t/SeqFeature/FeaturePair.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 19);
  11
  12     use_ok('Bio::SeqFeature::Generic');
  13     use_ok('Bio::SeqFeature::FeaturePair');
  14 }
  15
  16
  17 my ($feat, $feat2, $pair);
  18
  19 ok $pair = Bio::SeqFeature::FeaturePair->new();
  20
  21 ok $feat = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  22     -start => 40,
  23     -end => 80,
  24     -strand => 1,
  25     -primary => 'exon',
  26     -source => 'internal',
  27     -display_name => 'my exon feature',
  28     -tag => {
  29         silly => 20,
  30         new => 1
  31     }
  32 );
  33
  34 ok $feat2 = Bio::SeqFeature::Generic->new(
  35     -start => 400,
  36     -end => 440,
  37     -strand => 1,
  38     -primary => 'other',
  39     -source => 'program_a',
  40     -phase => 1,
  41     -tag => {
  42         silly => 20,
  43         new => 1
  44     }
  45 );
  46
  47 ok $pair->feature1($feat);
  48 ok $pair->feature2($feat2);
  49
  50 is $pair->feature1, $feat, 'feature1 of pair stored';
  51 is $pair->feature2, $feat2, 'feature2 of pair stored';
  52 is $pair->start, 40, 'feature start';
  53 is $pair->end, 80, 'feature end';
  54 is $pair->primary_tag, 'exon', 'primary tag';
  55 is $pair->source_tag, 'internal', 'source tag';
  56 is $pair->hstart, 400, 'hstart';
  57 is $pair->hend, 440, 'hend';
  58 is $pair->hprimary_tag, 'other', 'hprimary tag';
  59 is $pair->hsource_tag, 'program_a', 'hsource tag';
  60
  61 ok $pair->invert;
  62 is $pair->end, 440, 'inverted end';