| blob | 149589f7c755246aa3a9605db94083379e9529a0 |
2 Relative Substitution Rate Matrix
3 Ala 157 163 241 172 165 314 519 65 108 92 110 135 41 574 1135 1343 26 42 869
4 157 Arg 132 45 306 897 94 407 951 72 110 1951 125 20 209 293 191 382 70 51
5 163 132 Asn 1602 93 225 169 229 1178 145 40 747 94 22 35 1464 683 8 207 48
6 241 45 1602 Asp 31 152 2260 375 301 34 18 83 54 10 37 170 123 17 134 93
7 172 306 93 31 Cys 27 16 166 217 46 49 15 120 206 37 639 140 339 641 188
8 165 897 225 152 27 Gln 1010 69 1683 23 210 887 132 14 472 161 154 52 76 54
9 314 94 169 2260 16 1010 Glu 332 72 33 29 515 50 13 56 91 97 35 19 138
10 519 407 229 375 166 69 332 Gly 60 16 21 81 38 15 62 554 94 167 16 141
11 65 951 1178 301 217 1683 72 60 His 54 160 157 95 136 335 217 140 39 1746 36
12 108 72 145 34 46 23 33 16 54 Ile 699 61 1410 236 29 120 758 41 92 2869
13 92 110 40 18 49 210 29 21 160 699 Leu 44 1115 751 311 174 80 161 72 525
14 110 1951 747 83 15 887 515 81 157 61 44 Lys 182 7 64 140 286 27 26 37
15 135 125 94 54 120 132 50 38 95 1410 1115 182 Met 128 47 82 606 60 55 882
16 41 20 22 10 206 14 13 15 136 236 751 7 128 Phe 44 280 41 165 1660 179
17 574 209 35 37 37 472 56 62 335 29 311 64 47 44 Pro 808 342 21 34 62
18 1135 293 1464 170 639 161 91 554 217 120 174 140 82 280 808 Ser 1387 93 186 120
19 1343 191 683 123 140 154 97 94 140 758 80 286 606 41 342 1387 Thr 24 60 338
20 26 382 8 17 339 52 35 167 39 41 161 27 60 165 21 93 24 Trp 229 73
21 42 70 207 134 641 76 19 16 1746 92 72 26 55 1660 34 186 60 229 Tyr 50
22 869 51 48 93 188 54 138 141 36 2869 525 37 882 179 62 120 338 73 50 Val
24 Transition Probability Matrix (x1.0e7) 1PAM
25 -124462 2710 2370 4235 1163 2282 6582 12978 505 1898
26 4091 -103605 1921 795 2070 12423 1971 10170 7387 1259
27 4243 2279 -128302 28151 629 3124 3536 5717 9155 2554
28 6271 780 23279 -105722 211 2112 47338 9373 2339 601
29 4477 5280 1352 549 -55626 380 338 4139 1689 803
30 4285 15453 3276 2678 185 -104892 21160 1731 13083 412
31 8175 1621 2452 39703 109 13993 -95728 8311 559 586
32 13504 7009 3322 6587 1119 959 6963 -62944 468 285
33 1689 16381 17115 5289 1469 23322 1506 1506 -113378 955
34 2810 1235 2112 601 309 325 699 406 422 -129830
35 2386 1903 585 316 334 2915 603 520 1244 12290
36 2864 33618 10853 1460 100 12284 10795 2033 1217 1074
37 3520 2147 1373 950 810 1830 1056 950 739 24779
38 1077 338 317 169 1394 190 275 380 1056 4139
39 14924 3594 513 646 248 6543 1176 1540 2600 513
40 29541 5056 21278 2987 4322 2228 1910 13846 1689 2106
41 34935 3293 9922 2162 945 2133 2033 2348 1088 13315
42 664 6577 121 302 2293 724 724 4163 302 724
43 1082 1214 3009 2349 4329 1056 396 396 13569 1610
44 22603 883 704 1625 1267 742 2893 3533 282 50403
46 2819 2194 1097 560 9885 26472 26768 121 450 19374
47 3396 38891 1010 265 3594 6841 3810 1805 762 1143
48 1238 14891 766 295 609 34143 13614 39 2240 1080
49 552 1657 439 130 634 3964 2453 81 1446 2063
50 1521 296 971 2788 634 14910 2788 1605 6927 4181
51 6469 17678 1071 185 8138 3750 3070 247 824 1195
52 886 10273 409 177 967 2125 1935 163 204 3079
53 639 1621 308 205 1062 12911 1872 788 171 3151
54 4922 3122 771 1836 5766 5068 2791 184 18878 808
55 21508 1218 11436 3184 504 2794 15108 195 991 63973
56 -67412 873 9041 10146 5365 4047 1597 761 780 11706
57 1346 -90530 1475 100 1102 3264 5698 129 286 830
58 34282 3625 -113124 1725 810 1901 12073 282 598 19675
59 23082 148 1035 -64432 760 6526 824 781 17951 3991
60 9574 1275 381 596 -71654 18849 6824 99 364 1391
61 5338 2791 661 3783 13932 -144242 27644 441 2008 2681
62 2463 5698 4911 558 5899 32329 -132323 115 644 7531
63 4948 543 483 2233 362 2172 483 -31919 2474 1629
64 2217 528 449 22438 581 4329 1188 1082 -62933 1109
65 16140 742 7155 2419 1075 2803 6732 346 538 -122884
67 Transition Probability Matrix (x1.0e5) 1PAM
68 Ala Arg Asn Asp Cys Gln Glu Gly His Ile Leu Lys Met Phe Pro Ser Thr Trp Tyr Val
69 Ala 98755 27 24 42 12 23 66 130 5 19 28 22 11 6 99 265 268 1 4 194
70 Arg 41 98964 19 8 21 124 20 102 74 13 34 389 10 3 36 68 38 18 8 11
71 Asn 42 23 98717 282 6 31 35 57 92 26 12 149 8 3 6 341 136 0 22 11
72 Asp 63 8 233 98943 2 21 473 94 23 6 6 17 4 1 6 40 25 1 14 21
73 Cys 45 53 14 5 99444 4 3 41 17 8 15 3 10 28 6 149 28 16 69 42
74 Gln 43 155 33 27 2 98951 212 17 131 4 65 177 11 2 81 37 31 2 8 12
75 Glu 82 16 25 397 1 140 99043 83 6 6 9 103 4 2 10 21 19 2 2 31
76 Gly 135 70 33 66 11 10 70 99371 5 3 6 16 3 2 11 129 19 8 2 32
77 His 17 164 171 53 15 233 15 15 98866 10 49 31 8 18 58 51 28 2 189 8
78 Ile 28 12 21 6 3 3 7 4 4 98702 215 12 114 32 5 28 151 2 10 640
79 Leu 24 19 6 3 3 29 6 5 12 123 99326 9 90 101 54 40 16 8 8 117
80 Lys 29 336 109 15 1 123 108 20 12 11 13 99095 15 1 11 33 57 1 3 8
81 Met 35 21 14 10 8 18 11 10 7 248 343 36 98869 17 8 19 121 3 6 197
82 Phe 11 3 3 2 14 2 3 4 11 41 231 1 10 99356 8 65 8 8 180 40
83 Pro 149 36 5 6 2 65 12 15 26 5 96 13 4 6 99283 188 68 1 4 14
84 Ser 295 51 213 30 43 22 19 138 17 21 53 28 7 38 139 98558 276 4 20 27
85 Thr 349 33 99 22 9 21 20 23 11 133 25 57 49 6 59 323 98677 1 6 75
86 Trp 7 66 1 3 23 7 7 42 3 7 49 5 5 22 4 22 5 99681 25 16
87 Tyr 11 12 30 23 43 11 4 4 136 16 22 5 4 224 6 43 12 11 99371 11
88 Val 226 9 7 16 13 7 29 35 3 504 161 7 72 24 11 28 67 3 5 98771
89 Pai 0.077 0.051 0.043 0.052 0.020 0.041 0.062 0.074 0.023 0.052 0.091 0.059 0.024 0.040 0.051 0.069 0.059 0.014 0.032 0.066
91 Amino Acid Frequencies
92 Model Data
93 1 A 0.077 0.091
94 2 R 0.051 0.062
95 3 N 0.043 0.081
96 4 D 0.052 0.063
97 5 C 0.020 0.062
98 6 Q 0.041 0.042
99 7 E 0.062 0.035
100 8 G 0.074 0.073
101 9 H 0.023 0.018
102 10 I 0.052 0.044
103 11 L 0.091 0.063
104 12 K 0.059 0.066
105 13 M 0.024 0.010
106 14 F 0.040 0.019
107 15 P 0.051 0.019
108 16 S 0.069 0.068
109 17 T 0.059 0.039
110 18 W 0.014 0.039
111 19 Y 0.032 0.045
112 20 V 0.066 0.062
113 5 / 50 JTT model approx ln L -1047.8 ... -1056.8 diff 9.0
114 29 -1047.8 ((((Bosta2,Preen),Homsa),Papan),Equca,Ratno1);
115 7 -1048.1 ((((Bosta2,Preen),Papan),Homsa),Equca,Ratno1);
116 3 -1053.3 ((((Bosta2,Preen),Equca),Homsa),Papan,Ratno1);
117 2 -1056.8 (((Bosta2,(Preen,Papan)),Homsa),Equca,Ratno1);
118 9 -1056.8 ((Bosta2,(Preen,(Papan,Homsa))),Equca,Ratno1);