t/data/ecolitst.bls

   1 BLASTP 2.1.3 [Apr-11-2001]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= gi|1786183|gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I,
  10 homoserine dehydrogenase I [Escherichia coli]
  11          (820 letters)
  12
  13 Database: ecoli.aa
  14            4289 sequences; 1,358,990 total letters
  15
  16 Searching..................................................done
  17
  18                                                                    Score     E
  19 Sequences producing significant alignments:                        (bits)  Value
  20
  21 gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine dehydrogen...  1567  0.0
  22 gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine dehydr...   332  1e-91
  23 gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensitive [E...   184  3e-47
  24 gb|AAC73282.1| (AE000126) uridylate kinase [Escherichia coli]          42  3e-04
  25
  26 >gb|AAC73113.1| (AE000111) aspartokinase I, homoserine dehydrogenase I [Escherichia
  27            coli]
  28           Length = 820
  29
  30  Score = 1567 bits (4058), Expect = 0.0
  31  Identities = 806/820 (98%), Positives = 806/820 (98%)
  32
  33 Query: 1   MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA 60
  34            MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA
  35 Sbjct: 1   MRVLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDA 60
  36
  37 Query: 61  LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA 120
  38            LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA
  39 Sbjct: 61  LPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINA 120
  40
  41 Query: 121 ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP 180
  42            ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP
  43 Sbjct: 121 ALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIP 180
  44
  45 Query: 181 ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV 240
  46            ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV
  47 Sbjct: 181 ADHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV 240
  48
  49 Query: 241 PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD 300
  50            PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD
  51 Sbjct: 241 PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD 300
  52
  53 Query: 301 EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF 360
  54            EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF
  55 Sbjct: 301 EDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEYSISF 360
  56
  57 Query: 361 CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKFFAAL 420
  58            CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKFFAAL
  59 Sbjct: 361 CVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKFFAAL 420
  60
  61 Query: 421 ARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQXXXXXXXXXXXXXXAL 480
  62            ARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQ              AL
  63 Sbjct: 421 ARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQVIEVFVIGVGGVGGAL 480
  64
  65 Query: 481 LEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTNVHGLNLENWQEELAQAKEPFNLGRLIRL 540
  66            LEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTNVHGLNLENWQEELAQAKEPFNLGRLIRL
  67 Sbjct: 481 LEQLKRQQSWLKNKHIDLRVCGVANSKALLTNVHGLNLENWQEELAQAKEPFNLGRLIRL 540
  68
  69 Query: 541 VKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQLRYAAEKSR 600
  70            VKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQLRYAAEKSR
  71 Sbjct: 541 VKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQLRYAAEKSR 600
  72
  73 Query: 601 RKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSEATTLA 660
  74            RKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSEATTLA
  75 Sbjct: 601 RKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGMSFSEATTLA 660
  76
  77 Query: 661 REMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNAEGDVAAFMA 720
  78            REMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNAEGDVAAFMA
  79 Sbjct: 661 REMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNAEGDVAAFMA 720
  80
  81 Query: 721 NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF 780
  82            NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF
  83 Sbjct: 721 NLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKVKNGENALAF 780
  84
  85 Query: 781 YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV 820
  86            YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV
  87 Sbjct: 781 YSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLRTLSWKLGV 820
  88
  89
  90 >gb|AAC76922.1| (AE000468) aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II
  91            [Escherichia coli]
  92           Length = 810
  93
  94  Score =  332 bits (850), Expect = 1e-91
  95  Identities = 243/821 (29%), Positives = 403/821 (48%), Gaps = 44/821 (5%)
  96
  97 Query: 5   KFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQDALPNI 64
  98            KFGG+S+A+ + +LRVA I+   ++   +  V+SA    TN L+  ++ + + + +   +
  99 Sbjct: 16  KFGGSSLADVKCYLRVAGIMAEYSQPDDMM-VVSAAGSTTNQLINWLKLSQTDRLSAHQV 74
 100
 101 Query: 65  SDAERIF-AELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCPDSINAALI 123
 102                R +  +L++GL  A+    L  +  FV         +  GI+      D++ A ++
 103 Sbjct: 75  QQTLRRYQCDLISGLLPAEEADSL--ISAFVSDLERLAALLDSGIN------DAVYAEVV 126
 104
 105 Query: 124 CRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTRRIAASRIPADH 183
 106              GE  S  +M+ VL  +G     +D  E L A      +   + E        ++   H
 107 Sbjct: 127 GHGEVWSARLMSAVLNQQGLPAAWLDAREFLRAER---AAQPQVDEGLSYPLLQQLLVQH 183
 108
 109 Query: 184 ---MVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVDGVYTCDPRQV 240
 110                +++ GF + N  GE V+LGRNGSDYSA  + A        IW+DV GVY+ DPR+V
 111 Sbjct: 184 PGKRLVVTGFISRNNAGETVLLGRNGSDYSATQIGALAGVSRVTIWSDVAGVYSADPRKV 243
 112
 113 Query: 241 PDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQAPGTLIGASRD 300
 114             DA LL  +   EA EL+   A VLH RT+ P++  +I   ++ +  P       G++R
 115 Sbjct: 244 KDACLLPLLRLDEASELARLAAPVLHARTLQPVSGSEIDLQLRCSYTPDQ-----GSTRI 298
 116
 117 Query: 301 EDELP----VKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLITQSSSEY 356
 118            E  L      + +++ +++ +     P  +        +   + RA++  + +   +
 119 Sbjct: 299 ERVLASGTGARIVTSHDDVCLIEFQVPASQDFKLAHKEIDQILKRAQVRPLAVGVHNDRQ 358
 120
 121 Query: 357 SISFCVPQSDCVRAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTLRGISAKF 416
 122             + FC        A + + E        GL   L + + LA++++VG G+        +F
 123 Sbjct: 359 LLQFCYTSEVADSALKILDEA-------GLPGELRLRQGLALVAMVGAGVTRNPLHCHRF 411
 124
 125 Query: 417 FAALARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLFNTDQXXXXXXXXXXXX 476
 126            +  L    +      Q     S+  V+      + ++  HQ +F  ++
 127 Sbjct: 412 WQQLKGQPVEFTW--QSDDGISLVAVLRTGPTESLIQGLHQSVFRAEKRIGLVLFGKGNI 469
 128
 129 Query: 477 XXALLEQLKRQQSWLKNKH-IDLRVCGVANSKALLTNVHGLN----LENWQEELAQAKEP 531
 130                LE   R+QS L  +   +  + GV +S+  L +  GL+    L  + +E  +  E
 131 Sbjct: 470 GSRWLELFAREQSTLSARTGFEFVLAGVVDSRRSLLSYDGLDASRALAFFNDEAVEQDEE 529
 132
 133 Query: 532 FNLGRLIRLVKEYHLLNPVIVDCTSSQAVADQYADFLREGFHVVTPNKKANTSSMDYYHQ 591
 134                 L   ++ +   + V++D T+SQ +ADQY DF   GFHV++ NK A  S  + Y Q
 135 Sbjct: 530 ----SLFLWMRAHPYDDLVVLDVTASQQLADQYLDFASHGFHVISANKLAGASDSNKYRQ 585
 136
 137 Query: 592 LRYAAEKSRRKFLYDTNVGAGLPVIENLQNLLNAGDELMKFSGILSGSLSYIFGKLDEGM 651
 138            +  A EK+ R +LY+  VGAGLP+   +++L+++GD ++  SGI SG+LS++F + D  +
 139 Sbjct: 586 IHDAFEKTGRHWLYNATVGAGLPINHTVRDLIDSGDTILSISGIFSGTLSWLFLQFDGSV 645
 140
 141 Query: 652 SFSEATTLAREMGYTEPDPRDDLSGMDVARKLLILARETGRELELADIEIEPVLPAEFNA 711
 142             F+E    A + G TEPDPRDDLSG DV RKL+ILARE G  +E   + +E ++PA
 143 Sbjct: 646 PFTELVDQAWQQGLTEPDPRDDLSGKDVMRKLVILAREAGYNIEPDQVRVESLVPAHCEG 705
 144
 145 Query: 712 EGDVAAFMANLSQLDDLFAARVAKARDEGKVLRYVGNIDEDGVCRVKIAEVDGNDPLFKV 771
 146             G +  F  N  +L++    R+  AR+ G VLRYV   D +G  RV +  V  + PL  +
 147 Sbjct: 706 -GSIDHFFENGDELNEQMVQRLEAAREMGLVLRYVARFDANGKARVGVEAVREDHPLASL 764
 148
 149 Query: 772 KNGENALAFYSHYYQPLPLVLRGYGAGNDVTAAGVFADLLR 812
 150               +N  A  S +Y+  PLV+RG GAG DVTA  + +D+ R
 151 Sbjct: 765 LPCDNVFAIESRWYRDNPLVIRGPGAGRDVTAGAIQSDINR 805
 152
 153
 154 >gb|AAC76994.1| (AE000475) aspartokinase III, lysine sensitive [Escherichia coli]
 155           Length = 449
 156
 157  Score =  184 bits (467), Expect = 3e-47
 158  Identities = 142/471 (30%), Positives = 228/471 (48%), Gaps = 41/471 (8%)
 159
 160 Query: 3   VLKFGGTSVANAERFLRVADILESNARQGQVATVLSAPAKITNHLVAMIEKTISGQ---- 58
 161            V KFGGTSVA+ +   R ADI+ S+A    V  VLSA A ITN LVA+ E    G+
 162 Sbjct: 6   VSKFGGTSVADFDAMNRSADIVLSDANVRLV--VLSASAGITNLLVALAEGLEPGERFEK 63
 163
 164 Query: 59  -DALPNISDAERIFAELLTGLAAAQPGFPLAQLKTFVDQEFAQIKHVLHGISLLGQCP-- 115
 165             DA+ NI                    F + +   + +    +I+ +L  I++L +
 166 Sbjct: 64  LDAIRNIQ-------------------FAILERLRYPNVIREEIERLLENITVLAEAAAL 104
 167
 168 Query: 116 ---DSINAALICRGEKMSIAIMAGVLEARGHNVTVIDPVEKLLAVGHYLESTVDIAESTR 172
 169                ++   L+  GE MS  +   +L  R       D  + +     +  +  DIA
 170 Sbjct: 105 ATSPALTDELVSHGELMSTLLFVEILRERDVQAQWFDVRKVMRTNDRFGRAEPDIAALAE 164
 171
 172 Query: 173 RIAASRIPA--DHMVLMAGFTAGNEKGELVVLGRNGSDYSAAVLAACLRADCCEIWTDVD 230
 173              A   +P   + +V+  GF     KG    LGR GSDY+AA+LA  L A   +IWTDV
 174 Sbjct: 165 LAALQLLPRLNEGLVITQGFIGSENKGRTTTLGRGGSDYTAALLAEALHASRVDIWTDVP 224
 175
 176 Query: 231 GVYTCDPRQVPDARLLKSMSYQEAMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQA 290
 177            G+YT DPR V  A+ +  +++ EA E++ FGAKVLHP T+ P  +  IP  + ++ +P+A
 178 Sbjct: 225 GIYTTDPRVVSAAKRIDEIAFAEAAEMATFGAKVLHPATLLPAVRSDIPVFVGSSKDPRA 284
 179
 180 Query: 291 PGTLIGASRDEDELPVKGISNLNNMAMFSVSGPGMKGMVGMAARVFAAMSRARISVVLIT 350
 181             GTL+  ++ E+    + ++   N  + ++    M    G  A VF  ++R  ISV LIT
 182 Sbjct: 285 GGTLV-CNKTENPPLFRALALRRNQTLLTLHSLNMLHSRGFLAEVFGILARHNISVDLIT 343
 183
 184 Query: 351 QSSSEYSISFCVPQSDCV-RAERAMQEEFYLELKEGLLEPLAVTERLAIISVVGDGMRTL 409
 185              +SE S++  +  +      +  + +   +EL    L  + V E LA+++++G+ +
 186 Sbjct: 344 --TSEVSVALTLDTTGSTSTGDTLLTQSLLMEL--SALCRVEVEEGLALVALIGNDLSKA 399
 187
 188 Query: 410 RGISAKFFAALARANINIVAIAQGSSERSISVVVNNDDATTGVRVTHQMLF 460
 189             G+  + F  L   NI +  I  G+S  ++  +V  +DA   V+  H  LF
 190 Sbjct: 400 CGVGKEVFGVLEPFNIRM--ICYGASSHNLCFLVPGEDAEQVVQKLHSNLF 448
 191
 192
 193 >gb|AAC73282.1| (AE000126) uridylate kinase [Escherichia coli]
 194           Length = 241
 195
 196  Score = 41.6 bits (96), Expect = 3e-04
 197  Identities = 28/97 (28%), Positives = 44/97 (44%), Gaps = 8/97 (8%)
 198
 199 Query: 199 LVVLGRNGSDYSAAVLAACLR-----ADCCEIWTDVDGVYTCDPRQVPDARLLKSMSYQE 253
 200            +++    G+ +     AACLR     AD     T VDGV+T DP + P A + + ++Y E
 201 Sbjct: 132 VILSAGTGNPFFTTDSAACLRGIEIEADVVLKATKVDGVFTADPAKDPTATMYEQLTYSE 191
 202
 203 Query: 254 AMELSYFGAKVLHPRTITPIAQFQIPCLIKNTGNPQA 290
 204             +E      KV+     T     ++P  + N   P A
 205 Sbjct: 192 VLEKE---LKVMDLAAFTLARDHKLPIRVFNMNKPGA 225
 206
 207
 208   Database: ecoli.aa
 209     Posted date:  Dec 6, 2001  1:58 PM
 210   Number of letters in database: 1,358,990
 211   Number of sequences in database:  4289
 212
 213 Lambda     K      H
 214    0.319    0.135    0.383
 215
 216 Gapped
 217 Lambda     K      H
 218    0.267   0.0410    0.140
 219
 220
 221 Matrix: BLOSUM62
 222 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
 223 Number of Hits to DB: 2022122
 224 Number of Sequences: 4289
 225 Number of extensions: 82424
 226 Number of successful extensions: 256
 227 Number of sequences better than 1.0e-03: 4
 228 Number of HSP's better than  0.0 without gapping: 3
 229 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 1
 230 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 243
 231 Number of HSP's gapped (non-prelim): 4
 232 length of query: 820
 233 length of database: 1,358,990
 234 effective HSP length: 47
 235 effective length of query: 773
 236 effective length of database: 1,157,407
 237 effective search space: 894675611
 238 effective search space used: 894675611
 239 T: 11
 240 A: 40
 241 X1: 16 ( 7.4 bits)
 242 X2: 38 (14.6 bits)
 243 X3: 64 (24.7 bits)
 244 S1: 41 (21.8 bits)
 245 S2: 92 (40.0 bits)