t/data/issue255_ssearch.fasta

   1 # ./ssearch36 -E 0.001 -q -n -z 11 A3_target.fa Ready_sorted.fa
   2 SSEARCH performs a Smith-Waterman search
   3  version 36.3.8f May, 2017
   4 Please cite:
   5  T. F. Smith and M. S. Waterman, (1981) J. Mol. Biol. 147:195-197;
   6  W.R. Pearson (1991) Genomics 11:635-650
   7
   8 Query: A3_target.fa
   9   1>>>A3_100bp_start38 refined - 100 nt
  10 Library: Ready_sorted.fa
  11       150 residues in     1 sequences
  12
  13 Statistics: (shuffled [500]) MLE statistics: Lambda= 0.1633;  K=0.1625
  14  statistics sampled from 1 (1) to 500 sequences
  15 Algorithm: Smith-Waterman (SSE2, Michael Farrar 2006) (7.2 Nov 2010)
  16 Parameters: +5/-4 matrix (5:-4), open/ext: -12/-4
  17  Scan time:  0.020
  18
  19 The best scores are:                                      s-w bits E(1)
  20 17271.26                                       ( 150) [f]  345 83.9 8.2e-22
  21
  22 >>17271.26                                                (150 nt)
  23  s-w opt: 345  Z-score: 424.1  bits: 83.9 E(1): 8.2e-22
  24 Smith-Waterman score: 345; 100.0% identity (100.0% similar) in 69 nt overlap (1-69:82-150)
  25
  26                                              10        20        30
  27 A3_100                               AGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCAAAG
  28                                      ::::::::::::::::::::::::::::::
  29 17271. CCTAGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCTAGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCAAAG
  30               60        70        80        90       100       110
  31
  32                40        50        60        70        80        90
  33 A3_100 TCAAGGAGTAGTGGAGTCTATGAATAAGGAATTAAAGAAAATTATAGGGCAGGTAAGAGA
  34        :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
  35 17271. TCAAGGAGTAGTGGAGTCTATGAATAAGGAATTAAAGAA
  36              120       130       140       150
  37
  38               100
  39 A3_100 GCAAGCTGAA
  40
  41 >--
  42  s-w opt: 131  Z-score: 151.5  bits: 33.5 E(1): 1.2e-06
  43 Smith-Waterman score: 131; 96.4% identity (96.4% similar) in 28 nt overlap (1-28:1-28)
  44
  45                10        20        30        40        50        60
  46 A3_100 AGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCAAAGTCAAGGAGTAGTGGAGTCTATGAATAAGGA
  47        :::::::::::::::::::::::::: :
  48 17271. AGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCTAGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCTAGAATT
  49                10        20        30        40        50        60
  50
  51 >--
  52  s-w opt: 130  Z-score: 150.3  bits: 33.3 E(1): 1.5e-06
  53 Smith-Waterman score: 130; 100.0% identity (100.0% similar) in 26 nt overlap (1-26:55-80)
  54
  55                                              10        20        30
  56 A3_100                               AGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCAAAG
  57                                      ::::::::::::::::::::::::::
  58 17271. CCTAGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCTAGAATTTGGAATTCCCTACAATCCCCTAGA
  59            30        40        50        60        70        80
  60
  61                40        50        60        70        80        90
  62 A3_100 TCAAGGAGTAGTGGAGTCTATGAATAAGGAATTAAAGAAAATTATAGGGCAGGTAAGAGA
  63
  64 17271. ATTTGGAATTCCCTACAATCCCCAAAGTCAAGGAGTAGTGGAGTCTATGAATAAGGAATT
  65            90       100       110       120       130       140
  66
  67
  68
  69 100 residues in 1 query   sequences
  70 150 residues in 1 library sequences
  71  Tcomplib [36.3.8f May, 2017] (12 proc in memory [0G])
  72  start: Fri Nov 24 22:53:09 2017 done: Fri Nov 24 22:53:09 2017
  73  Total Scan time:  0.020 Total Display time:  0.000
  74
  75 Function used was SSEARCH [36.3.8f May, 2017]