t/SeqIO/fastq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin( -tests => 149 );
  11
  12     use_ok('Bio::SeqIO::fastq');
  13     use_ok('Bio::Seq::Quality');
  14 }
  15
  16 my $DEBUG = test_debug();
  17
  18 # simple parsing, data conversion of fastq example files
  19
  20 my %example_files = (
  21     bug2335               => {
  22         'variant'       => 'sanger',
  23         'seq'           => 'TTGGAATGTTGCAAATGGGAGGCAGTTTGAAATACTGAATAGGCCTCATC'.
  24                            'GAGAATGTGAAGTTTCAGTAAAGACTTGAGGAAGTTGAATGAGCTGATGA'.
  25                            'ATGGATATATG',
  26         'qual'          => '31 23 32 23 31 22 27 28 32 24 25 23 30 25 2 21 33 '.
  27                            '29 9 17 33 27 27 27 25 33 29 9 28 32 27 7 27 21 '.
  28                            '26 21 27 27 17 26 23 31 23 32 24 27 27 28 27 28 '.
  29                            '28 27 27 31 23 23 28 27 27 32 23 27 35 30 12 28 '.
  30                            '27 27 25 33 29 10 27 28 28 33 25 27 27 31 23 34 '.
  31                            '27 27 32 24 27 30 22 24 28 24 27 28 27 26 28 27 '.
  32                            '28 32 24 28 33 25 23 27 27 28 27 28 26',
  33         'display_id'    => 'DS6BPQV01A2G0A',
  34         'desc'          => undef,
  35         'count'         => 1
  36         },
  37     RT98876             => {
  38         'variant'       => 'sanger',
  39         'seq'           => 'CCGCCATTTCTTCAAATCTTTTCTTTTCTTTAGGAGTCATCAATTTCCAT'.
  40                            'TTCTCTGCACATTTCTTTGAAAATTA',
  41         'qual'          => '31 34 34 34 34 34 34 34 34 33 34 34 34 34 34 34 '.
  42                            '34 34 34 34 34 32 32 34 34 34 34 34 34 34 34 34 '.
  43                            '30 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 32 32 '.
  44                            '34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 34 '.
  45                            '34 34 34 34 33 30 30 27 33 34 29 2',
  46         'display_id'    => 'Illumina_SRR125365.38',
  47         'desc'          => 's_5_1_0001_qseq_37 length=76',
  48         'count'         => 1
  49         },
  50     test1_sanger            => {
  51         'variant'       => 'sanger',
  52         'seq'           => 'TATTGACAATTGTAAGACCACTAAGGATTTTTGGGCGGCAGCGACTTGGA'.
  53                            'GCTCTTGTAAAAGCGCACTGCGTTCCTTTTCTTTATTCTTTTGATCTTGA'.
  54                            'GAATCTTCTAAAAATGCCGAAAAGAAATGTTGGGAAGAGAGCGTAATCAG'.
  55                            'TTTAGAAATGCTCTTGATGGTAGCTTTATGTTGATCCATTCTTCTGCCTC'.
  56                            'CTTTACGAATAAAATAGAATAAAACTCAAATGACTAATTACCTGTATTTT'.
  57                            'ACCTAATTTTGTGATAAAATTCAAGAAAATATGTTCGCCTTCAATAATTA'.
  58                            'TG',
  59         'qual'          => '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 40 38 40 40 37 '.
  60                            '37 37 39 39 40 39 39 39 39 39 37 33 33 33 33 33 '.
  61                            '39 39 34 29 28 28 38 39 39 39 39 39 39 37 37 37 '.
  62                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  63                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 38 '.
  64                            '38 29 29 29 34 38 37 37 33 33 33 33 37 37 37 37 '.
  65                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  66                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  67                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  68                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  69                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 38 38 '.
  70                            '38 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 37 '.
  71                            '37 37 37 37 37 37 37 37 37 34 34 34 38 38 37 37 '.
  72                            '37 37 37 37 37 37 37 37 40 40 40 40 38 38 38 38 '.
  73                            '40 40 40 38 38 38 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 '.
  74                            '38 38 38 38 38 32 25 25 25 25 30 30 31 32 32 31 '.
  75                            '31 31 31 31 31 31 31 31 19 19 19 19 19 22 22 31 '.
  76                            '31 31 31 31 31 31 31 32 32 31 32 31 31 31 31 31 '.
  77                            '31 25 25 25 28 28 30 30 30 30 30 31 31 32',
  78         'display_id'    => 'SRR005406.250',
  79         'desc'          => 'FB9GE3J10F6I2T length=302',
  80         'count'         => 250
  81                                 },
  82     test2_solexa            => {
  83         'variant'       => 'solexa',
  84         'seq'           => 'GTATTATTTAATGGCATACACTCAA',
  85         'qual'          => '25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 23 25 25 25 25 23 '.
  86                            '25 23 23 21 23 23 23 17 17',
  87         'display_id'    => 'SLXA-B3_649_FC8437_R1_1_1_183_714',
  88         'desc'          => undef,
  89         'count'         => 5
  90                                 },
  91     test3_illumina          => {
  92         'variant'       => 'illumina',
  93         'seq'           => 'CCAAATCTTGAATTGTAGCTCCCCT',
  94         'qual'          => '15 19 24 15 17 24 24 24 24 24 19 24 24 21 24 24 '.
  95                            '20 24 24 24 24 20 18 13 19',
  96         'display_id'    => 'FC12044_91407_8_200_285_136',
  97         'desc'          => undef,
  98         'count'         => 25
  99                                 },
 100     example                 => {
 101         'variant'       => 'sanger', # TODO: guessing on the format here...
 102         'seq'           => 'GTTGCTTCTGGCGTGGGTGGGGGGG',
 103         'qual'          => '26 26 26 26 26 26 26 26 26 26 26 24 26 22 26 26 '.
 104                            '13 22 26 18 24 18 18 18 18',
 105         'display_id'    => 'EAS54_6_R1_2_1_443_348',
 106         'desc'          => undef,
 107         'count'         => 3
 108                                 },
 109     illumina_faked          => {
 110         'variant'       => 'illumina',
 111         'seq'           => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 112         'qual'          => '40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 '.
 113                            '21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0',
 114         'display_id'    => 'Test',
 115         'desc'          => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 116         'count'         => 1
 117                                 },
 118     sanger_93               => {
 119         'variant'       => 'sanger',
 120         'seq'           => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAC'.
 121                            'TGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 122         'qual'          => '93 92 91 90 89 88 87 86 85 84 83 82 81 80 79 78 77 76 75 '.
 123                            '74 73 72 71 70 69 68 67 66 65 64 63 62 61 60 59 58 57 56 '.
 124                            '55 54 53 52 51 50 49 48 47 46 45 44 43 42 41 40 39 38 37 '.
 125                            '36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 '.
 126                            '17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0',
 127         'display_id'    => 'Test',
 128         'desc'          => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 129         'count'         => 1
 130                                 },
 131     sanger_faked            => {
 132         'variant'       => 'sanger',
 133         'seq'           => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 134         'qual'          => '40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 '.
 135                            '21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 0',
 136         'display_id'    => 'Test',
 137         'desc'          => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 138         'count'         => 1
 139                                 },
 140     solexa_example          => {
 141         'variant'       => 'solexa',
 142         'seq'           => 'GTATTATTTAATGGCATACACTCAA',
 143         'qual'          => '25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 23 25 25 25 25 23 '.
 144                            '25 23 23 21 23 23 23 17 17',
 145         'display_id'    => 'SLXA-B3_649_FC8437_R1_1_1_183_714',
 146         'desc'          => undef,
 147         'count'         => 5
 148                                 },
 149     solexa_faked            => {
 150         'variant'       => 'solexa',
 151         'seq'           => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 152         'qual'          => '40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 '.
 153                            '24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 '.
 154                            '8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1',
 155         'display_id'    => 'slxa_0001_1_0001_01',
 156         'desc'          => undef,
 157         'count'         => 1
 158                                 },
 159     tricky                  => {
 160         'variant'       => 'sanger', # TODO: guessing on the format here...
 161         'seq'           => 'TGGGAGGTTTTATGTGGAAAGCAGCAATGTACAAGA',
 162         'qual'          => '40 40 40 40 40 40 40 13 40 40 40 40 40 40 16 31 '.
 163                            '19 19 31 12 22 13 4 27 5 10 14 3 14 4 19 7 10 10 '.
 164                            '7 4',
 165         'display_id'    => '071113_EAS56_0053:1:3:990:501',
 166         'desc'          => undef,
 167         'count'         => 4
 168                                 },
 169     evil_wrapping           => {
 170         'variant'       => 'sanger', # TODO: guessing on the format here...
 171         'seq'           => 'AACCCGTCCCATCAAAGATTTTGGTTGGAACCCGAAAGGGTTTTGAATTC'.
 172                            'AAACCCCTTTCGGTTCCAACTATTCAATTGTTTAACTTTTTTTAAATTGA'.
 173                            'TGGTCTGTTGGACCATTTGTAATAATCCCCATCGGAATTTCTTT',
 174         'qual'          => '32 26 31 26 4 22 20 30 25 2 27 27 24 36 32 16 '.
 175                            '26 28 36 32 18 4 33 26 33 26 32 26 33 26 31 26 '.
 176                            '4 24 36 32 16 36 32 16 36 32 18 4 27 33 26 32 26 '.
 177                            '23 36 32 15 35 31 18 3 36 32 16 28 33 26 32 26 33 '.
 178                            '26 33 26 25 28 25 33 26 25 33 25 32 24 25 36 32 '.
 179                            '15 32 24 27 37 32 23 16 10 5 1 35 30 12 33 26 19 '.
 180                            '27 25 25 14 27 26 28 25 32 24 23 12 20 30 21 28 '.
 181                            '34 29 10 23 27 27 18 26 28 19 25 35 32 18 4 27 26 '.
 182                            '28 23 12 24 13 32 28 8 25 33 28 9',
 183         'display_id'    => 'SRR014849.203935',
 184         'desc'          => 'EIXKN4201B4HU6 length=144',
 185         'count'         => 3
 186                                 },
 187 );
 188
 189 for my $example (sort keys %example_files) {
 190     my $file = test_input_file('fastq', "$example.fastq");
 191     my $variant = $example_files{$example}->{variant};
 192     my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => "fastq-$variant",
 193                              -file      => $file,
 194                              -verbose   => 2);  #strictest level
 195     my $ct = 0;
 196     my $sample_seq;
 197     eval {
 198         while (my $seq = $in->next_seq) {
 199             $ct++;
 200             $sample_seq = $seq; # always grab the last seq
 201         }
 202     };
 203     ok(!$@, "$example parses");
 204     is($ct, $example_files{$example}->{count}, "correct num. seqs in $example");
 205     ok(defined($sample_seq), 'sample sequence obtained');
 206     if ($sample_seq) {
 207         isa_ok($sample_seq, 'Bio::Seq::Quality');
 208         for my $method (qw(seq desc display_id)) {
 209             is($sample_seq->$method,
 210                $example_files{$example}->{$method},
 211                "$method() matches $example");
 212         }
 213         is(join(' ', map {sprintf("%.0f", $_)} @{$sample_seq->qual}),
 214                 $example_files{$example}->{qual},
 215                 "qual() matches $example");
 216         my $truncated = $sample_seq->trunc(1,10);
 217         is(scalar(@{$truncated->meta}), $truncated->length);
 218     }
 219 }
 220
 221 # test round-trip and conversions (single file of each type)
 222
 223 my @variants = qw(sanger illumina solexa);
 224
 225 my %conversion = (  # check conversions, particularly solexa
 226     sanger_93            => {
 227         'variant'       => 'sanger',
 228         'to_solexa'     => {
 229           '-seq' => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 230           '-qual' => [ (map {62} 0..31),(reverse(1..61)),1 ],
 231           '-raw_quality' => '~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJHGFECB@>;;',
 232           '-id' => 'Test',
 233           '-desc' => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 234           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 93 to 0 inclusive'
 235         },
 236         'to_illumina'   => {
 237           '-seq' => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 238           '-qual' => [ (map {62} 0..31),(reverse(0..61)) ],
 239           '-raw_quality' => '~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@',
 240           '-id' => 'Test',
 241           '-desc' => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 242           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 93 to 0 inclusive'
 243         },
 244         'to_sanger'     => {
 245           '-seq' => 'ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGAN',
 246           '-qual' => [reverse(0..93)],
 247           '-raw_quality' => '~}|{zyxwvutsrqponmlkjihgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,+*)(\'&%$#"!',
 248           '-id' => 'Test',
 249           '-desc' => 'PHRED qualities from 93 to 0 inclusive',
 250           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 93 to 0 inclusive'
 251         },
 252     },
 253     solexa_faked            => {
 254             'variant'       => 'solexa',
 255         'to_solexa'     => {'-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 256           '-qual' => [qw(40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1)],
 257           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@?>=<;',
 258           '-id' => 'slxa_0001_1_0001_01',
 259           '-desc' => '',
 260           '-descriptor' => 'slxa_0001_1_0001_01'
 261         },
 262         'to_illumina'   => {
 263           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 264           '-qual' => [qw(40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1)],
 265           '-namespace' => 'solexa',
 266           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\\[ZYXWVUTSRQPONMLKJJIHGFEEDDCCBBAA',
 267           '-id' => 'slxa_0001_1_0001_01',
 268           '-desc' => '',
 269           '-descriptor' => 'slxa_0001_1_0001_01'
 270         },
 271         'to_sanger'     => {
 272           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTNNNNNN',
 273           '-qual' => [qw(40 39 38 37 36 35 34 33 32 31 30 29 28 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 10 9 8 7 6 5 5 4 4 3 3 2 2 1 1)],
 274           '-namespace' => 'solexa',
 275           '-raw_quality' => 'IHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,++*)(\'&&%%$$##""',
 276           '-id' => 'slxa_0001_1_0001_01',
 277           '-desc' => '',
 278           '-descriptor' => 'slxa_0001_1_0001_01'
 279         },
 280     },
 281     illumina_faked          => {
 282         'variant'       => 'illumina',
 283         'to_solexa'     => {
 284           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 285           '-qual' => [reverse(1..40), 1],  # round trip from solexa is lossy
 286           '-namespace' => 'illumina',
 287           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\[ZYXWVUTSRQPONMLKJHGFECB@>;;',
 288           '-id' => 'Test',
 289           '-desc' => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 290           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 40 to 0 inclusive'
 291         },
 292         'to_illumina'   => {
 293           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 294           '-qual' => [reverse(0..40)],
 295           '-raw_quality' => 'hgfedcba`_^]\\[ZYXWVUTSRQPONMLKJIHGFEDCBA@',
 296           '-id' => 'Test',
 297           '-desc' => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 298           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 40 to 0 inclusive'
 299         },
 300         'to_sanger'     => {
 301           '-seq' => 'ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTN',
 302           '-qual' => [reverse(0..40)],
 303           '-raw_quality' => 'IHGFEDCBA@?>=<;:9876543210/.-,+*)(\'&%$#"!',
 304           '-id' => 'Test',
 305           '-desc' => 'PHRED qualities from 40 to 0 inclusive',
 306           '-descriptor' => 'Test PHRED qualities from 40 to 0 inclusive'
 307         }
 308     },
 309 );
 310
 311 for my $example (sort keys %conversion) {
 312     my $file = test_input_file('fastq', "$example.fastq");
 313     my $variant = $conversion{$example}->{variant};
 314     my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => "fastq-$variant",
 315                              -file      => $file,
 316                              -verbose   => 2);  #strictest level
 317     # this both tests the next_dataset method and helps check roundtripping
 318     my $seq = $in->next_seq;
 319     for my $newvar (@variants) {
 320         next unless exists $conversion{$example}->{"to_$newvar"};
 321         my $outfile = test_output_file();
 322         Bio::SeqIO->new(-format   => "fastq-$newvar",
 323                         -file     => ">$outfile",
 324                         -verbose  => -1)->write_seq($seq);
 325         my $newdata = Bio::SeqIO->new(-format => "fastq-$newvar",
 326                                     -file     => $outfile)->next_dataset;
 327         # round for simple comparison, get around floating pt comparison probs
 328
 329         if ($newvar eq 'solexa') {
 330             $newdata->{-qual} = [map {sprintf("%.0f",$_)} @{$newdata->{-qual}}];
 331         }
 332
 333         #print Dumper($newdata) if $variant eq 'sanger' && $newvar eq 'illumina';
 334
 335         $conversion{$example}->{"to_$newvar"}->{'-namespace'} = $newvar;
 336         is_deeply($newdata, $conversion{$example}->{"to_$newvar"}, "Conversion from $variant to $newvar");
 337     }
 338 }
 339
 340 # test fastq exception handling
 341
 342 my %error = (
 343     # file name
 344     error_diff_ids          => {
 345         variant         => 'sanger',
 346         exception       => qr/doesn't\smatch\sseq\sdescriptor/xms,
 347                                 },
 348     error_long_qual         => {
 349         variant         => 'sanger',
 350         exception       => qr/doesn't\smatch\slength\sof\ssequence/xms,
 351                                 },
 352     error_no_qual           => {
 353         variant         => 'sanger',
 354         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 355                                 },
 356     error_qual_del          => {
 357         variant         => 'sanger',
 358         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 359                                 },
 360     error_qual_escape       => {
 361         variant         => 'sanger',
 362         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 363                                 },
 364     error_qual_null         => {
 365         variant         => 'sanger',
 366         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 367                                 },
 368     error_qual_space        => {
 369         variant         => 'sanger',
 370         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 371                                 },
 372     error_qual_tab          => {
 373         variant         => 'sanger',
 374         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 375                                 },
 376     error_qual_unit_sep     => {
 377         variant         => 'sanger',
 378         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 379                                 },
 380     error_qual_vtab         => {
 381         variant         => 'sanger',
 382         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 383                                 },
 384     error_short_qual        => {
 385         variant         => 'sanger',
 386         exception       => qr/doesn't\smatch\slength\sof\ssequence/,
 387                                 },
 388     error_spaces            => {
 389         variant         => 'sanger',
 390         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 391                                 },
 392     error_tabs              => {
 393         variant         => 'sanger',
 394         exception       => qr/Unknown\ssymbol\swith\sASCII\svalue/xms,
 395                                 },
 396     error_trunc_at_plus     => {
 397         variant         => 'sanger',
 398         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 399                                 },
 400     error_trunc_at_qual     => {
 401         variant         => 'sanger',
 402         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 403                                 },
 404     error_trunc_at_seq      => {
 405         variant         => 'sanger',
 406         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 407                                 },
 408     error_trunc_in_title    => {
 409         variant         => 'sanger',
 410         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 411                                 },
 412     error_trunc_in_seq      => {
 413         variant         => 'sanger',
 414         exception       => qr/Missing\ssequence\sand\/or\squality\sdata/xms,
 415                                 },
 416     error_trunc_in_plus     => {
 417         variant         => 'sanger',
 418         exception       => qr/doesn't\smatch\sseq\s descriptor/xms,
 419                                 },
 420     error_trunc_in_qual     => {
 421         variant         => 'sanger',
 422         exception       => qr/doesn't\smatch\slength\sof\ssequence/xms,
 423                                 },
 424 );
 425
 426 for my $example (sort keys %error) {
 427     my $file = test_input_file('fastq', "$example.fastq");
 428     my $variant = $error{$example}->{variant};
 429     my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => "fastq-$variant",
 430                              -file      => $file,
 431                              -verbose   => 2);  #strictest level
 432     my $ct = 0;
 433     throws_ok {        while (my $seq = $in->next_seq) {
 434             $ct++;
 435         } } $error{$example}->{exception}, "Exception caught for $example";
 436 }
 437
 438 # fastq
 439
 440 my $in = Bio::SeqIO->new(-format    => 'fastq',
 441                          -file      => test_input_file('fastq', 'zero_qual.fastq'),
 442                          -verbose   => 2);  # strictest level
 443
 444 lives_and {my $seq = $in->next_seq;
 445            is($seq->seq, 'G');} 'edge case; single 0 in quality fails';
 446
 447
 448