t/data/bug2246.blast

   1 BLASTP 2.2.16 [Mar-11-2007]
   2 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schäffer,
   3 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman
   4 (1997), "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of
   5 protein database search programs", Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   6
   7 RID: 1174495466-9867-19326456169.BLASTQ4
   8
   9
  10 Database: All non-redundant GenBank CDS
  11 translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples
  12            4,750,295 sequences; 1,639,169,463 total letters
  13 Query=  foo
  14 Length=193
  15
  16
  17                                                                  Score    E
  18 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  19
  20 UniRef50_Q9X0H5 Cluster: Histidyl-tRNA synthetase; n=4; Thermoto...    23    650
  21
  22   Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding
  23 environmental samples
  24     Posted date:  Mar 20, 2007  6:13 PM
  25   Number of letters in database: 1,639,169,463
  26   Number of sequences in database:  4,750,295
  27 Lambda     K      H
  28    0.319    0.139    0.394
  29 Gapped
  30 Lambda     K      H
  31    0.267   0.0410    0.140
  32 Matrix: BLOSUM62
  33 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  34 Number of Sequences: 4750295
  35 Number of Hits to DB: 61915690
  36 Number of extensions: 2579181
  37 Number of successful extensions: 7099
  38 Number of sequences better than 0.01: 55
  39 Number of HSP's better than 0.01 without gapping: 0
  40 Number of HSP's gapped: 7049
  41 Number of HSP's successfully gapped: 55
  42 Length of query: 193
  43 Length of database: 1639169463
  44 Length adjustment: 125
  45 Effective length of query: 68
  46 Effective length of database: 1045382588
  47 Effective search space: 71086015984
  48 Effective search space used: 71086015984
  49 T: 11
  50 A: 40
  51 X1: 16 (7.4 bits)
  52 X2: 38 (14.6 bits)
  53 X3: 64 (24.7 bits)
  54 S1: 41 (20.4 bits)
  55 S2: 99 (42.7 bits)
  56
  57
  58