t/SeqTools/SeqWords.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SeqWords.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 22);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13         use_ok('Bio::Tools::SeqWords');
  14 }
  15
  16 my ($seqobj, $count, $seqobj_stats, $wt);
  17
  18 my $str = Bio::SeqIO->new(-file=> test_input_file('multifa.seq'), '-format' => 'Fasta');
  19 $seqobj= $str->next_seq();
  20 ok defined $seqobj, 'new Bio::Root::IO object';
  21
  22 my $words = Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  23 my $hash = $words->count_words(6);
  24 ok (defined $words, 'new Bio::Tools::SeqWords object');
  25 ok (defined $hash, 'count_words');
  26
  27 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'ACTGTGGCGTCAACTGACTGGC',
  28                                -alphabet=>'dna', -id=>'test');
  29 ok $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new(-seq=>$seqobj);
  30 isa_ok $seqobj_stats, 'Bio::Tools::SeqWords';
  31
  32 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  33 is $count->{'ACTG'}, 3;
  34 is $count->{'TGGC'}, 1;
  35 is $count->{'GTCA'}, 1;
  36
  37 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  38 is $count->{'ACTG'}, 3;
  39 is $count->{'TGGC'}, 2;
  40 is $count->{'GTCA'}, 1;
  41 is $count->{'GTGG'}, 1;
  42
  43 # now test a protein
  44 $seqobj = Bio::PrimarySeq->new(-seq=>'MQSERGITIDISLWKFETSKYYVTIDISSLWKF',
  45                                -alphabet=>'protein', -id=>'test');
  46 ok $seqobj_stats  =  Bio::Tools::SeqWords->new('-seq' => $seqobj);
  47 isa_ok $seqobj_stats, 'Bio::Tools::SeqWords';
  48
  49 $count = $seqobj_stats->count_words(4);
  50 is $count->{'MQSE'}, 1;
  51 is $count->{'LWKF'}, 1;
  52 is $count->{'IDIS'}, 2;
  53
  54 $count = $seqobj_stats->count_overlap_words(4);
  55 is $count->{'MQSE'}, 1;
  56 is $count->{'LWKF'}, 2;
  57 is $count->{'IDIS'}, 2;