t/data/bug2453.maf

   1 ##maf version=1 scoring=tba.v8
   2 # tba.v8 (((human chimp) baboon) (mouse rat))
   3 # multiz.v7
   4 # maf_project.v5 _tba_right.maf3 mouse _tba_C
   5 # single_cov2.v4 single_cov2 /dev/stdin
   6
   7 a score=23262.0
   8 s hg16.chr7    27578828 38 + 158545518 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG
   9 s panTro1.chr6 28741140 38 + 161576975 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---ATTGTCTCTTACGGTG
  10 s baboon         116834 38 +   4622798 AAA-GGGAATGTTAACCAAATGA---GTTGTCTCTTATGGTG
  11 s mm4.chr6     53215344 38 + 151104725 -AATGGGAATGTTAAGCAAACGA---ATTGTCTCTCAGTGTG
  12 s rn3.chr4     81344243 40 + 187371129 -AA-GGGGATGCTAAGCCAATGAGTTGTTGTCTCTCAATGTG
  13
  14 a score=5062.0
  15 s hg16.chr7    27699739 6 + 158545518 TAAAGA
  16 s panTro1.chr6 28862317 6 + 161576975 TAAAGA
  17 s baboon         241163 6 +   4622798 TAAAGA
  18 s mm4.chr6     53303881 6 + 151104725 TAAAGA
  19 s rn3.chr4     81444246 6 + 187371129 taagga
  20
  21 a score=6636.0
  22 s hg16.chr7    27707221 13 + 158545518 gcagctgaaaaca
  23 s panTro1.chr6 28869787 13 + 161576975 gcagctgaaaaca
  24 s baboon         249182 13 +   4622798 gcagctgaaaaca
  25 s mm4.chr6     53310102 13 + 151104725 ACAGCTGAAAATA