t/Variation/Variation_IO.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 26,
  11                            -requires_modules => ['Text::Wrap 98', 'XML::Writer']);
  12
  13         use_ok('Bio::Variation::IO');
  14 }
  15
  16 sub io {
  17     my ($t_file, $o_file, $out_format) = @_;
  18     my $res;
  19
  20     my ($o_ext) = $out_format eq 'flat' ? 'dat' : 'xml';
  21     my ($o_format) = $out_format;
  22     my ($t_name) = $t_file =~ /(.*)....$/;
  23
  24     my( $before );
  25     {
  26         local $/ = undef;
  27         open my $BEFORE, '<', "$t_name.$o_ext" or die "Could not read file '$t_name.$o_ext': $!\n";
  28         $before = <$BEFORE>;
  29         close $BEFORE;
  30     }
  31
  32     ok $before;#"Error in reading input file [$t_name.$o_ext]";
  33
  34     my $in = Bio::Variation::IO->new( -file => $t_file);
  35     my  @entries ;
  36     while (my $e = $in->next) {
  37         push @entries, $e;
  38     }
  39     my $count = scalar @entries;
  40     cmp_ok @entries, '>', 0;# "No SeqDiff objects [$count]";
  41
  42     my $out = Bio::Variation::IO->new( -FILE => ">$o_file",
  43                                        -FORMAT => $o_format);
  44     my $out_ok = 1;
  45     foreach my $e (@entries) {
  46         $out->write($e) or $out_ok = 0;
  47     }
  48     undef($out);  # Flush to disk
  49     ok $out_ok;#  "error writing variants";
  50
  51     my( $after );
  52     {
  53         local $/ = undef;
  54         open my $AFTER, '<', $o_file or die "Could not read file '$o_file': $!\n";
  55         $after = <$AFTER>;
  56         close $AFTER;
  57     }
  58
  59     ok $after;# "Error in reading in again the output file [$o_file]";
  60     is $before, $after, "test output file compared to input";
  61     print STDERR `diff $t_file $o_file` if $before ne $after;
  62 }
  63
  64 io  (test_input_file('mutations.dat'),
  65      test_output_file(), 'flat'); #1..5
  66 io  (test_input_file('polymorphism.dat'),
  67      test_output_file(), 'flat'); #6..10
  68
  69 SKIP: {
  70         test_skip(-tests => 15, -requires_modules => [qw(XML::Twig
  71                                                                                                      XML::Writer
  72                                                                                                      IO::String)]);
  73
  74         eval {
  75                 if( $XML::Writer::VERSION >= 0.5 ) {
  76                 io  (test_input_file('mutations.xml'),
  77                          test_output_file(), 'xml'); #10..12
  78                 } else {
  79                 io  (test_input_file('mutations.old.xml'),
  80                          test_output_file(), 'xml'); #10..12
  81                 }
  82         };
  83
  84         eval {
  85                 if( $XML::Writer::VERSION >= 0.5 ) {
  86                 io  (test_input_file('polymorphism.xml'),
  87                          test_output_file(), 'xml'); #13..14
  88                 } else {
  89                 io  (test_input_file('polymorphism.old.xml'),
  90                          test_output_file(), 'xml'); #13..14
  91
  92                 }
  93         };
  94
  95         eval {
  96                 if( $XML::Writer::VERSION >= 0.5 ) {
  97                 io  (test_input_file('mutations.dat'),
  98                          test_output_file(), 'xml'); #15..25
  99                 } else {
 100                 io  (test_input_file('mutations.old.dat'),
 101                          test_output_file(), 'xml'); #15..25
 102                 }
 103         };
 104 }