t/SeqFeature/Range.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 49);
  11
  12     use_ok('Bio::Range');
  13 }
  14
  15 my $range = Bio::Range->new(-start=>10,
  16                             -end=>20,
  17                                                     -strand=>1);
  18
  19 isa_ok($range,'Bio::Range', 'BioRange object');
  20 is($range->strand, 1);
  21
  22 my $range2 = Bio::Range->new(-start=>15,
  23                              -end=>25,
  24                                                      -strand=>1);
  25
  26 isa_ok($range2,'Bio::Range', 'BioRange object');
  27 is($range2->strand, 1);
  28
  29 my $r = Bio::Range->new();
  30 is ( $r->strand(0), 0 ) ;
  31 is ( $r->start(27), 27 );
  32 is ( $r->end(28), 28 ) ;
  33
  34 ok(! defined $r->intersection($range2));
  35
  36 $r = $range->union($range2);
  37 is($r->start, 10);
  38 is($r->end, 25);
  39
  40 $r = $range->intersection($range2);
  41 is ( $r->start, 15  ) ;
  42 is ( $r->end, 20    );
  43 is ( $r->strand, 1  );
  44
  45 # intersection and union can also take lists
  46 my $range3 = Bio::Range->new(-start=>18,-end=>30);
  47 isa_ok($range3,'Bio::Range', 'BioRange object');
  48
  49 $r = $range->intersection([$range2, $range3]);
  50 ok( ( $r->start == 18 ) && ( $r->end == 20 ));
  51 $r = Bio::Range->intersection([$range, $range2, $range3]);
  52 ok($r->start == 18 && $r->end == 20);
  53 $r = $range->union($range2, $range3);
  54 ok( ( $r->start == 10 ) && ( $r->end == 30 ) );
  55 $r = Bio::Range->union($range, $range2, $range3);
  56 ok( ( $r->start == 10 ) && ( $r->end == 30 ) );
  57 $range3->start(21);
  58 ok (! $range->intersection([$range2, $range3]));
  59
  60 ok (! $range->contains($range2));
  61 ok (! $range2->contains($range));
  62 ok ($range->overlaps($range2));
  63 ok ($range2->overlaps($range));
  64
  65 # testing strand
  66 $range3 = Bio::Range->new(-start => 15,
  67                            -end => 25,
  68                                                    -strand => 1);
  69
  70 my $range4 = Bio::Range->new(-start => 15,
  71                                                     -end => 25,
  72                                                         -strand => -1);
  73
  74 isa_ok($range4,'Bio::Range', 'BioRange object');
  75
  76 my $range5 = Bio::Range->new(-start => 15,
  77                              -end => 25,
  78                                                      -strand => 0);
  79
  80 isa_ok($range5,'Bio::Range', 'BioRange object');
  81
  82 my $range6 = Bio::Range->new(-start => 20,
  83                                                          -end => 30,
  84                                                          -strand => -1);
  85
  86 isa_ok($range6,'Bio::Range', 'BioRange object');
  87
  88 ok $range3->_ignore($range4), ' 1 & -1' ;
  89 ok $range3->_weak($range3),' 1 & 1 true' ;
  90 ok $range3->_weak($range5), ' 1 & 0 true' ;
  91 ok (! $range3->_weak($range4), ' 1 & -1 false' );
  92 ok $range3->_strong($range3), ' 1 & 1 true' ;
  93 ok (! $range3->_strong($range5), ' 1 & 0 false' );
  94 ok (! $range3->_strong($range4), ' 1 & -1 false' );
  95
  96 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'weak'));
  97 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'weak'));
  98 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'strong'));
  99 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'strong'));
 100
 101 $range3->strand(0);
 102
 103 ok  ( $range3->overlaps($range4,'weak'));
 104 ok  ( $range4->overlaps($range3,'weak'));
 105 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'strong'));
 106 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'strong'));
 107
 108 # if strands are different then intersection() should return 0...
 109 $r = $range3->intersection($range4);
 110 is ( $r->strand, 0 );
 111
 112 # or if both strands are -1 then -1 should be returned
 113 $r = $range6->intersection($range4);
 114 is ( $r->strand, -1 );
 115
 116 # test implemention of offsetStranded:
 117 $r = Bio::Range->new(-start => 30, -end => 40, -strand => -1);
 118 isa_ok($r, 'Bio::Range', 'Bio::Range object') ;
 119 is ($r->offsetStranded(-5,10)->toString, '(20, 45) strand=-1');
 120 is ($r->offsetStranded(+5,-10)->toString, '(30, 40) strand=-1');
 121 $r->strand(1);
 122 is ($r->offsetStranded(-5,10)->toString, '(25, 50) strand=1');
 123 is ($r->offsetStranded(+5,-10)->toString, '(30, 40) strand=1');