t/SeqIO/interpro.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7   use lib '.';
   8   use Bio::Root::Test;
   9
  10   test_begin(-tests => 20,
  11              -requires_module => 'XML::DOM::XPath');
  12
  13   use_ok('Bio::SeqIO::interpro');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 my $t_file = test_input_file('test.interpro');
  19 my $a_in = Bio::SeqIO->new( -file    => $t_file,
  20                             -verbose => $verbose,
  21                             -format  => 'interpro');
  22 isa_ok($a_in, 'Bio::SeqIO');
  23
  24 my $seq = $a_in->next_seq();
  25 ok($seq, 'seq obj is defined');
  26 isa_ok($seq, 'Bio::Seq::RichSeq');
  27 is(scalar( $seq->get_SeqFeatures() ), 6, 'right number of SeqFeatures');
  28
  29 my($feat) = $seq->get_SeqFeatures();
  30 isa_ok($feat,'Bio::SeqFeature::Generic');
  31
  32 is($feat->display_name,'Retinoblastoma-associated protein, B-box', 'display_name()');
  33
  34 ok($seq = $a_in->next_seq(), 'seq object is defined');
  35 is(scalar( $seq->get_SeqFeatures() ),40, 'right number of SeqFeatures');
  36
  37 ok(!($seq = $a_in->next_seq()), 'there is no next_seq (correctly)');
  38
  39 # Bug 1908 (enhancement)
  40 $t_file = test_input_file('interpro_ebi.xml');
  41 my $b_in = Bio::SeqIO->new( -file    => $t_file,
  42                             -verbose => $verbose,
  43                             -format  => 'interpro');
  44 $seq = $b_in->next_seq();
  45 ok($seq, 'bug 1908');
  46
  47 my @features = $seq->get_SeqFeatures;
  48 is(scalar @features, 2, 'right number of SeqFeatures');
  49 is($features[0]->primary_tag, 'region', 'primary_tag()');
  50 is($features[0]->display_name, 'Protein of unknown function DUF1021', 'display_name()');
  51 is($features[0]->location->end, 78, 'location->end()');
  52
  53 my @dblinks = $features[0]->annotation->get_Annotations('dblink');
  54 is(scalar @dblinks, 3, 'right number of dblinks');
  55 is($dblinks[1]->primary_id, 'IPR009366', 'first primary_id');
  56 is($dblinks[2]->primary_id, 'PF06257.1', 'second primary_id');
  57
  58 my $other_t_file = test_input_file('test.interpro-go.xml');
  59 my $ipr_in = Bio::SeqIO->new( -file    => $other_t_file,
  60                               -verbose => $verbose,
  61                               -format  => 'interpro');
  62
  63 $seq = $ipr_in->next_seq();
  64 @features = $seq->get_SeqFeatures;
  65 @dblinks = $features[0]->annotation->get_Annotations('dblink');
  66 is(scalar @dblinks, 4, 'right number of dblinks');
  67 is($dblinks[3]->primary_id, 'GO:0003677', 'primary_id via dblinks');