t/Variation/Allele.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib '.';
   9     use Bio::Root::Test;
  10
  11     test_begin(-tests => 14);
  12
  13         use_ok('Bio::Variation::Allele');
  14 }
  15
  16 my($a,$trunc,$rev);
  17
  18 $a = Bio::Variation::Allele->new(-seq=>'ACTGACTGACTG',
  19                         -display_id => 'new-id',
  20                         -alphabet => 'dna',
  21                         -accession_number => 'X677667',
  22                         -desc=>'Sample Bio::Seq object');
  23 isa_ok($a, 'Bio::Variation::Allele');
  24
  25 is $a->accession_number(), 'X677667';
  26 is $a->seq(), 'ACTGACTGACTG';
  27 is $a->display_id(),'new-id' ;
  28 is $a->desc, 'Sample Bio::Seq object';
  29 is $a->alphabet(), 'dna';
  30
  31 ok defined($trunc = $a->trunc(1,4));
  32 is $trunc->seq(), 'ACTG';
  33
  34 ok defined($rev = $a->revcom());
  35 is $rev->seq(), 'CAGTCAGTCAGT';
  36
  37 $a->is_reference(1);
  38 ok $a->is_reference;
  39
  40 $a->repeat_unit('ACTG');
  41 is $a->repeat_unit, 'ACTG';
  42
  43 $a->repeat_count(3);
  44 is $a->repeat_count, 3;