t/Map/Cyto.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 110);
  11
  12     use_ok('Bio::Map::CytoMap');
  13     use_ok('Bio::Map::CytoPosition');
  14     use_ok('Bio::Map::CytoMarker');
  15 }
  16
  17 #
  18 # Let's test first the map class : Bio::Map::CytoMap
  19 #
  20
  21 ok my $map = Bio::Map::CytoMap->new(-name  => 'my');
  22 is $map->type, 'cyto';
  23 is $map->units, '';
  24 is $map->length, 0;
  25 is $map->name, 'my';
  26 is $map->species('human'), 'human';
  27 is $map->species, 'human';
  28 is $map->unique_id, '1';
  29
  30 #
  31 #
  32 # Secondly, we make sure the location calculations in
  33 #           Bio::Map::CytoPosition make sense
  34 #
  35
  36 my($a, $b, $r);
  37 my $string = 'b';
  38 is Bio::Map::CytoPosition::_pad($string, 5, 'z'), 'bzzzz';
  39
  40 ok $a = Bio::Map::CytoPosition->new();
  41 isa_ok $a, 'Bio::Map::CytoPosition';
  42 is $a->cytorange, undef;
  43
  44
  45 $a->verbose(2);
  46 eval {
  47     is $a->value('C'), 'C';
  48     is $a->cytorange, undef ;
  49 };
  50 ok $@;
  51 $a->verbose(0);
  52
  53 is $a->value('X'), 'X';
  54 $r = $a->cytorange;
  55 isa_ok $r, 'Bio::Range';
  56 is $r->start, 100000000;
  57 is $r->end, 100200000;
  58
  59 $a->value('1p');
  60 is $a->cytorange->start, 1000000;
  61 is $a->cytorange->end, 1100000;
  62
  63 $a->value('2qter');
  64 is $a->cytorange->start, 2200000;
  65 is $a->cytorange->end, 2200000;
  66
  67 $a->value('2qcen');
  68 is $a->cytorange->start, 2100000;
  69 is $a->cytorange->end, 2100000;
  70
  71 eval {
  72     $a->value('2qcen2');
  73     $a->cytorange->start;
  74 };
  75 ok 1 if $@;
  76
  77 $a->value('2q22');
  78 is $a->cytorange->start, 2122000;
  79 is $a->cytorange->end, 2122999;
  80
  81 $a->value('2p22');
  82 is $a->cytorange->start, 2077001;
  83 is $a->cytorange->end, 2078000;
  84
  85 $a->value('2p21');
  86 is $a->cytorange->start, 2078001;
  87 is $a->cytorange->end, 2079000;
  88
  89 $a->value('10p22.1-cen');
  90 is $a->cytorange->start, 10022199;
  91 is $a->cytorange->end, 10100000;
  92
  93 eval {
  94     $a->value('10q22.1-cen');
  95     $a->cytorange->start;
  96 };
  97 ok 1 if $@;
  98
  99 $a->value('10q22.1-ter');
 100 is $a->cytorange->start, 10122100;
 101 is $a->cytorange->end, 10200000;
 102
 103
 104 eval {
 105     $a->value('10q22.1-p');
 106     $a->cytorange->start;
 107 };
 108 ok 1 if $@;
 109
 110 $a->value('10qcen-qter');
 111 is $a->cytorange->start, 10100000;
 112 is $a->cytorange->end, 10200000;
 113
 114 $a->value('10pcen-qter');
 115 is $a->cytorange->start, 10100000;
 116 is $a->cytorange->end, 10200000;
 117
 118 $a->value('10q22.1-q23');
 119 is $a->cytorange->start, 10122100;
 120 is $a->cytorange->end, 10123999;
 121 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 122
 123 $a->value('10p22.1-p23');
 124 is $a->cytorange->start, 10076001;
 125 is $a->cytorange->end,  10077900;
 126 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 127
 128 $a->value('10cen-p23');
 129 is $a->cytorange->start, 10076001;
 130 is $a->cytorange->end, 10100000;
 131 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 132
 133 $a->value('10q22.1-p23');
 134 is $a->cytorange->start, 10076001;
 135 is $a->cytorange->end, 10122199;
 136 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 137
 138 $a->value('10p22.1-q23');
 139 is $a->cytorange->start, 10077801;
 140 is $a->cytorange->end, 10123999;
 141 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 142
 143 $a->value('10q22.1-p22');
 144 is $a->cytorange->start, 10077001 ;
 145 is $a->cytorange->end, 10122199 ;
 146
 147 $b = Bio::Map::CytoPosition->new();
 148 $b->value('10p22-p22.1');
 149 is $b->cytorange->start, 10077801 ;
 150 is $b->cytorange->end, 10078000;
 151 ok $a->cytorange->overlaps($b->cytorange);
 152
 153 $a->value('10p22.1-q23');
 154 is $a->cytorange->start, 10077801;
 155 is $a->cytorange->end, 10123999;
 156 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 157
 158 $a->value('17p13-pter');
 159 is $a->cytorange->start, 17000000;
 160 is $a->cytorange->end, 17087000;
 161 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 162
 163 $a->value('17cen-pter');
 164 is $a->cytorange->start, 17000000;
 165 is $a->cytorange->end, 17100000;
 166 cmp_ok ($a->cytorange->start, '<', $a->cytorange->end );
 167
 168
 169 #-----------------------------------------
 170 #my $s;
 171
 172 sub test {
 173     my ($s) = @_;
 174     my $a = Bio::Map::CytoPosition->new();
 175     $a->value($s);
 176     $r = $a->cytorange;
 177     is $a->range2value($r), $s;
 178 }
 179
 180 test '1';
 181 test '2p';
 182 test '3q';
 183 test '4cen';
 184
 185 test '5pter';
 186 test '6qter';
 187 test '7p21';
 188 test '8q11.1';
 189
 190 test '9q13.13-15';
 191 test '10p13.13-q15';
 192 test '11p13.13-qter';
 193 test '12p13.13-qter';
 194 test '13p13.13-14';
 195 test '14p13.13-pter';
 196 test '15cen-q2';
 197 test '16cen-p2';
 198 #test '17cen-pter'; eq 17p
 199 #test '18cen-qter'; eq 18q
 200
 201
 202 # by now we should be convinced that band conversion to a range works
 203 # so lets try to use it for comparing markers.
 204
 205 ok my $marker1 = Bio::Map::CytoMarker->new();
 206 is $marker1->name('gene1'), 'gene1' ;
 207 ok $marker1->position($map, '10p33.13-q15');
 208
 209 ok my $marker2 = Bio::Map::CytoMarker->new(-name => 'gene2' );
 210 ok $marker2->position($map, '10p10-15');
 211 is $marker1->get_chr, 10;
 212
 213 ok my $marker3 = Bio::Map::CytoMarker->new(-name => '3' );
 214 ok $marker3->position($map, '10p1');
 215
 216 ok my $marker4 = Bio::Map::CytoMarker->new(-name => '4' );
 217 ok $marker4->position($map, '10q2');
 218
 219 #
 220 # Lastly, let's test the comparison methods
 221 #
 222
 223 ok $marker1->equals($marker1);
 224 ok ! $marker1->equals($marker2);
 225
 226 ok $marker3->less_than($marker4);
 227 ok ! $marker3->greater_than($marker4);
 228 ok ! $marker4->less_than($marker3);
 229 ok $marker4->greater_than($marker3);
 230
 231 ok ! $marker4->overlaps($marker3);
 232 ok $marker1->overlaps($marker3);
 233
 234 ok ! $marker4->contains($marker3);
 235 ok $marker1->contains($marker3);
 236
 237 #
 238 # Test throw() in some private functions
 239 #
 240
 241 eval { Bio::Map::CytoPosition::_pad('string', -1, 'x'); };
 242 like($@, qr/positive integer/);
 243 eval { Bio::Map::CytoPosition::_pad('string', +1, 'toolong'); };
 244 like($@, qr/single character/);
 245