t/Tools/pICalculator.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 38);
  11
  12     use_ok('Bio::Seq');
  13     use_ok('Bio::Tools::pICalculator');
  14 }
  15
  16 my @results = (12.999052267583,12.99700393539,12.9905348815881,12.9701609055248,12.9065486239062,12.7131376670492,12.1681721433832,10.8960154975975,8.82939162036317,6.81329734996812,5.58311842185452,4.87361913724596,4.11053952923425,3.00644711484741,1.91237900622079,1.19755236429121,0.669596284738213,0.0571988207175853,-0.584285455699191,-1.14218959353989,-1.79865831607402,-2.74360327055112,-3.87361697725167,-4.91494976791445,-6.01005299841696,-7.43711791135299,-8.77859455006782,-9.53905973773058,-9.84470802408586);
  17
  18 my $protein = "MVLLLILSVLLLKEDVRGSAQSSERRVVAHMPGDIIIGALFSVHHQPTVDKVHERKCGAVREQYGI";
  19 ok my $seq = Bio::Seq->new(-seq => $protein);
  20 is $seq->seq, $protein;
  21 ok my $pep = $seq->seq;
  22 ok my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2);
  23 ok $calc->seq($seq);
  24 ok my $iep = $calc->iep;
  25 for ( my $x = 0 ; $x <= 14 ; $x += .5 ) {
  26    float_is($calc->charge_at_pH($x), $results[(2 * $x)]);
  27 }
  28 is ($calc->iep,8.54);