t/data/503384.MEGABLAST.2

   1 MEGABLAST 2.2.4 [Aug-26-2002]
   2
   3
   4 Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
   5 "A greedy algorithm for aligning DNA sequences",
   6 J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
   7
   8 Database: cneoA.nt
   9            4935 sequences; 17,206,226 total letters
  10
  11 Searching.......... done
  12 Query= 503384 11337 bp 2 contigs
  13          (11,337 letters)
  14
  15
  16
  17                                                                  Score    E
  18 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  19
  20 Contig3700                                                            785   0.0
  21 Contig3997                                                            664   0.0
  22 Contig634                                                             486   e-136
  23 Contig1853                                                            339   1e-91
  24
  25 >Contig3700
  26           Length = 5631
  27
  28  Score =  785 bits (396), Expect = 0.0
  29  Identities = 639/718 (88%), Gaps = 12/718 (1%)
  30  Strand = Plus / Minus
  31
  32
  33 Query: 8723 gacggcagcccaccgcgccaatcaggttcatccaaattcgtcatcctcgggccgaacatt 8782
  34             |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
  35 Sbjct: 4794 gacggcagcccaccacgtcaatcaggttcatccaaatttatcatcctcgggccgaacatt 4735
  36
  37
  38 Query: 8783 ggacagtactttgaagtatcaagctcagaaggatccagctgcagttcttcgccttccact 8842
  39             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
  40 Sbjct: 4734 ggacagtactttgaagtatcaagctcagaaggatccaactgcagttcttctccttccacg 4675
  41
  42
  43 Query: 8843 ccgtcgcattcgcctaaccgtctcaatcatcaacactcatttgacacttctaaaagccgt 8902
  44             || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||  |||||
  45 Sbjct: 4674 ccatcgcattcgcctaaccgtctcaatcatcggcactcatttgacccttccaacggccgt 4615
  46
  47
  48 Query: 8903 tcaccctctccgactgaatgtgacgagattgaccgggtagaatattcatctccagccata 8962
  49             |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||
  50 Sbjct: 4614 tcacgctctccgaccgaatgtgacgagattgactgggtggaatattcatctctatccata 4555
  51
  52
  53 Query: 8963 gaaatggaagcatgccaaatgtcgggctgggacagtagtgtctccgagttgtcagagggc 9022
  54             |  ||||||||||| || ||| || |||||| |||||||||||| || |||||||||||
  55 Sbjct: 4554 gggatggaagcatgtcagatgccgagctgggccagtagtgtctctgaattgtcagagggt 4495
  56
  57
  58 Query: 9023 gactcggagacagagacttccgtgattattacccctgatagagatattcgggat-g--gt 9079
  59             ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||
  60 Sbjct: 4494 gactcagagacagagagttccgtgattattactcctgatagagatattcgggatggtcgt 4435
  61
  62
  63 Query: 9080 caaagtcagcgcttggatatccgggatatcgtaaggtggaaatacgctttgataagcctt 9139
  64             |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||  |||| |||| |||
  65 Sbjct: 4434 caaagtcagcgcttggatatccaggatatcgtaaggtggcagtacaatttggtaagtctt 4375
  66
  67
  68 Query: 9140 gttaaacatatgtttcataggcct-tacttctcaaacagacctccatcaaatctgaacat 9198
  69             ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||  |
  70 Sbjct: 4374 gttaaacatatgtttcatagg-ctctacttctcaaacagacttccatcaaatctgaatgt 4316
  71
  72
  73 Query: 9199 ccggctttgagaccgaatcgcttattatcttgccgtacaacttcgagccatacggtggta 9258
  74             | |||||||||||||||||||    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||
  75 Sbjct: 4315 ctggctttgagaccgaatcgc---ctatcttcccgcacaacttcgagccatacggtagtg 4259
  76
  77
  78 Query: 9259 cctcgtgactttaatcgtcgctgtagcgaatcttgctctgttacatc-ggcctcaagctc 9317
  79             ||| | |||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| || ||| |||||
  80 Sbjct: 4258 ccttgcgactttaatcgtcgctgtagcgaacctcgttctgttgcatcagg-ctctagctc 4200
  81
  82
  83 Query: 9318 tagttttcatgcccctcagccgggagagttgaa-ccaacatggagatactgtggcttgtg 9376
  84             ||||| | |||||||||||  ||||||    ||  |||||||||||||| ||||||||||
  85 Sbjct: 4199 tagttctaatgcccctcagttgggaga-cccaagtcaacatggagataccgtggcttgtg 4141
  86
  87
  88 Query: 9377 aagcttgcggtagaggcacgacaatcactaacgcaaaaaagattatgccttgtcaagt 9434
  89             |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  90 Sbjct: 4140 aagcttgcggtagaggcacgaccatcactaacgcaaagaagattatgccttgtcaagt 4083
  91
  92
  93
  94  Score =  753 bits (380), Expect = 0.0
  95  Identities = 541/594 (91%), Gaps = 3/594 (0%)
  96  Strand = Plus / Minus
  97
  98
  99 Query: 10744 taccatatttttctccgttctaccgtattctt-cacatgtatctgcatatcaacgtaaca 10802
 100              ||||||| |||||||| || ||||||| | || ||||||||||||| |||  | | || |
 101 Sbjct: 2753  taccatacttttctccattttaccgtactattccacatgtatctgcgtatttatgcaata 2694
 102
 103
 104 Query: 10803 tacaatttccaagatacaacaggaattcaaacaagaaaaatcagatcctcaaccccgcac 10862
 105              ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
 106 Sbjct: 2693  tacaatttccaagttacaacaggaatgcaaacaacaaaaatcagatcctcaaccccgcac 2634
 107
 108
 109 Query: 10863 caaacttctttacacagataaggtttacctcatctctcatttgtctccatattctccacc 10922
 110              ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||
 111 Sbjct: 2633  caaacttctttacacagataaggttcacctcatccctcatttgcctccatattctccacc 2574
 112
 113
 114 Query: 10923 attcccttccagcctcactcgcaccctcgtttaacccttcgtcctgtgcccacttt-tct 10981
 115              |||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||| |||||| |||| ||| |||
 116 Sbjct: 2573  attcccttccagcctcgctcacactctcatttaatccttcatcctgtcccca-tttctct 2515
 117
 118
 119 Query: 10982 tttatgatcattctcatccatcgcaacacctcgacgactttctcaactccatccccaacc 11041
 120              ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 121 Sbjct: 2514  tttatgatcaccctcatccatctcaacacctcgacgactttctcaactccatctccaacc 2455
 122
 123
 124 Query: 11042 ctgccctcgccatcattcaaacattttttgagaaatgcagccactttaatagcatcctta 11101
 125               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
 126 Sbjct: 2454  ttgccctcgccatcattcaaacattttttgagaaatgcggccactttagtagcatccttg 2395
 127
 128
 129 Query: 11102 tctgccggcggactatcttctctggactcgatccataattcaatagtcctgagcacatcg 11161
 130              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 131 Sbjct: 2394  tctgccggcggactatcttctctggactcgatccataattcaatagttctgagcacatcg 2335
 132
 133
 134 Query: 11162 ggaagctcggtcgagttcatgagagcgggtttgggcggcctgatgatcttgacactctgt 11221
 135              ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| | |||
 136 Sbjct: 2334  ggaagctcggttgagttcatgagggcgggtttggggggcttaatgatcttgacattttgt 2275
 137
 138
 139 Query: 11222 ctctgctgcggcgggattgaccgtgatgtggagcggcctctgtacgcgccgacacctccc 11281
 140              ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||
 141 Sbjct: 2274  ctctgctgcggtgggattgaccgtgatgtggaacggcctctgtacccgccgacaactccc 2215
 142
 143
 144 Query: 11282 aacttgacaggtgagacactggtactcgtccctcttgatctggatctatcccca 11335
 145              || |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||||
 146 Sbjct: 2214  aatttgacaggagagacactagtactcgtccctctcgacctggatctaccccca 2161
 147
 148
 149
 150  Score =  726 bits (366), Expect = 0.0
 151  Identities = 511/558 (91%), Gaps = 8/558 (1%)
 152  Strand = Plus / Minus
 153
 154
 155 Query: 9759  ctaaagatatcaggacatcactccggccattgttgaggccttccttccgagaaattcgtt 9818
 156              |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||
 157 Sbjct: 3753  ctaatgatatcaggacatcactccggccactgttgaggcctttcttccgagaaattcatt 3694
 158
 159
 160 Query: 9819  atctcaccgtacccttcaaccaatccatattctccttgacagattcgacgggcgtactaa 9878
 161              ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
 162 Sbjct: 3693  atctcatagtacccttcaaccaatccatattctccttgacagattcgacggacgtacaaa 3634
 163
 164
 165 Query: 9879  ggacta-c--ctg-g-tacgcccccttttaaagtctgctgctgtgctgaatactcgcttc 9933
 166              |||||| |   || | || ||| || |||| |||||  ||||||||||| ||||| ||||
 167 Sbjct: 3633  ggactatctggtgtgctatgccgcc-tttagagtctattgctgtgctgattactcacttc 3575
 168
 169
 170 Query: 9934  gaaaacagtatatcgaagccgcgacaccgcaagccgcacaaactatactcaagacctgtc 9993
 171              |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 172 Sbjct: 3574  gaaaacagtatatcgaagccgcgacaccgcaagcggcacaaactatactcaagacctgtc 3515
 173
 174
 175 Query: 9994  agaatactttcttgtccggaggagcgctcacttcgggaaggagacggcctgttaccatca 10053
 176              |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
 177 Sbjct: 3514  agaataatttcatgtccggaggagcgctcacttcgggaaggaaacggcctgttactatca 3455
 178
 179
 180 Query: 10054 ctcccgtatcgcattcggagctcatagaagaactgcgtccacattcggctcaggaactcc 10113
 181              |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
 182 Sbjct: 3454  ctcccgtatctcattcggagctcatagaagaactgcgtccacactcggcccaggaactcc 3395
 183
 184
 185 Query: 10114 attcgctactcgctctttgtcaagctgctatagactcgaattctggatccaaac-aaagt 10172
 186              ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||  |||| ||| |
 187 Sbjct: 3394  attcgctactcactctttgtcaagctgctgtggactcaaattctggatgtaaactaaa-t 3336
 188
 189
 190 Query: 10173 acttcaaagtatatcaagtctcgccatgggccatactacgccttgatgtcaacaatgagc 10232
 191              ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||
 192 Sbjct: 3335  acttcaaagtatatcaagtctcgccatggaccatactacgctttgatgtcagcaatgagc 3276
 193
 194
 195 Query: 10233 aaaatgaatggggagcaaagtccctcttactgggacatgttctgtaagtggaatttgagt 10292
 196              ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
 197 Sbjct: 3275  aaattgaatggggagcaaagtccttcttactgggacatgttctgtaagtgggattcgagc 3216
 198
 199
 200 Query: 10293 atggtcgtagagctcttg 10310
 201              ||| ||||||||||||||
 202 Sbjct: 3215  atgatcgtagagctcttg 3198
 203
 204
 205
 206  Score =  400 bits (202), Expect = e-110
 207  Identities = 300/332 (90%), Gaps = 4/332 (1%)
 208  Strand = Plus / Minus
 209
 210
 211 Query: 10338 agacgtcgcctctggtaagaaggactttttggacttttcatcaggtccattatggcattc 10397
 212              ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||
 213 Sbjct: 3169  agacgtcgcctctggtaagaa-gaatttttgaactttccatcagttccattatggcagtc 3111
 214
 215
 216 Query: 10398 gctgaccacttgaccgctgttcgtgatggggctaacaggagccatctccgcattaagtaa 10457
 217              ||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
 218 Sbjct: 3110  gctgaccgcatgaccgttgttcgtgacggggctaataggagccatctccgcattaagtaa 3051
 219
 220
 221 Query: 10458 agcaataactcgccaggcctactttcgttcctcacaaggctcccctgctcgctcatatcc 10517
 222              |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||
 223 Sbjct: 3050  agcaataactcgccagacctactttcattcctcacaaagctcgcctgctcgctcatatcc 2991
 224
 225
 226 Query: 10518 c---accgacgccataactcttgtctctgaggaagatctgctcgtacgcaataaattact 10574
 227              |   |||||||||| |||||  ||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||
 228 Sbjct: 2990  cgccaccgacgccacaactcacgtctctgaggaagatatacttgtacgcaacaaattact 2931
 229
 230
 231 Query: 10575 gatgttgttcgagaagtgttttggtatgatgccaagagctaattaactcagaggatcact 10634
 232              |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 233 Sbjct: 2930  gatgttgttcgagaggtgtttcggtatgatgccaagagctaattaactcagaggattact 2871
 234
 235
 236 Query: 10635 atatcatcggggtgtacaggaatttgtacttg 10666
 237               |||||| ||| |||||||||||| |||||||
 238 Sbjct: 2870  gtatcattgggatgtacaggaattcgtacttg 2839
 239
 240
 241
 242  Score =  196 bits (99), Expect = 1e-48
 243  Identities = 112/116 (96%), Gaps = 2/116 (1%)
 244  Strand = Plus / Minus
 245
 246
 247 Query: 8368 gaccgggaacgtacgagggaatggagacggcctttgagagcctgttgatgtagtcgtcct 8427
 248             ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249 Sbjct: 5355 gaccggg-acgtacgagggaatggacacggcctttgagagcctgttgatgtagtcgtcct 5297
 250
 251
 252 Query: 8428 tgtggtcgtcgac-gtactggaggaacttgggatcggccattgctgtgcttgtggg 8482
 253             ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 254 Sbjct: 5296 tgtggtcgtcgacagtactggaggaacttgggatcggccattgctgtgtttgtggg 5241
 255
 256
 257 >Contig3997
 258           Length = 12734
 259
 260  Score =  664 bits (335), Expect = 0.0
 261  Identities = 401/423 (94%)
 262  Strand = Plus / Minus
 263
 264
 265 Query: 1282 accttgcgaatgtccaataaacccatcacgacgtcacctctgaccacttccttttcatct 1341
 266             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 267 Sbjct: 1968 accttgcgaatgtccaataaacccatgacgacgtcacctctgaccacttccttttcatct 1909
 268
 269
 270 Query: 1342 gttccaaccaccagcgccctccccacaaaactccttcccggcacatacttgcccacatcc 1401
 271             || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 272 Sbjct: 1908 gtaccgaccaccagcgccctgcccacaaaactccttccaggcacatacttgcccacatcc 1849
 273
 274
 275 Query: 1402 cctcttcccttttcgtccacggcacgtacatccacttgatccaccgcaacagcataaacc 1461
 276             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
 277 Sbjct: 1848 cctcttcccttttcgtccacggcacgtacatccacttgatccaccgccacggcataaacc 1789
 278
 279
 280 Query: 1462 tgtacgagcacttggttctttcccgtctttcctgggggttttgagtgagagctaaactct 1521
 281             ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||
 282 Sbjct: 1788 tgtacgagcacttggttctttcccgtcttaccaggaggttttgagtgagaactaaactct 1729
 283
 284
 285 Query: 1522 acaaggggcgggagctggtcacggaggtgtgcgggggtagcgttgtggtggtcaaatgtg 1581
 286             ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||
 287 Sbjct: 1728 acaaggggcgggagctggtcacgaaggtgtgcgggggtagcgttatggtgatcgaatgtg 1669
 288
 289
 290 Query: 1582 gaatggagtgtgatggatgccatggtggcgtgtggaagaccaaggatacgtgcgtctagg 1641
 291             |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 292 Sbjct: 1668 gaatggagtgtgatggatgccatgctggcgtgtggaagaccaaggatacgggcgtctagg 1609
 293
 294
 295 Query: 1642 tcgggcgctgatttggccgggtttgactgtttgtaagcgcccagaggtaaaatcaagttg 1701
 296             || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
 297 Sbjct: 1608 tcaggtgctgatttagccgggtttgattgtttgtaagcgcccaaaggtaaaatcaagttg 1549
 298
 299
 300 Query: 1702 cta 1704
 301             |||
 302 Sbjct: 1548 cta 1546
 303
 304
 305
 306  Score =  648 bits (327), Expect = 0.0
 307  Identities = 412/440 (93%), Gaps = 2/440 (0%)
 308  Strand = Plus / Minus
 309
 310
 311 Query: 767  actcactttccgccactcttcaatgctctttttgcagtgtcatacaccctttgcccaccc 826
 312             ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||
 313 Sbjct: 2498 actcactttccgccactcttcaatgctcttcgtgcagtgtcatacacccgttgcccacct 2439
 314
 315
 316 Query: 827  tgggtgtcaaacacaaagtcatacccattttcctccagattgatcatcactgccgccgga 886
 317             || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318 Sbjct: 2438 tgcgtatcaaacacaaagtcatatccattttcctccagattgatcatcactgccgccggc 2379
 319
 320
 321 Query: 887  gaacccatgagcactcccttggccccattctcaatacacttt-tggtgagcctcatgcga 945
 322             ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||
 323 Sbjct: 2378 gaacccatgagcactcccttggccccattttcaataca-tttctggtgagcctcatgcga 2320
 324
 325
 326 Query: 946  gtcgtccccaccggggacgatagccgtcacgtatacacctgcgcgggacatgacctgaca 1005
 327             ||||||||| || |||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||
 328 Sbjct: 2319 gtcgtccccgccagggatgatagccgtcacatagacacctgcgcgagacatcacctggca 2260
 329
 330
 331 Query: 1006 gacgagtgcggcgataccagtatgggcgttgatgataatggcgcggaactggcgattgag 1065
 332             |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||
 333 Sbjct: 2259 gacgagtgcggcgataccagtatgggcgttgatgacgatggcgcggaattggcgattgag 2200
 334
 335
 336 Query: 1066 agagccacgaacgcatcgcgctgcagcgatgccttggagagggagaatcgagagttgttc 1125
 337             ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 338 Sbjct: 2199 agagccacggacgcatcgcgctgcagcgatgccttggagagggagaatagagagttgttc 2140
 339
 340
 341 Query: 1126 gagtgtgagaagggtagggaatggtgctcgagagacacgtcgacggtcgacaagaatgta 1185
 342             ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||
 343 Sbjct: 2139 gagtgtgagaagggtagggaatggtgcacgagaaacacgtcgacgatccacaagaatgta 2080
 344
 345
 346 Query: 1186 ctctgccaatgcgccgctct 1205
 347             ||||||||||||||||||||
 348 Sbjct: 2079 ctctgccaatgcgccgctct 2060
 349
 350
 351
 352  Score =  563 bits (284), Expect = e-159
 353  Identities = 351/373 (94%), Gaps = 1/373 (0%)
 354  Strand = Plus / Minus
 355
 356
 357 Query: 351  aaaaagcagaacactagttgataatcctcacgaccctcacgccacactcatcccatcctt 410
 358             ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 359 Sbjct: 2931 aaaaagcag-acactaattgataatcctcacgaccctcacgccacactcatcccatcctt 2873
 360
 361
 362 Query: 411  ggcgtttaaagacatctgctcccctttcaaagggcaccactgcgttctcaccttccagca 470
 363             | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
 364 Sbjct: 2872 gacgtttaaagacctctgctcccctttcaaagggcaccactgcgctctcaccttccaaca 2813
 365
 366
 367 Query: 471  ctggcctaaaggatgccatacacggttcctccatcacatcgcggcaatccatcccggatg 530
 368             |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
 369 Sbjct: 2812 ctggtctaaaggttgccatacacggttcctccatcacatcacggcagtccatcccggacg 2753
 370
 371
 372 Query: 531  cgtcaatctctggctcaccagacccgatgggagagacgtattcaaaggcgataaactttg 590
 373             ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||
 374 Sbjct: 2752 cgtcaatctctggctcaccagacccaatgggggagacatattcaaaggagataaactttg 2693
 375
 376
 377 Query: 591  agtctttgcgttttgaaccaaacactgttctcagtgtcttgatgcccgacgggcgggaag 650
 378             | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 379 Sbjct: 2692 aatctttgcgttttgaaccaaacactgttctcagtgtcttgatgccggacgggcgggaag 2633
 380
 381
 382 Query: 651  ccaagtggggcgggacgcggttcagagttgtttcggggcgcttggtcgataccaatctac 710
 383             |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
 384 Sbjct: 2632 ccaaatggggcgggacgcggttcagagttgcttcgggccgcttggtcgataccaatctac 2573
 385
 386
 387 Query: 711  agaatgcacattt 723
 388             | ||| |||||||
 389 Sbjct: 2572 aaaatacacattt 2560
 390
 391
 392
 393  Score =  299 bits (151), Expect = 1e-79
 394  Identities = 214/234 (91%), Gaps = 5/234 (2%)
 395  Strand = Plus / Minus
 396
 397
 398 Query: 4    ttgatagatctccagtcatagggcctctagtccggcgcacaagaagtgcaaggtttttag 63
 399             |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 400 Sbjct: 3284 ttgatagatctccagtcatagggcctctggtccggcgcacaagaagtgcaaggtttttag 3225
 401
 402
 403 Query: 64   ggcgaagctggggtagttctacagggagagaagttgatggggaagcagagctcgggcaag 123
 404             |||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
 405 Sbjct: 3224 ggcgaagctgggatagttctgtagggggagaagttgatggggaagcagagctggggcagg 3165
 406
 407
 408 Query: 124  cgggcagtagtatcggacgagattggtgtacaagagagatggatgaaggg-tatgggacg 182
 409             ||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
 410 Sbjct: 3164 cgggcggtagtgtcggacgaggtcggtgtacaagagagatggatga-gggatatgggact 3106
 411
 412
 413 Query: 183  tttaatgattgatgac-att-gtatcgattttgtacaagtatcttg-gactgtt 233
 414             ||||||||||||| |  ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
 415 Sbjct: 3105 tttaatgattgattaagatttgtaacgattttgtacaagtatcttgagactgtt 3052
 416
 417
 418
 419  Score =  293 bits (148), Expect = 7e-78
 420  Identities = 179/189 (94%), Gaps = 2/189 (1%)
 421  Strand = Plus / Minus
 422
 423
 424 Query: 1755 actcacgtgtacccaggagcactttcttgatcccttccatgcgattccatcaacatc-cc 1813
 425             ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | ||
 426 Sbjct: 1502 actcacgtgtacccaggagcactctcttgatcccttccatgcgactccatcaaca-cacc 1444
 427
 428
 429 Query: 1814 atcaccatacgaactcccttcccactttgacccgcctgtaaatctatacccagcagcgct 1873
 430             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||
 431 Sbjct: 1443 atcaccatacgaactcccttcccactttgacccgcctccaaacctatacccagcagcgct 1384
 432
 433
 434 Query: 1874 cttcgacctcttgatcatggacggtaaaggcaattcagccaatccatcatctttttcgcc 1933
 435             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
 436 Sbjct: 1383 ctttgacctcttgatcatggacggtaaaggcaattcagccaatccatcatcttcttcccc 1324
 437
 438
 439 Query: 1934 tgcctcact 1942
 440             |||||||||
 441 Sbjct: 1323 tgcctcact 1315
 442
 443
 444
 445  Score =  252 bits (127), Expect = 2e-65
 446  Identities = 220/250 (88%), Gaps = 6/250 (2%)
 447  Strand = Plus / Minus
 448
 449
 450 Query: 1969 gaccgtggccgacttcgctcctcgagcctctaaagatgctagactttctcgaatgcgaca 2028
 451             |||||||||| ||||| ||| |||||||||| || | ||||||| || ||||||||||||
 452 Sbjct: 1279 gaccgtggcccacttcactcttcgagcctctgaatacgctagaccttgtcgaatgcgaca 1220
 453
 454
 455 Query: 2029 aatgtcctcctccattatcgtggtacatggataaccttgagcggctcctctcgggagggg 2088
 456             | ||  | || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |
 457 Sbjct: 1219 actg--c-ccaccattatcgtgatacacggataacctcgagcgactcctctcgggaggtg 1163
 458
 459
 460 Query: 2089 gtgaaga---gcgatagagacgttcagagtcttggggggtcatctctggaaggatggtga 2145
 461             |||||||   |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||
 462 Sbjct: 1162 gtgaagaggggcgatagagacgttcagagtcttgcggcgtcatttctggaaggatggtga 1103
 463
 464
 465 Query: 2146 ggatgtcggggtccaggaaggaaggcggttcaaaccctgcccgcggagttgttggacgtg 2205
 466             |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||
 467 Sbjct: 1102 ggatgtcggggtccaggaaggaggggggttcgaaccctgcccggggggttgttgggcgtg 1043
 468
 469
 470 Query: 2206 tagggatagg 2215
 471             ||||||||||
 472 Sbjct: 1042 tagggatagg 1033
 473
 474
 475
 476  Score =  143 bits (72), Expect = 1e-32
 477  Identities = 90/96 (93%)
 478  Strand = Plus / Minus
 479
 480
 481 Query: 2279 tgagggagatgtaggacgagagtattgagagagacggccaggtgatgacgatgatggggg 2338
 482             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||| |||||
 483 Sbjct: 960  tgagggagatgtaggacgagagtattgagagagacgacaaggcgatgacaatgacggggg 901
 484
 485
 486 Query: 2339 taaaggcgatggggtccttggcggatagacgggagc 2374
 487             |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 488 Sbjct: 900  taaaggcgatggggtccttggcgggtagacgggagc 865
 489
 490
 491
 492  Score =  121 bits (61), Expect = 5e-26
 493  Identities = 142/168 (84%), Gaps = 5/168 (2%)
 494  Strand = Plus / Minus
 495
 496
 497 Query: 3164 ttcgtcatctgagcctgcttggcctgatgcactctccatatcctcgtcgtcctttgaagg 3223
 498             |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||
 499 Sbjct: 165  ttcgtcgtctgagcctgcttggcctgatgcactctccatatcgtcgtcatccttgggagg 106
 500
 501
 502 Query: 3224 aagaggcggcggctgttccg-ccgtgttgcgaggggggttgattactctaggtgcaagag 3282
 503             |||||| || || | ||||  || |||||||||||||| |||| || ||| |||| || |
 504 Sbjct: 105  aagaggtggaggtt-ttcccaccatgttgcgaggggggatgatcaccctaagtgccag-g 48
 505
 506
 507 Query: 3283 -tgggacgagaggtggtatgcggtaggtggtcgggatggagggcggat 3329
 508              |||| | ||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||| ||||
 509 Sbjct: 47   ctggggccagaggtggtat-cggtagatggtctggatgaagggaggat 1
 510
 511
 512
 513  Score =  103 bits (52), Expect = 1e-20
 514  Identities = 70/76 (92%)
 515  Strand = Plus / Minus
 516
 517
 518 Query: 3041 gtgcgaacgccgcgacgaggagcgaatggactgtgctctgctacaaggccgggaagacga 3100
 519             |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||
 520 Sbjct: 273  gtgcgagcgccgcgatgaggagcgaatggactgtgctctgctacaaggcctggaggaaga 214
 521
 522
 523 Query: 3101 tttgggagtgcgtgag 3116
 524             ||||||||||| ||||
 525 Sbjct: 213  tttgggagtgcatgag 198
 526
 527
 528 >Contig634
 529           Length = 858
 530
 531  Score =  486 bits (245), Expect = e-136
 532  Identities = 304/323 (94%), Gaps = 3/323 (0%)
 533  Strand = Plus / Minus
 534
 535
 536 Query: 7620 tatatatatacgtaccagaaatacacatgcagtcaacaccggcgaaaaacttgtcctttt 7679
 537             ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 538 Sbjct: 321  tatatat-tacgtaccagaaatgcacatgcagtcaacaccggcgaagaacttgtcctttt 263
 539
 540
 541 Query: 7680 cagattcaataaacttgtccaggttgacagaaccattctcctccataccctcaaaacaga 7739
 542             ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 543 Sbjct: 262  cagattcaataaacttgtcaaggttgacagaaccattctcctccataccctcaaaacaga 203
 544
 545
 546 Query: 7740 ctttgaggttgacaggaagctcgataccaagcttcttgtgcgcctcgaggacgtttaacc 7799
 547             ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
 548 Sbjct: 202  ctttgagattgacaggaagctcaataccaagcttcttatgcgcctcgagaacgttcaacc 143
 549
 550
 551 Query: 7800 agcccatgactggacccttgtcatcggttgagccacggccgtaaagtcggccactgccgt 7859
 552             |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 553 Sbjct: 142  agcccatgacaggacccttgtcatccgttgagccacggccgtagagtcggccactgccgt 83
 554
 555
 556 Query: 7860 tgggatcgggggtgagctcaaagggagggtagagccagccgtcttcgagtaga-gcgggt 7918
 557             ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||
 558 Sbjct: 82   tgggatccggggtgagctcaaacggagggtagagccagccgtcttcgagca-atgcgggt 24
 559
 560
 561 Query: 7919 tggacatcgtagtggccatagac 7941
 562             ||||| ||||||||||| |||||
 563 Sbjct: 23   tggacgtcgtagtggccgtagac 1
 564
 565
 566
 567  Score =  291 bits (147), Expect = 3e-77
 568  Identities = 162/167 (97%)
 569  Strand = Plus / Minus
 570
 571
 572 Query: 7410 cttactgagagcgataagatccgtcatcggttcgtggacggtaccgccaaagacaccaga 7469
 573             |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 574 Sbjct: 540  cttactgagagcgacaaggtccgtcatcggttcgtggacggtaccgccaaagacaccaga 481
 575
 576
 577 Query: 7470 gtgaagatccctgtcaggcccagaaatcttgatctcgtaatagttgatacctctgagacc 7529
 578             ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 579 Sbjct: 480  gtggagatccctgtcaggcccagaaatcttgatctcgtaatagttgatacctctgagacc 421
 580
 581
 582 Query: 7530 ataagtgagacagggggtcttggtgtcaagccagtaattgtctatat 7576
 583             |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 584 Sbjct: 420  ataagtgagacacggggtcttggtgtcaagccagtagttgtctatat 374
 585
 586
 587
 588  Score =  224 bits (113), Expect = 5e-57
 589  Identities = 183/206 (88%), Gaps = 2/206 (0%)
 590  Strand = Plus / Minus
 591
 592
 593 Query: 7180 aaacccacagtcgtaacagtgtcgtcggagatggtgacctcaccaccaacagc-ggcatg 7238
 594             |||| ||||||| |||| || ||| | || |||||||| |||||||| |||||  |||||
 595 Sbjct: 783  aaactcacagtcttaacggtatcgcccgatatggtgacttcaccaccgacagcatgcatg 724
 596
 597
 598 Query: 7239 aatatcttccatctggaagtggatagcctcaaacttggctcgctcatcgtcggtgacagg 7298
 599             |||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 600 Sbjct: 723  aatatcttgcatctcgaaatggatagcttcaaacttggctcgctcatcgtcggtgacagg 664
 601
 602
 603 Query: 7299 cgcgatgaggtccttgataccggtaacgaggatctggccgtcgggagtgacaagcttgga 7358
 604              |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
 605 Sbjct: 663  ggcgatgaggtccttgacaccgctaacgaggatctggccgtcgggagtaacaagcctgga 604
 606
 607
 608 Query: 7359 cactatatataacactcgtcagctct 7384
 609             ||||| ||| |||||| |||||||||
 610 Sbjct: 603  cactagata-aacacttgtcagctct 579
 611
 612
 613 >Contig1853
 614           Length = 2314
 615
 616  Score =  339 bits (171), Expect = 1e-91
 617  Identities = 204/215 (94%)
 618  Strand = Plus / Plus
 619
 620
 621 Query: 6406 aaatactcactcggatgtagttgtcagtgtcaatcttctcgttggtggaatgagctccgt 6465
 622             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 623 Sbjct: 1691 aaatacgcactcggatgtagttgtcagtgtcaatcttctcgttggtggaatgagctccgt 1750
 624
 625
 626 Query: 6466 catcaccccttccgacaggtaacaaaaggacgttgaggttgagaatgttggcaaagtcga 6525
 627             ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 628 Sbjct: 1751 catcaccccttccgacaggcaacaggaggacattgaggttgagaatgttggcaaagtcga 1810
 629
 630
 631 Query: 6526 gggtgacagggatagaaccgccttcacgggtgtagtcgggcacttggccgtaaacagact 6585
 632             | ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
 633 Sbjct: 1811 gagtgacagggatggaaccgccttcacgggtgtaatcaggcacttggccgtaaacagatt 1870
 634
 635
 636 Query: 6586 cggtagccttgtgcgccgctcgataagagtagtgc 6620
 637             ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 638 Sbjct: 1871 cggtagccttgtgcgccgcacgataagagtagtgc 1905
 639
 640
 641
 642  Score =  285 bits (144), Expect = 2e-75
 643  Identities = 243/274 (88%), Gaps = 11/274 (4%)
 644  Strand = Plus / Plus
 645
 646
 647 Query: 6630 ggtcagtctttatcatccacttgcatt-gttgccaaccgtgctcacattggggtcagcct 6688
 648             ||||||||||||| || ||||||||||  || |||| | ||||||| |||||||||||||
 649 Sbjct: 1933 ggtcagtctttat-at-cacttgcattattttccaatcatgctcacgttggggtcagcct 1990
 650
 651
 652 Query: 6689 gaaag-aaaacgattgtcagcc---tctttacattcatcaa-cactcgccgggggcataa 6743
 653             ||||| ||||| ||||||||||   | |||||||||||||| || || || |||| |  |
 654 Sbjct: 1991 gaaagcaaaaccattgtcagccttttttttacattcatcaacca-tc-cc-ggggaacca 2047
 655
 656
 657 Query: 6744 ctcacaatccaaggctcaccaccgtgagtgagatacacctccatcttgttcttggaacca 6803
 658             |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 659 Sbjct: 2048 ctcacaatccaaggctcaccgccatgagtaagatacacctccatcttgttcttggaacca 2107
 660
 661
 662 Query: 6804 agttttttgaattcttcctcaacgtacttgacgacgaggtcagtcacactggcaacagtg 6863
 663             ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| ||||||
 664 Sbjct: 2108 agtttcttgaactcttcctcaacgtacttgacgacaaggtcggtgacgctggcgacagtg 2167
 665
 666
 667 Query: 6864 aggttgggtacaagacggatagagaatttgccta 6897
 668             ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 669 Sbjct: 2168 aggttgggtacaagacggatagagaatttgccta 2201
 670
 671
 672
 673  Score = 71.9 bits (36), Expect = 5e-11
 674  Identities = 36/36 (100%)
 675  Strand = Plus / Plus
 676
 677
 678 Query: 6963 acccttgacacagcagggaatcacagtcttggaacc 6998
 679             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 680 Sbjct: 2277 acccttgacacagcagggaatcacagtcttggaacc 2312
 681
 682
 683   Database: cneoA.nt
 684     Posted date:  Dec 12, 2002  3:26 PM
 685   Number of letters in database: 17,206,226
 686   Number of sequences in database:  4935
 687
 688 Lambda     K      H
 689     1.37    0.711     1.31
 690
 691 Gapped
 692 Lambda     K      H
 693     1.37    0.711     1.31
 694
 695
 696 Matrix: blastn matrix:1 -3
 697 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 0
 698 Number of Hits to DB: 9213
 699 Number of Sequences: 4935
 700 Number of extensions: 21
 701 Number of successful extensions: 21
 702 Number of sequences better than 1.0e-01: 4
 703 length of query: 11337
 704 length of database: 17,206,226
 705 effective HSP length: 19
 706 effective length of query: 11318
 707 effective length of database: 17,112,461
 708 effective search space: 193678833598
 709 effective search space used:        0
 710 S2: 21 (42.1 bits)