t/SearchIO/exonerate.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: SearchIO_exonerate.t 11525 2007-06-27 10:16:38Z sendu $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin( -tests => 52 );
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my ( $searchio, $result, $hit, $hsp );
  16
  17 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  18     -file   => test_input_file('testdat.exonerate'),
  19     -format => 'exonerate'
  20 );
  21 my @data = (
  22     [
  23         qw(ln27 416 Contig124 939
  24           293 416 -1
  25           1   124 1
  26
  27           107 292 -1
  28           178 363 1
  29
  30           66 106 -1
  31           899 939 1
  32           )
  33     ],
  34     [
  35         qw(ln74 644 Contig275 1296
  36           601 644 -1
  37           901 944 1
  38
  39           436 600 -1
  40           998 1162    1
  41
  42           386 435 -1
  43           1247 1296 1
  44
  45           )
  46     ]
  47 );
  48
  49 my $val;
  50
  51 while ( my $r = $searchio->next_result ) {
  52     my $d = shift @data;
  53     is( $r->query_name, shift @$d );
  54   SKIP: {
  55         $val = shift @$d;
  56         skip( 'no query length available in default output', 1 );
  57         is( $r->query_length, $val );
  58     }
  59
  60     my $h = $r->next_hit;
  61     is( $h->name, shift @$d );
  62   SKIP: {
  63         $val = shift @$d;
  64         skip( 'no hit length available in default output', 1 );
  65         is( $h->length, $val );
  66     }
  67     while ( my $hsp = $h->next_hsp ) {
  68         is( $hsp->query->start,  shift @$d );
  69         is( $hsp->query->end,    shift @$d );
  70         is( $hsp->query->strand, shift @$d );
  71
  72         is( $hsp->hit->start,  shift @$d );
  73         is( $hsp->hit->end,    shift @$d );
  74         is( $hsp->hit->strand, shift @$d );
  75     }
  76 }
  77
  78 # bug 2346
  79
  80 my @cts = (7, 1, 7);
  81
  82 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  83    -format => 'exonerate',
  84    -file   => test_input_file('exonerate.output.works'),
  85 );
  86 parse($searchio);
  87
  88 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  89    -format => 'exonerate',
  90    -file   => test_input_file('exonerate.output.dontwork'),
  91 );
  92 parse($searchio);
  93
  94 $searchio = Bio::SearchIO->new(
  95    -format => 'exonerate',
  96    -file   => test_input_file('exonerate.whitespace_before_query.works'),
  97 );
  98 parse($searchio);
  99
 100 sub parse {
 101     my ($searchio) = @_;
 102     while( my $r = $searchio->next_result ) {
 103         my $hsp_ct = 0;
 104         while(my $hit = $r->next_hit){
 105             while(my $hsp = $hit->next_hsp){
 106                 $hsp_ct++;
 107             }
 108         }
 109         ok($r->query_name, "query_name");
 110         is($hsp_ct, shift @cts);
 111     }
 112 }
 113
 114 $searchio = Bio::SearchIO->new(
 115     -format => 'exonerate',
 116     -file   => test_input_file('exonerate.output.negativescore.works'),
 117 );
 118 my $r   = $searchio->next_result;
 119 $hit = $r->next_hit;
 120 is( $hit->score, "-3" );