t/RemoteDB/GenBank.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 44,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                                                             LWP::UserAgent
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16         use_ok('Bio::DB::GenBank');
  17 }
  18
  19 my %expected_lengths = (
  20     'MUSIGHBA1' => 408,
  21     'AF303112'  => 1611,
  22     'AF303112.1' => 1611,
  23     'AF041456'  => 1156,
  24     'CELRABGDI' => 1743,
  25     'JH374761'  => 38055
  26 );
  27
  28 my ($gb, $seq, $seqio, $seqin);
  29
  30 #
  31 # Bio::DB::GenBank
  32 #
  33
  34 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'=>0), 'Bio::DB::GenBank';
  35
  36 # get a single seq
  37 SKIP: {
  38     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('J00522');1};
  39     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Do you have network access? Skipping GenBank tests: $@", 4 if $@;
  40     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  41     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  42     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests: $@", 3 if $@;
  43     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  44     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_version('AF303112.1');};
  45     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests: $@", 2 if $@;
  46     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  47     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_gi('405830');};
  48     skip "Couldn't connect to Genbank with Bio::DB::GenBank.pm. Transient network problems? Skipping GenBank tests: $@", 1 if $@;
  49     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
  50 }
  51
  52 $seq = $seqio = undef;
  53
  54 # batch mode
  55 SKIP: {
  56     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
  57     skip "Batch access test failed for Genbank. Skipping those tests", 4 if $@;
  58     my $done = 0;
  59     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  60         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
  61         $done++;
  62     }
  63     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  64     is $done, 3;
  65 }
  66
  67 $seq = $seqio = undef;
  68
  69 # test the temporary file creation and fasta
  70 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-format' => 'fasta', '-retrievaltype' => 'tempfile', '-delay' => 0);
  71 SKIP: {
  72     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('J00522');};
  73     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
  74     # last part of id holds the key
  75     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]}, $seq->display_id;
  76     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
  77     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
  78     # last part of id holds the key
  79     is $seq->length, $expected_lengths{(split(/\|/,$seq->display_id))[-1]}, $seq->display_id;
  80     # batch mode requires genbank format
  81     $gb->request_format("gb");
  82     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
  83     skip "Couldn't connect to complete GenBank batch tests with a tempfile with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
  84     my $done = 0;
  85     while (my $s = $seqio->next_seq) {
  86         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id};
  87         undef $gb; # test the case where the db is gone,
  88         # but a temp file should remain until seqio goes away.
  89         $done++;
  90     }
  91     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
  92     is $done, 3;
  93 }
  94
  95 $seq = $seqio = undef;
  96
  97 # test pipeline creation
  98 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-retrievaltype' => 'pipeline', '-delay' => 0);
  99 SKIP: {
 100     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('J00522');};
 101     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 6 if $@;
 102     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 103     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc('AF303112');};
 104     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 5 if $@;
 105     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 106     eval {$seqio = $gb->get_Stream_by_id([qw(J00522 AF303112 2981014)]);};
 107     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests with a pipeline with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 4 if $@;
 108     my $done = 0;
 109     while (my $s = $seqio->next_seq) {
 110         is $s->length, $expected_lengths{$s->display_id}, $s->display_id;
 111         undef $gb; # test the case where the db is gone,
 112         # but the pipeline should remain until seqio goes away
 113         $done++;
 114     }
 115     skip('No seqs returned', 4) if !$done;
 116     is $done, 3;
 117 }
 118
 119 $seq = $seqio = undef;
 120
 121 # test contig retrieval
 122 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay'  => 0, '-format' => 'gbwithparts');
 123 SKIP: {
 124     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('JH374761');};
 125     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 3 if $@;
 126     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 127     # now to check that postprocess_data in NCBIHelper catches CONTIG...
 128     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new('-delay' => 0, '-format' => 'gb');
 129     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_id('JH374761');};
 130     skip "Couldn't connect to GenBank with Bio::DB::GenBank.pm. Skipping those tests", 1 if $@;
 131     is $seq->length, $expected_lengths{$seq->display_id}, $seq->display_id;
 132 }
 133
 134 $seq = $seqio = undef;
 135
 136 # bug 1405
 137 my @result;
 138 ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -seq_start  => 2, -seq_stop   => 7);
 139 SKIP: {
 140     eval {$seq = $gb->get_Seq_by_acc("A11111");};
 141     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 15 if $@;
 142     is $seq->length, 6;
 143     # complexity tests
 144     ok $gb = Bio::DB::GenBank->new(-format => 'Fasta', -complexity => 0);
 145     eval {$seqin = $gb->get_Stream_by_acc("5");};
 146     skip "Couldn't connect to complete GenBank tests. Skipping those tests", 13 if $@;
 147     @result = (1136, 'dna', 342, 'protein');
 148     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 149         is $seq->length, shift(@result);
 150         is $seq->alphabet, shift(@result);
 151     }
 152     is @result, 0;
 153     # Real batch retrieval using epost/efetch
 154     # these tests may change if integrated further into Bio::DB::Gen*
 155     # Currently only useful for retrieving GI's via get_seq_stream
 156     $gb = Bio::DB::GenBank->new();
 157     eval {$seqin = $gb->get_seq_stream(-uids => [4887706 ,431229, 147460], -mode => 'batch');};
 158     skip "Couldn't connect to complete GenBank batchmode epost/efetch tests. Skipping those tests", 8 if $@;
 159     my %result = ('M59757' => 12611 ,'X76083'=> 3140, 'J01670'=> 1593);
 160         my $ct = 0;
 161     while ($seq = $seqin->next_seq) {
 162                 $ct++;
 163                 my $acc = $seq->accession;
 164         ok exists $result{ $acc };
 165         is $seq->length, $result{ $acc };
 166                 delete $result{$acc};
 167     }
 168     skip('No seqs returned', 8) if !$ct;
 169         is $ct, 3;
 170     is %result, 0;
 171 }