t/Tools/Pseudowise.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 21);
  11
  12         use_ok('Bio::Tools::Pseudowise');
  13 }
  14
  15
  16 my $inputfilename= test_input_file('pseudowise.out');
  17 my $parser = Bio::Tools::Pseudowise->new(-file => $inputfilename);
  18 my @gene;
  19 while (my $gene= $parser->next_prediction){
  20     push @gene, $gene;
  21 }
  22 my ($g) = @gene;
  23 my @e = $g->sub_SeqFeature;
  24
  25 is ($g->primary_tag, 'pseudogene');
  26 is ($g->source_tag, 'pseudowise');
  27
  28 is(($g->get_tag_values('Synonymous'))[0],7);
  29 is(($g->get_tag_values('Nonsynonymous'))[0],18);
  30 is(($g->get_tag_values('Ka/Ks'))[0],2.57);
  31 is(($g->get_tag_values('Unlikely'))[0],0);
  32 is(($g->get_tag_values('Identical'))[0],5);
  33 is(($g->get_tag_values('Stop'))[0],0);
  34 is(($g->get_tag_values('Total codons'))[0],30);
  35 is(($g->get_tag_values('Frameshift'))[0],0);
  36 is(($g->get_tag_values('Intron'))[0],1);
  37
  38 is($g->start,163);
  39 is($g->end,626);
  40 is($g->strand,1);
  41 is($e[0]->start, 163);
  42 is($e[0]->end,213);
  43 is($e[0]->strand,1);
  44 is($e[1]->start,585);
  45 is($e[1]->end,626);
  46 is($e[1]->strand,1);