t/Tools/Genewise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id: Genewise.t 11733 2007-10-26 18:22:10Z jason $
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 33);
  11
  12     use_ok('Bio::Tools::Genewise');
  13 }
  14
  15 my $inputfilename= test_input_file('genewise.out');
  16 my $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-file => $inputfilename);
  17 my @gene;
  18 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  19     push @gene, $gene;
  20 }
  21 my @t = $gene[0]->transcripts;
  22 my @e = $t[0]->exons;
  23
  24 is ($t[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  25 is ($e[0]->seq_id, 'Scaffold_2042.1');
  26 is ($t[0]->source_tag, 'genewise');
  27 is ($e[0]->source_tag, 'genewise');
  28 is ($t[0]->primary_tag, 'transcript');
  29 is ($e[0]->primary_tag, 'exon');
  30
  31 is (scalar($t[0]->exons), 18);
  32 is ($t[0]->start, 22265);
  33 is ($t[0]->end, 37062);
  34 is ($e[0]->start,22265);
  35 is ($e[0]->end, 22396);
  36 my ($phase) = $e[0]->get_tag_values('phase');
  37 is ($phase,0);
  38 my ($sf)= $e[0]->get_tag_values('supporting_feature');
  39 is ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  40 is ($sf->feature1->start,22265);
  41 is ($sf->feature1->end,22396);
  42 is ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  43 is ($sf->feature2->start,1);
  44 is ($sf->feature2->end,44);
  45 is ($sf->feature1->end,22396);
  46
  47 open my $FH, '<', $inputfilename or die "Could not read file '$inputfilename': $!\n";
  48 $parser = Bio::Tools::Genewise->new(-fh => $FH);
  49 while (my $gene = $parser->next_prediction){
  50     push @gene, $gene;
  51 }
  52 @t = $gene[0]->transcripts;
  53 @e = $t[0]->exons;
  54
  55 is (scalar($t[0]->exons), 18);
  56 is ($t[0]->start, 22265);
  57 is ($t[0]->end, 37062);
  58 is ($e[0]->start,22265);
  59 is ($e[0]->end, 22396);
  60 ($phase) = $e[0]->get_tag_values('phase');
  61 is ($phase,0);
  62 ($sf)= $e[0]->get_tag_values('supporting_feature');
  63 is ($sf->feature1->seq_id,'Scaffold_2042.1');
  64 is ($sf->feature1->start,22265);
  65 is ($sf->feature1->end,22396);
  66 is ($sf->feature2->seq_id,'SINFRUP00000067802');
  67 is ($sf->feature2->start,1);
  68 is ($sf->feature2->end,44);
  69 is ($sf->feature1->end,22396);