t/Restriction/Analysis-refac.t

   1 #-*-perl-*-
   2 # $Id$
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Bio::Root::Test;
   6 use Bio::PrimarySeq;
   7
   8 use lib '.';
   9
  10 test_begin(-tests => 91);
  11
  12 use_ok( 'Bio::Restriction::IO' );
  13 use_ok( 'Bio::Restriction::Analysis' );
  14 use_ok('Bio::Restriction::EnzymeCollection');
  15 use_ok('Bio::Restriction::Enzyme');
  16
  17 # recog sites (not nec. cut sites!) in lc
  18
  19 my $seq = new Bio::PrimarySeq(
  20      -seq        => 'gtcGaagcttAGCAAACGGTTTCTACgacgttatcgtcATTCGGGgcaagcgTCGGCGATTCGGACGTGcacctgcAAAtGCGCGGCgTTAgcgaggtgGCGAgacttttatgtcCCCCTgaagcggttattggTTATATGGTGTTCGTgaccgaTCTAATCCATATTTATTTTTGGCAGTGCtgggtgTTACgacTCGCGA',
  21      -primary_id => 'test',
  22      -molecule   => 'dna'
  23 );
  24
  25 # the test enzymes [rebase characterization]:
  26 # nonambig intrasite cutter: HindIII  [ A^AGCTT        ]
  27 #    ambig intrasite cutter: AasI     [ GACNNNN^NNGTC  ]
  28 # nonambig extrasite cutter: AarI     [ CACCTGC(4/8)   ]
  29 #    ambig extrasite cutter: BceSI    [ SSAAGCG(27/27) ]
  30 #    ambig center    cutter: AjuI     [ (7/12)GAANNNNNNNTTGG(11/6) ]
  31 #    multi extrasite cutter: TaqII    [ GACCGA(11/9),CACCCA(11/9) ]
  32
  33 # the test sequence *cut* (not site) map (recog sites in lc)
  34
  35 #+    AasI(circ)
  36 #+         HindIII                     AasI
  37 # 1   CTCGaagcttAGCAAACGGTTTCTACgacgttatcgtcATTCGGGgcaagcgTCGGCGAT  60
  38 #-      IIIdniH                  IsaA
  39
  40
  41 #+                       BceSI                             AjuI
  42 #+                       AarI                          AasI
  43 # 61  TCGGACGTGcacctgcAAATGCGCGGCgTTAgcgaggtgGCGAgacttttatgtcCCCCT 120
  44 #-                        IraA                    IsaA
  45 #-                  ISecB                         IujA
  46
  47 #+                                                         IIqaT
  48 #+                             AjuI                TaqII
  49 # 121 gaagcggttattggTTATATGGTGTTCGTgaccgaTCTAATCCATATTTATTTTTGGCAG 180
  50 #-                    IujA                  IIqaT
  51 #-                                                  TaqII
  52
  53 #+
  54 # 181 TGCtgggtgTTACgacTCGCGA 202
  55 #-              (cric)IsaA
  56
  57 # so we have +/- cut sites (tpi's, not nt's), in positive strand
  58 # coordinates:
  59 # HindIII : (5, 9)
  60 # AasI    : (33, 31), (110,108)
  61 # AasI    : (200,202=0) when circularized
  62 # BceSI   : (79, 79)
  63 # AarI    : (80, 84)
  64 # AjuI    : (145, 140) / (113, 108)
  65 # TaqII   : (166, 164) / (174, 172)
  66
  67 ok( my $rebase_io = Bio::Restriction::IO->new(
  68      -file   => test_input_file('withrefm.906'),
  69      -format => 'withrefm',
  70     ), 'read withrefm file');
  71
  72 ok( my $rebase_cln = $rebase_io->read, 'parse withrefm file');
  73
  74 # examples
  75 # ambiguous, nonamibiguous X intrasite, extrasite
  76 ok( my $ninz = $rebase_cln->get_enzyme('HindIII'), 'HindIII: nonambiguous intrasite cutter');
  77 ok( my $nexz = $rebase_cln->get_enzyme('AarI'), 'AarI: nonambiguous extrasite cutter');
  78 ok( my $ainz = $rebase_cln->get_enzyme('AasI'), 'AasI: ambiguous intrasite cutter' );
  79 ok( my $aexz = $rebase_cln->get_enzyme('BceSI'), 'BceSI: ambiguous extrasite cutter' );
  80 # central recognition site: (s/t)[site](m/n)
  81 ok( my $cenz = $rebase_cln->get_enzyme('AjuI'), 'AjuI: cutter with central recog site');
  82 # multisite extrasite:
  83 ok (my $menz = $rebase_cln->get_enzyme('TaqII'), 'TaqII: multi-extrasite cutter');
  84
  85 ok (my $examples = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(
  86         -enzymes=>[$ninz,$ainz, $ainz, $aexz, $cenz, $menz]
  87     ) );
  88
  89
  90 # build pretend analysis object to test internals
  91
  92 my $an = {};
  93 bless($an, 'Bio::Restriction::Analysis');
  94 $an->seq($seq);
  95
  96 my ($plus_sites, $minus_sites);
  97 # intrasite cutters
  98
  99 $plus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $ninz );
 100 $minus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $ninz,'COMP' );
 101 is_deeply( $plus_sites, [5], 'HindIII plus');
 102 is_deeply( $minus_sites, [9], 'HindIII minus');
 103
 104 $plus_sites = $an->_make_cuts(  $seq->seq, $ainz );
 105 $minus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $ainz,'COMP' );
 106 is_deeply( $plus_sites, [33, 110], 'AasI plus');
 107 is_deeply( $minus_sites, [31, 108], 'AasI  minus');
 108
 109 # extrasite cutters
 110
 111 $plus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $nexz );
 112 $minus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $nexz, 'COMP');
 113 is_deeply( $plus_sites, [80], 'AarI plus');
 114 is_deeply( $minus_sites, [84], 'AarI  minus');
 115
 116 $plus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $aexz );
 117 $minus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $aexz, 'COMP');
 118 is_deeply( $plus_sites, [79], 'BceSI plus');
 119 is_deeply( $minus_sites, [79], 'BceSI  minus');
 120
 121 # central site cutter
 122 $plus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $cenz );
 123 $minus_sites = $an->_make_cuts( $seq->seq, $cenz, 'COMP');
 124
 125 is_deeply( $plus_sites, [145, 113], 'AjuI plus');
 126 is_deeply( $minus_sites, [140, 108], 'AjuI minus');
 127
 128 # multisite extrasite cutter
 129 $plus_sites =  $an->_make_cuts( $seq->seq, $menz );
 130 $minus_sites =  $an->_make_cuts( $seq->seq, $menz, 'COMP' );
 131
 132 is_deeply( $plus_sites, [166, 174], 'TaqII plus');
 133 is_deeply( $minus_sites, [164, 172], 'TaqII minus');
 134
 135 # real Analysis object
 136 # start restriction analysis
 137 ok( my $analysis = Bio::Restriction::Analysis->new(
 138      -seq     => $seq,
 139      -enzymes => $rebase_cln
 140     ), "build real B:R::Analysis object");
 141
 142 # retrieve fragment map
 143 my @fm = $analysis->fragment_maps($examples);
 144 is( @fm, 13, '13 fragments');
 145 # circularize
 146 ok( $seq->is_circular(1), 'circularize');
 147 ok( $analysis->cut, 'recut');
 148 @fm = $analysis->fragment_maps($examples);
 149 is_deeply( [$analysis->positions('AasI')], [33, 110, 200], 'circ: AasI
 150 site at origin' );
 151 is( @fm, 13, 'circ: still 13 fragments (cut site at origin)');
 152
 153
 154 # Emmanuel's tests / bug3015
 155
 156 use_ok('Bio::Restriction::IO');
 157 use_ok('Bio::Restriction::Analysis');
 158
 159 #ATGAGCGCTcacgtcACTAG^TTCTAGAGcctcagcAATTC^CGATCccgctcGATTAATGC^TccgcAGCAGCGATATCGAG^CATGGTCATGAgaatgcGGC^ATCGATCGGCATTATATcacgtcAATCGCGTCGCTGCATGCTAGCG
 160 $seq = new Bio::PrimarySeq(
 161      -seq        => 'ATGAGCGCTcacgtcACTAGTTCTAGAGcctcagcAATTCCGATCccgctcGATTAATGCTccgcAGCAGCGATATCGAGCATGGTCATGAgaatgcGGCATCGATCGGCATTATATcacgtcAATCGCGTCGCTGCATGCTAGCG',
 162      -primary_id => 'test1',
 163      -molecule   => 'dna'
 164 );
 165
 166 ok( $rebase_io = Bio::Restriction::IO->new(
 167      -file   => test_input_file('withrefm.906'),
 168      -format => 'withrefm',
 169     ), 'read withrefm file');
 170
 171 ok( $rebase_cln = $rebase_io->read, 'parse withrefm file');
 172
 173 my @enzs = qw/AbeI AccBSI AciI Asp26HI BmgBI/;
 174
 175 # Get the enzymes with back cut site
 176 # 'AbeI'    CCTCAGC(-5/-2) #1
 177 # 'AccBSI'  CCGCTC(-3/-3)  #1
 178 # 'AciI'    CCGC(-3/-1)    #2
 179 # 'Asp26HI' GAATGC(1/-1)   #1
 180 # 'BmgBI'   CACGTC(-3/-3)  #2
 181
 182 ok(my $collection = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(-empty => 1), "Collection initiated");
 183
 184 foreach my $e (@enzs){
 185
 186     ok(my $enz = $rebase_cln->get_enzyme($e), "$e: found ok into collection");
 187     $collection->enzymes($enz);
 188 }
 189
 190 $an = { };
 191 bless($an, 'Bio::Restriction::Analysis');
 192 $an->seq($seq);
 193 $an->enzymes($collection);
 194
 195 #Test all types of stuff from the enzyme
 196 my $data = {
 197    'AbeI'    => { 'p' => [23],
 198                   'm' => [26],
 199                   'pos' => 2,
 200                   'f' => 3,
 201                   'o' => "5'",
 202                   's' => 'CC^TCAGC',
 203                   'r' => 'GCTGAGG',
 204                   'c' => '-5',
 205                   'rc' => '-2' },
 206
 207    'AccBSI'  => { 'p' => [42],
 208                   'm' => [42],
 209                   'pos' => 1,
 210                   'f' => 2,
 211                   'o' => "blunt",
 212                   's' => 'CCG^CTC',
 213                   'r' => 'GAGCGG',
 214                   'c' => '-3',
 215                   'rc' => '-3' },
 216
 217    'AciI'    => { 'p' => [42,58,100],
 218                   'm' => [44,60,102],
 219                   'pos' => 6,
 220                   'f' => 7,
 221                   'o' => "5'",
 222                   's' => 'C^CGC',
 223                   'r' => 'GCGG',
 224                   'c' => '-3',
 225                   'rc' => '-1' },
 226
 227    'Asp26HI' => { 'p' => [98],
 228                   'm' => [90],
 229                   'pos' => 1,
 230                   'f' => 2,
 231                   'o' => "3'",
 232                   's' => 'GAATGC',
 233                   'r' => 'GCATTC',
 234                   'c' => 7,
 235                   'rc' => '-1' },
 236
 237    'BmgBI'   => { 'p' => [6, 114],
 238                   'm' => [6, 114],
 239                   'pos' => 2,
 240                   'f' => 3,
 241                   'o' => "blunt",
 242                   's' => 'CAC^GTC',
 243                   'r' => 'GACGTG',
 244                   'c' => '-3',
 245                   'rc' => '-3' },
 246 };
 247
 248 foreach my $e (@enzs){
 249
 250    my $d = $data->{$e};
 251    my $z = $rebase_cln->get_enzyme($e);
 252    my $minus_sites = $an->_make_cuts($seq->seq, $z, 'COMP');
 253    my $plus_sites  = $an->_make_cuts($seq->seq, $z);
 254
 255    is_deeply($plus_sites,  $d->{p}, "$e plus");
 256    is_deeply($minus_sites, $d->{m}, "$e minus");
 257
 258    ok(scalar($an->fragments($z)) eq $d->{f}, "$e fragment");
 259    ok(scalar($an->positions($e)) eq $d->{pos}, "$e positions");
 260
 261    is($z->overhang(), $d->{'o'}, "$e Overhang");
 262    is($z->name(), "$e", "$e name");
 263    is($z->site(), $d->{s}, "$e site");
 264    is($z->revcom_site(), $d->{r}, "$e revcom_site");
 265    is($z->cut(), $d->{c}, "$e cut");
 266    is($z->complementary_cut(), $d->{rc}, "$e complementary_cut");
 267 }
 268