t/data/tblastn.out

   1 TBLASTN 2.2.10 [Oct-19-2004]
   2
   3
   4 Reference: Altschul, Stephen F., Thomas L. Madden, Alejandro A. Schaffer,
   5 Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),
   6 "Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
   7 programs",  Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.
   8
   9 Query= HAHU | 1114 |  Hemoglobin alpha chain - Human, chimpanzee, and
  10 pygmy chimpanzee
  11          (141 letters)
  12
  13 Database: testnt.fa
  14            2 sequences; 13,260 total letters
  15
  16 Searching..done
  17
  18                                                                  Score    E
  19 Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
  20
  21 gi|10040111|emb|AL390796.6|AL390796 Homo sapiens chromosome 1 cl...    18   2.3
  22 test6                                                                  16   6.7
  23
  24 >gi|10040111|emb|AL390796.6|AL390796 Homo sapiens chromosome 1 clone
  25             RP11-562F3, *** SEQUENCING IN PROGRESS ***, 16 unordered
  26             pieces /len=164198
  27           Length = 8160
  28
  29  Score = 17.7 bits (34), Expect = 2.3
  30  Identities = 8/23 (34%), Positives = 11/23 (47%)
  31  Frame = +1
  32
  33 Query: 56   KGHGKKVADALTNAVAHVDDMPN 78
  34             KGH KK+     N  ++  D  N
  35 Sbjct: 7603 KGHLKKITSFFFNHTSNYRDEYN 7671
  36
  37
  38
  39  Score = 17.3 bits (33), Expect = 3.0
  40  Identities = 9/28 (32%), Positives = 13/28 (46%)
  41  Frame = +1
  42
  43 Query: 31   RMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGH 58
  44             RM+  F    TY+ +F L      V G+
  45 Sbjct: 7069 RMYFCFLKVLTYYFNFFLFFNIFYVLGY 7152
  46
  47
  48 >test6
  49           Length = 5100
  50
  51  Score = 16.2 bits (30), Expect = 6.7
  52  Identities = 6/9 (66%), Positives = 7/9 (77%)
  53  Frame = +3
  54
  55 Query: 72   HVDDMPNAL 80
  56             H+D M NAL
  57 Sbjct: 3822 HMDYMSNAL 3848
  58
  59
  60
  61  Score = 15.8 bits (29), Expect = 8.8
  62  Identities = 5/7 (71%), Positives = 6/7 (85%)
  63  Frame = -2
  64
  65 Query: 93   VDPVNFK 99
  66             +DP NFK
  67 Sbjct: 1814 IDP*NFK 1794
  68
  69
  70   Database: testnt.fa
  71     Posted date:  Feb 5, 2005  6:26 PM
  72   Number of letters in database: 13,260
  73   Number of sequences in database:  2
  74
  75 Lambda     K      H
  76    0.319    0.130    0.385
  77
  78 Gapped
  79 Lambda     K      H
  80    0.267   0.0410    0.140
  81
  82
  83 Matrix: BLOSUM62
  84 Gap Penalties: Existence: 11, Extension: 1
  85 Number of Hits to DB: 1998
  86 Number of Sequences: 2
  87 Number of extensions: 23
  88 Number of successful extensions: 4
  89 Number of sequences better than 10.0: 2
  90 Number of HSP's better than 10.0 without gapping: 3
  91 Number of HSP's successfully gapped in prelim test: 0
  92 Number of HSP's that attempted gapping in prelim test: 0
  93 Number of HSP's gapped (non-prelim): 4
  94 length of query: 141
  95 length of database: 4420
  96 effective HSP length: 39
  97 effective length of query: 102
  98 effective length of database: 4342
  99 effective search space:   442884
 100 effective search space used:   442884
 101 frameshift window, decay const: 40,  0.1
 102 T: 13
 103 A: 40
 104 X1: 16 ( 7.4 bits)
 105 X2: 38 (14.6 bits)
 106 X3: 64 (24.7 bits)
 107 S1: 29 (16.3 bits)
 108 S2: 29 (15.8 bits)