       => 'raw',
  73              #'test_badlf.gcg' => 'gcg'
  74               );
  75
  76     while( my ($file, $type) = each %files ) {
  77         my $filename = test_input_file($file);
  78         print "processing file $filename\n" if $verbose;
  79         open my $FILE, '<', $filename or die "Could not read file '$filename': $!\n";
  80         my @datain = <$FILE>;
  81         close $FILE;
  82
  83         my $in = IO::String->new( join('', @datain) );
  84         my $seqin = Bio::SeqIO->new( -fh     => $in,
  85                                      -format => $type );
  86         my $out = IO::String->new();
  87         my $seqout = Bio::SeqIO->new( -fh     => $out,
  88                                       -format => $type );
  89         my $seq;
  90         while( defined($seq = $seqin->next_seq) ) {
  91             $seqout->write_seq($seq);
  92         }
  93         $seqout->close();
  94         $seqin->close();
  95         my $strref = $out->string_ref;
  96         my @dataout = map { $_."\n"} split(/\n/, $$strref );
  97         my @diffs = &diff( \@datain, \@dataout);
  98         is @diffs, 0;
  99
 100         if(@diffs && $verbose) {
 101             foreach my $d ( @diffs ) {
 102                 foreach my $diff ( @$d ) {
 103                     chomp($diff->[2]);
 104                     print $diff->[0], $diff->[1], "\n>", $diff->[2], "\n";
 105                 }
 106             }
 107             print "in is \n", join('', @datain), "\n";
 108             print "out is \n", join('',@dataout), "\n";
 109         }
 110     }
 111 }
 112
 113 # simple tests specific to Bio::SeqIO interface (applicable to all SeqIO
 114 # modules)
 115
 116 ##############################################
 117 # test format() and variant() in Bio::RootIO
 118 ##############################################
 119
 120 my $in = Bio::SeqIO->new(
 121    -file    => test_input_file('bug2901.fa'),
 122    -format  => "fasta",
 123 );
 124 is $in->format, 'fasta';
 125 is $in->variant, undef;
 126
 127 $in = Bio::SeqIO->new(
 128    -file    => test_input_file('fastq', 'illumina_faked.fastq'),
 129    -format  => "fastq",
 130    -variant => 'illumina',
 131 );
 132 is $in->format, 'fastq';
 133 is $in->variant, 'illumina';
 134
 135
 136 ######################################################
 137 # test format detection from different inputs
 138 ######################################################
 139
 140 $in = Bio::SeqIO->new( -file => test_input_file('test.fastq') );
 141 is $in->format, 'fastq';
 142
 143 open my $fh, '<', test_input_file('test.genbank') or die "Could not read file 'test.genbank': $!\n";
 144 $in = Bio::SeqIO->new( -fh => $fh );
 145 is $in->format, 'genbank';
 146 close $fh;
 147
 148 my $string = ">seq\nACGATCG\n";
 149 $in = Bio::SeqIO->new( -string => $string );
 150 is $in->format, 'fasta';
 151
 152
 153 ############ EXCEPTION HANDLING ############
 154
 155 TODO: {
 156     local $TODO = 'file/fh-based tests should be in Bio::Root::IO, see issue #3204';
 157     throws_ok {
 158         Bio::SeqIO->new();
 159     } qr/No file, fh, or string argument provided/, 'Must pass a file or file handle';
 160 }
 161
 162 throws_ok {
 163     Bio::SeqIO->new(-fh => undef);
 164 } qr/fh argument provided, but with an undefined value/,
 165     'Must pass a file or file handle';
 166
 167 throws_ok {
 168     Bio::SeqIO->new(-file => undef);
 169 } qr/file argument provided, but with an undefined value/,
 170     'Must pass a file or file handle';
 171
 172 throws_ok {
 173     Bio::SeqIO->new(-file => 'foo.bar');
 174 } qr/Could not read file 'foo.bar':/,
 175     'Must pass a real file';