t/data/qrna-relloc.out

   1 #---------------------------------------------------------------------------------
   2 #      qrna 1.2b (Tue Dec 18 15:04:38 CST 2001) using squid 1.5m (Sept 1997)
   3 #---------------------------------------------------------------------------------
   4 #      PAM model =  BLOSUM62 scaled by 1.000
   5 #---------------------------------------------------------------------------------
   6 #      RNA model =  /mix_tied_linux.cfg
   7 #---------------------------------------------------------------------------------
   8 #      seq file  =  tst.out
   9 #                   #seqs: 2 (max_len = 290)
  10 #---------------------------------------------------------------------------------
  11 #      window version: window = 150   slide = 50 -- length range = [0,9999999]
  12 #---------------------------------------------------------------------------------
  13 # 1  [+ strand]
  14 >Contig1/24732-25017 (290)
  15 >chr5.pseudo/527251-527533 (290)
  16
  17 length of whole alignment after removing common gaps: 290
  18
  19 length alignment: 150 (id=62.67)
  20 posX: 0-149 [0-149](150) -- (0.19 0.25 0.31 0.25)
  21 posY: 0-149 [0-145](146) -- (0.14 0.31 0.25 0.31)
  22  34.327235 39.943369 26.661628
  23  28.676235 4.323732 17.984592
  24 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  25 winner = COD
  26 OTH  ends = 0 149
  27 COD  ends = 0 149
  28 RNA  ends = 76 91
  29               OTH =       33.356             COD =       38.943             RNA =       25.665
  30    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =        5.588  logoddspostRNA =       -7.691
  31
  32 length alignment: 150 (id=64.00)
  33 posX: 50-199 [50-198](149) -- (0.19 0.26 0.29 0.26)
  34 posY: 50-199 [47-195](149) -- (0.17 0.29 0.24 0.30)
  35  39.662831 22.857014 31.781677
  36  35.882277 13.531348 24.975088
  37 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  38 winner = OTH
  39 OTH  ends = 50 199
  40 COD  ends = 51 197
  41 RNA  ends = 76 91
  42               OTH =       38.764             COD =       21.859             RNA =       30.795
  43    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -16.905  logoddspostRNA =       -7.970
  44
  45 length alignment: 150 (id=61.33)
  46 posX: 100-249 [100-246](147) -- (0.24 0.24 0.28 0.23)
  47 posY: 100-249 [97-243](147) -- (0.22 0.26 0.28 0.24)
  48  29.980841 -9.710794 19.504746
  49  29.998914 -25.369993 19.522819
  50 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  51 winner = OTH
  52 OTH  ends = 249 100
  53 COD  ends = 100 240
  54 RNA  ends = 250 250
  55               OTH =       29.990             COD =      -10.711             RNA =       19.514
  56    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -40.701  logoddspostRNA =      -10.476
  57
  58 length alignment: 140 (id=62.86)
  59 posX: 150-289 [150-285](136) -- (0.22 0.25 0.27 0.26)
  60 posY: 150-289 [146-282](137) -- (0.27 0.23 0.26 0.24)
  61  27.136986 -17.070736 17.286579
  62  28.477528 -24.525347 18.465446
  63 LOCAL_DIAG_VITERBI -- [Inside SCFG]
  64 winner = OTH
  65 OTH  ends = 289 150
  66 COD  ends = 154 288
  67 RNA  ends = 190 290
  68               OTH =       27.958             COD =      -18.063             RNA =       17.993
  69    logoddspostOTH =        0.000  logoddspostCOD =      -46.020  logoddspostRNA =       -9.964
  70