t/RemoteDB/RefSeq.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 16,
  11                -requires_modules => [qw(IO::String
  12                                         LWP::UserAgent
  13                                         HTTP::Request::Common)]);
  14
  15         use_ok('Bio::DB::RefSeq');
  16     use_ok('Bio::DB::GenBank');
  17     use_ok('Bio::DB::EMBL');
  18 }
  19
  20 my $verbose = test_debug() || -1;
  21
  22 my ($db,$seq,$db2,$seq2,$seqio);
  23 # get a single seq
  24
  25 $seq = $seqio = undef;
  26
  27 #test redirection from GenBank and EMBL
  28 #GenBank
  29 ok $db = Bio::DB::GenBank->new('-verbose'=> $verbose, -redirect_refseq => 1);
  30 #EMBL
  31 ok $db2 = Bio::DB::EMBL->new('-verbose'=> $verbose, -redirect_refseq => 1);
  32
  33 eval {
  34     $seq = $db->get_Seq_by_acc('NT_006732');
  35     $seq2 = $db2->get_Seq_by_acc('NT_006732');
  36 };
  37 ok $@;
  38
  39 SKIP: {
  40     test_skip(-tests => 10, -requires_networking => 1);
  41
  42     eval {
  43         ok($seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732'));
  44         is($seq->length, 3776);
  45         ok $seq2 = $db2->get_Seq_by_acc('NM_006732');
  46         is($seq2->length, 3776);
  47     };
  48     skip "Warning: Couldn't connect to RefSeq with Bio::DB::RefSeq.pm!", 10 if $@;
  49
  50     eval {
  51         ok defined($db = Bio::DB::RefSeq->new(-verbose=>$verbose));
  52         ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732')));
  53         is( $seq->length, 3776);
  54         ok defined ($db->request_format('fasta'));
  55         ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('NM_006732')));
  56         is( $seq->length, 3776);
  57     };
  58     skip "Warning: Couldn't connect to RefSeq with Bio::DB::RefSeq.pm!", 6 if $@;
  59 }